공동주택 사업 토지 취득 시점과 세금 부과 분쟁

주식회사 A는 2005년부터 2011년까지 양주시의 토지를 공동주택 신축사업을 위해 매입하고 대금을 모두 지급했습니다. 해당 토지가 토지거래허가구역 내에 있어 법인 명의로 취득할 수 없었기에, 회사는 개인 명의로 소유권이전등기를 먼저 마치는 명의신탁 방식을 사용했습니다. 이후 토지거래허가구역 지정이 해제되자 회사는 본인 명의로 소유권이전등기를 마치면서 취득세 및 농어촌특별세(이하 취득세 등)를 납부했습니다. 양주시장은 2011년과 2014년 두 차례 세무조사를 실시했고, 회사가 매매대금을 지급한 날을 '사실상 취득' 시점으로 보아 취득세 등을 추가 부과했습니다. 이에 회사는 첫 번째 세무조사에서 이미 조사된 토지에 대해 다시 조사하는 것은 '중복세무조사 금지' 위반이고, 본인 명의 등기 시 납부한 취득세 등과 별도로 '사실상 취득' 시점에 다시 부과하는 것은 '이중과세'에 해당하며, 가산세 부과에도 정당한 사유가 있다고 주장하며 처분 취소 소송을 제기했습니다. 법원은 2007년까지 잔금을 지급한 토지에 대한 재조사는 중복조사 금지에 해당하여 위법하다고 판단했으나, 2008년 이후 잔금을 지급한 특정 토지에 대해서는 재조사 금지 대상이 아니라고 보았습니다. 또한 '사실상 취득'에 따른 취득세 납세의무는 매매대금을 모두 지급한 날 성립하므로 이후 등기는 형식적 요건을 추가한 것일 뿐이며 이중과세가 아니라고 판시했습니다. 명의신탁의 경우에도 동일 법리가 적용된다고 보았습니다. 가산세 부과에 대해서는 법령의 부지나 오해는 정당한 사유가 될 수 없다고 판단하여 회사의 주장을 기각했습니다.

관련 당사자

• 주식회사 A: 양주시에서 공동주택 신축사업을 추진하며 토지를 매입하고 취득세 등 부과처분 취소를 구한 회사
• 양주시장: 주식회사 A에 대해 취득세 등 부과처분을 한 지방자치단체

분쟁 상황

주식회사 A는 공동주택 신축을 위해 토지거래허가구역 내 토지를 매입하는 과정에서, 법인 명의로 취득이 어렵자 개인 명의로 등기하는 명의신탁 방식을 사용했습니다. 회사는 2005년부터 2011년까지 토지 소유자들에게 매매대금을 모두 지급했고, 2010년 12월 15일 토지거래허가구역 지정이 해제되자 본인 명의로 소유권이전등기를 마치면서 취득세를 신고 납부했습니다. 그러나 양주시장은 2011년과 2014년에 걸쳐 두 차례 세무조사를 실시하며, 주식회사 A가 매매대금을 모두 지급한 날을 '사실상 취득일'로 보아 취득세 등의 납세의무가 성립했다고 판단했습니다. 이에 따라 이미 회사 명의로 등기할 때 납부한 취득세 등과 별개로 '사실상 취득' 시점에 해당하는 취득세 등을 추가로 부과하는 처분을 내렸습니다. 주식회사 A는 이러한 추가 부과 처분에 대해 크게 세 가지 쟁점을 들어 소송을 제기했습니다. 첫째, 2011년 세무조사 대상이었던 토지에 대해 2014년 다시 조사한 것은 지방세법상 '중복세무조사 금지' 원칙을 위반한 것이라고 주장했습니다. 둘째, '사실상 취득' 시점과 '등기' 시점에 각각 취득세를 부과하는 것은 '이중과세'에 해당하여 위법하다고 주장했습니다. 특히, 토지거래허가구역 내 토지의 경우 허가구역 지정 해제 시점을 사실상 취득 시점으로 보아야 한다고 주장했습니다. 셋째, 이미 취득세를 납부했음에도 또 다시 세금을 부과하는 것은 가산세를 부과할 정당한 사유가 된다고 주장했습니다. 이 사건은 이러한 주식회사 A의 주장과 양주시장의 과세 처분 사이의 정당성 여부를 다루는 분쟁입니다.

