국가 연구개발비 부정 사용에 따른 사업 참여 제한 및 환수, 제재부가금 부과 사건

주식회사 A와 그 관리인 B는 국가 연구개발사업의 공동 연구기관으로서 연구개발비를 수행하던 중, 연구비 관리 시스템에 집행 등록 후 당일 취소하는 방식으로 2억 2,111만 1,111원의 연구개발비를 인출하여 회사 운영자금으로 용도 외 사용한 사실이 국토교통과학기술진흥원의 현장실태점검에서 적발되었습니다. 이에 피고인 국토교통부장관은 원고들에게 5년의 사업 참여 제한, 9,102만 원의 환수금, 그리고 3억 4,032만 4,500원의 제재부가금을 부과하는 처분을 내렸습니다. 원고들은 일부 인출은 착오에 의한 것이고 일부는 정당한 인건비 지출이었다며 처분 취소 소송을 제기했으나, 법원은 원고들의 주장을 모두 기각하고 피고의 처분이 적법하다고 판결했습니다.

관련 당사자

• 원고들: 주식회사 A (국가 연구개발사업의 공동 연구기관) 및 B (주식회사 A의 관리인). 이들은 정부 지원 연구비를 용도 외 사용했다는 이유로 국토교통부장관으로부터 제재 처분을 받음.
• 피고: 국토교통부장관. 국가 연구개발사업의 관리 주체로서 연구비 부정 사용에 대한 제재 처분을 내림.
• 국토교통과학기술진흥원: 국가연구개발사업 과제를 선정하고 주관연구기관과 협약을 체결하며 연구비 사용 실태를 점검하여 부정 사용 사실을 적발한 기관.

분쟁 상황

주식회사 A는 2017년부터 한국지질자원연구원과 공동으로 'C'라는 국가연구개발사업 과제를 수행했습니다. 2019년도 연구개발비는 총 4억 1,300만 원으로 정부 출연금 2억 800만 원, 원고 회사의 현금 부담금 2,050만 원, 현물 부담금 1억 8,450만 원으로 구성되어 있었습니다. 2019년 11월 국토교통과학기술진흥원의 현장실태점검 결과, 주식회사 A와 관리인 B는 2019년 4월 10일부터 7월 31일까지 7차례에 걸쳐 연구비 관리 시스템에 집행 등록 후 당일에 이를 취소하는 방법으로 2019년도 연구개발비 중 총 3억 1,512만 2,222원을 인출한 사실이 적발되었습니다. 이 중 원고들이 착오 인출이라고 이의 제기한 2건(총 3,551만 1,111원)은 진흥원이 받아들였으나, 나머지 5건의 인출액 2억 2,111만 1,111원은 용도 외 사용금액으로 특정되었습니다. 이에 국토교통부장관은 2020년 6월 12일 원고들에게 ① 참여 제한 5년 처분, ② 원고 회사에 환수금 9,102만 원 부과처분, ③ 원고들에게 제재부가금 3억 4,032만 4,500원 부과처분을 내렸고, 원고들은 이 처분들이 부당하다며 취소 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

국가 연구개발사업의 연구개발비 2억 2,111만 1,111원의 용도 외 사용 여부와 이에 따른 국토교통부장관의 참여 제한 5년, 환수금 9,102만 원, 제재부가금 3억 4,032만 4,500원 부과 처분이 재량권을 일탈하거나 남용한 것인지의 적법성 여부입니다.

법원의 판단

법원은 원고들의 청구를 모두 기각하고, 국토교통부장관이 내린 참여 제한 5년, 환수금 9,102만 원, 제재부가금 3억 4,032만 4,500원의 처분이 모두 적법하다고 판단했습니다. 이에 따라 소송비용은 원고들이 부담하도록 했습니다.

결론

재판부는 원고들이 2019년도 연구개발비 중 2억 2,111만 1,111원을 용도 외에 사용했으며, 이는 연구비 관리 시스템에 집행 등록 후 당일 취소하는 방식으로 부정하게 인출되어 회사 운영자금으로 사용된 사실이 명확하다고 보았습니다. 또한, 원고들의 '착오 인출' 주장은 인출과 복구 시점의 간격 및 반복성 등을 고려할 때 받아들이기 어렵고, '인건비 지출' 주장은 증명 자료가 전혀 없어 인정되지 않았습니다. 재판부는 피고의 처분이 연구개발비의 부정 사용 의도, 국고 손실 규모, 그리고 관련 규정 및 세부 지침에 따른 것으로 재량권을 일탈하거나 남용했다고 볼 수 없다고 결론 내렸습니다.

연관 법령 및 법리

본 사건에는 주로 '구 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정(2019. 3. 19. 대통령령 제29625호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 사업관리규정')' 및 국토교통부와 진흥원의 세부 지침인 '국토교통R&D 문제과제 처리 및 제재조치 업무매뉴얼'이 적용되었습니다.