핵심 쟁점

1. 이 사건 세무조사가 '중복세무조사 금지' 원칙을 위반한 것인지 여부
2. 부동산 '사실상 취득' 시기와 '소유권이전등기' 시기에 각각 취득세를 부과하는 것이 '이중과세'에 해당하는지 여부
3. 납세의무자가 취득세 등 신고·납부 의무를 게을리한 데에 '정당한 사유'가 인정되어 가산세를 부과할 수 없는지 여부

법원의 판단

법원은 제1심판결 중 양주시 M 및 N 토지에 관한 취득세 11,278,850원(가산세 포함)과 농어촌특별세 1,127,880원(가산세 포함) 부분의 취소를 명한 피고 패소 부분을 취소하고, 해당 부분에 대한 원고의 청구를 기각했습니다. 원고의 항소는 기각되었으며, 소송 총비용 중 70%는 원고가, 나머지는 피고가 각각 부담하도록 판결했습니다.

결론

법원은 주식회사 A가 제기한 세금 부과처분 취소 소송에 대해 다음과 같이 결론을 내렸습니다. 첫째, '중복세무조사 금지' 주장에 대해서는 2007년 12월 31일까지 잔금이 지급된 토지에 대한 재조사는 원칙적으로 위법하다고 보았으나, 2008년 6월 18일 이후 잔금이 지급된 양주시 M 및 N 토지는 재조사 금지 대상에 해당하지 않는다고 판단했습니다. 따라서 M 및 N 토지에 대한 취득세 부과는 적법하다고 보았습니다. 둘째, '이중과세' 주장에 대해서는 부동산 매매대금을 모두 지급한 날 '사실상 취득'에 따른 취득세 납세의무가 성립하며, 이후 소유권이전등기는 형식적 요건을 추가한 것에 불과하므로 새로운 취득세 납세의무가 성립하는 것이 아니라고 판단했습니다. 이는 3자간 명의신탁의 경우에도 동일하게 적용되며, 토지거래허가구역 내 토지라 하더라도 잔금 지급일에 사실상 취득한 것으로 보아야 한다고 하여 이중과세 주장을 받아들이지 않았습니다. 셋째, '가산세 부과의 정당한 사유' 주장에 대해서는 법령의 부지(모름)나 오해는 가산세를 부과하지 않을 정당한 사유가 될 수 없다고 보았습니다. 회사는 토지 매매대금을 지급한 날 취득세 납세의무가 성립했음을 알았거나 충분히 알 수 있었다고 판단하여, 회사의 주장을 기각했습니다.

연관 법령 및 법리

• 중복 세무조사 금지 원칙 (구 지방세기본법 제108조 제2항, 국세기본법 제81조의4 제2항 등)​: 세무공무원은 원칙적으로 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없으나, '지방세 탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우' 등 예외적인 상황에서는 재조사가 허용됩니다. 본 사안에서는 2007년까지 잔금이 지급된 토지에 대한 재조사는 위 원칙에 위배되어 위법하다고 판단되었지만, 특정 토지(양주시 M 및 N)는 잔금 지급일이 2008년 6월 18일이어서 재조사 금지 대상에 해당하지 않아 적법한 조치로 인정되었습니다. '명백한 자료'는 그 실체가 사실에 해당할 뿐 인정할 근거가 될 수 없으며, 기존 조사에서 확인할 수 없었던 자료여야 한다는 엄격한 기준을 제시하고 있습니다.
• 취득세 납세의무의 성립 및 '사실상 취득' (구 지방세법 제105조 제1항 및 제2항, 구 지방세법 시행령 제73조, 제20조 등)​: 취득세는 부동산 등을 '취득'한 자에게 부과하며, 등기나 등록을 하지 않았더라도 매매대금 지급과 같이 '사실상 취득'한 때에 취득한 것으로 봅니다. '사실상 취득'은 대금의 지급과 같은 소유권 취득의 실질적 요건을 갖춘 경우를 의미하며, 유상승계취득의 경우 '사실상의 잔금지급일 또는 그 계약상의 잔금지급일'에 취득세 납세의무가 성립합니다. 본 사안에서 법원은 주식회사 A가 토지 매매대금을 모두 지급한 날 '사실상 취득'이 이루어져 취득세 납세의무가 성립했다고 보았습니다.
• 명의신탁 부동산의 취득 시점: 3자간 등기명의신탁 약정에 따라 명의수탁자 명의로 등기를 마쳤다가 이후 본인 명의로 등기를 마친 경우에도, 매매대금을 모두 지급하여 부동산을 '사실상 취득'한 날 취득세 납세의무가 성립합니다. 이후 본인 명의 등기는 잔금 지급일에 성립한 납세의무와 별개의 새로운 취득으로 보지 않습니다.
• 토지거래허가구역 내 토지의 취득 시점: 토지거래허가구역 내 토지에 대해 매매계약을 체결하고 대금을 지급한 경우, 비록 계약이 유동적 무효 상태일지라도 나중에 허가를 받거나 허가구역 지정이 해제되면 계약은 소급하여 유효해지므로 '실제 잔금을 지급한 날'을 취득세 부과를 위한 취득 시기로 봅니다.
• 가산세 부과 및 '정당한 사유' (국세기본법 제48조 제1항)​: 납세의무자가 법에 규정된 신고, 납세 등 의무를 위반한 경우 부과되는 행정적 제재입니다. 단순한 법률의 부지(모름)나 오해는 정당한 사유로 인정되지 않습니다. 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것에 책임을 귀속시킬 수 없는 합리적인 이유가 있거나 의무 이행을 기대하기 어려운 사정이 있을 때 등, 의무를 게을리 한 점을 비난할 수 없는 경우에만 가산세를 부과하지 않을 수 있습니다. 본 사안에서 주식회사 A의 주장은 법령의 부지 또는 오해에 해당하여 정당한 사유로 인정되지 않았습니다.

참고 사항

• 명의신탁 시점의 취득세 납세의무: 부동산을 명의신탁 방식으로 취득하더라도 매매대금을 모두 지급하여 사실상 소유권을 취득한 날 취득세 납세의무가 성립합니다. 이후 명의수탁자로부터 본인 명의로 등기를 하는 행위는 새로운 취득이 아니라 기존 '사실상 취득'에 대한 형식적 요건을 갖추는 것으로 간주되어 별도의 취득세가 부과되지 않습니다.
• 토지거래허가구역 내 토지 취득 시기: 토지거래허가구역 내 토지라도 매매계약이 체결되고 잔금이 모두 지급되었다면, 설령 허가를 받지 않아 계약이 유동적 무효 상태였더라도, 나중에 허가를 받거나 허가구역 지정이 해제되면 그 매매계약은 소급하여 유효해지므로 '실제 잔금을 지급한 날'을 사실상 취득 시기로 보아 취득세 납세의무가 발생합니다. 허가구역 해제일이 취득 시점이 아님에 유의해야 합니다.
• 세무조사 금지 원칙과 예외: 지방세법 및 국세기본법에 따라 원칙적으로 동일한 세목과 과세기간에 대해 중복 세무조사는 금지되지만, '지방세 탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우' 등 예외적인 경우에는 재조사가 허용될 수 있습니다. 단순히 다른 기관으로부터 명의신탁 사실을 통보받은 것만으로는 명백한 자료로 인정되지 않을 수 있습니다.
• 가산세 부과와 '정당한 사유': 법령을 몰랐거나 오해하여 취득세 등 신고·납부 의무를 이행하지 않은 것은 일반적으로 가산세를 부과하지 않을 '정당한 사유'로 인정되지 않습니다. 납세의무자는 관련 법규를 정확히 이해하고 정해진 시기에 세금을 신고하고 납부해야 할 책임이 있습니다.
• 취득세 과세표준 기준: 취득세는 취득 당시의 취득가액을 기준으로 과세표준과 세액을 신고·납부해야 합니다. 임의로 다른 기준으로 신고·납부했더라도 적법한 신고·납부로 인정되지 않을 수 있습니다.