1. 구 사업관리규정 제12조의2 제2항 (연구개발비 사용 및 관리)​ 이 조항은 연구개발비를 사용할 때 사용 내역에 관한 증명 자료를 갖추도록 규정하고 있습니다. 원고들이 연구원 인건비로 사용했다고 주장하면서도 관련 증명 자료를 제시하지 못한 점이 용도 외 사용을 입증하는 중요한 근거가 되었습니다.

2. 구 사업관리규정 제27조 제1항 [별표 4의2] 제2호 나목 2) (참여제한처분 기준)​ 이 기준에 따르면 연구개발비를 30%를 초과하여 용도 외 사용한 경우 최대 5년까지 참여 제한 처분을 할 수 있습니다. 원고들이 2019년도 연구개발비 4억 1,300만 원 중 30%를 초과하는 2억 2,111만 1,111원을 용도 외 사용한 것으로 인정되어, 5년의 참여 제한 처분은 법정 상한 범위 내에서 적법하다고 판단되었습니다.

3. 구 사업관리규정 제27조의4 제1항 [별표6] (제재부가금 부과 기준)​ 이 기준은 정부 출연금 중 용도 외 사용 금액이 '1억 원 초과 3억 원 이하'인 경우 특정 산식에 따라 제재부가금을 부과할 수 있으며, 용도 외 사용 금액이 정부 출연금의 50%를 초과하는 경우 제재부가금을 1.5배까지 가중할 수 있도록 합니다. 본 사건에서 정부 출연금에 해당하는 용도 외 사용 금액은 2억 125만 5,333원으로, 이는 1억 원 초과 3억 원 이하에 해당하며 정부 출연금 2억 800만 원의 50%를 초과합니다. 이에 따라 최대 3억 4,032만 4,500원의 제재부가금 부과는 관련 규정에 부합하는 것으로 보았습니다.

4. 구 사업관리규정 제27조 제11항 [별표 5] (환수 처분 기준)​ 정부 출연금 전액에 대한 환수 처분도 가능하나, 피고는 원고들이 용도 외 사용 금액 중 1억 2,111만 1,111원을 원상회복한 점을 고려하여 미회복 금액인 1억 원 중 정부 출연금에 해당하는 9,102만 원만을 환수하는 처분을 내렸습니다. 이는 원고들에게 유리하게 반영된 것으로 판단되었습니다.

5. 국토교통R&D 문제과제 처리 및 제재조치 업무매뉴얼 이 매뉴얼은 의도적으로 연구개발비를 부정 집행한 경우 법정 상한인 5년의 참여 제한을 하도록 정하고 있습니다. 원고들의 연구개발비 부정 사용 경위가 고의적이었다고 인정되어 5년의 참여 제한 처분이 재량권의 범위를 벗어나지 않았다고 보았습니다.

6. 행정처분의 재량권 일탈·남용 여부 판단 원칙 법원은 행정청의 처분이 관련 법규와 지침에 따라 이루어졌으며, 연구비 부정 사용의 고의성, 국고 손실 규모, 이미 고려된 감경 사유 등을 종합적으로 판단할 때 처분이 비례의 원칙 등을 위배하여 재량권을 일탈하거나 남용했다고 보기 어렵다고 판단했습니다.

참고 사항

국가 연구개발사업에 참여하는 경우 다음과 같은 점에 유의해야 합니다.

• 연구비 사용의 엄격한 규정 준수: 연구개발비는 사업 목적과 관련 법령, 협약에 정해진 용도로만 사용해야 합니다. 연구비 관리 시스템에 집행 등록 후 취소하는 등의 행위는 부정 사용으로 간주될 수 있습니다.
• 명확한 증빙 자료 확보: 모든 연구비 집행 내역은 사용 용도를 명확히 입증할 수 있는 증명 자료를 반드시 갖춰야 합니다. 증명 자료 없이 인건비 등으로 사용했다고 주장하는 것은 받아들여지기 어렵습니다.
• 착오 발생 시 즉각적인 조치: 만약 연구비 인출에 착오가 있었다면, 인출 당일에 즉시 원상회복하고 관련 증거를 확보해야 합니다. 인출과 복구 사이에 시간적 간격이 길어지면 의도적인 부정 사용으로 판단될 가능성이 높습니다.
• 경영난은 연구비 부정 사용의 사유가 될 수 없음: 회사의 경영난은 연구개발비를 용도 외로 사용하는 정당한 이유가 될 수 없습니다. 어떠한 경우에도 연구개발비를 회사 운영 자금으로 전용하는 것은 금지됩니다.
• 감경 사유의 제한적 적용: 부정 사용 금액 중 일부만 원상회복한 경우, 법령에 따른 감경 사유로 인정받기 어렵습니다. 또한, 연구 협약상 당연히 이행해야 할 의무를 이행한 것은 제재 처분 감경 사유로 고려되지 않습니다.
• 높은 제재부가금과 환수 가능성: 정부 출연금 비율이 높은 연구비의 경우, 용도 외 사용 금액에 비례하여 환수금과 제재부가금의 규모가 커지며, 부정 사용 금액이 정부 출연금의 50%를 초과하는 경우 제재부가금이 가중될 수 있습니다.