세금 · 행정
선박용품 제조업체인 주식회사 A는 세무조사 결과 가공거래, 허위 급여 및 접대비, 직무발명보상금 부당 지급, 매출누락 등의 사유로 2013년부터 2017년까지 총 수십억 원의 법인세가 부과되었습니다. A사는 이에 불복하여 조세심판 청구를 통해 일부 재조사 결정을 받았고, 이후 선행 소송에서 가공거래 및 허위 경비 관련 법인세 부과처분 취소 판결을 받기도 했습니다. 그러나 매출누락 및 수출알선수수료 손금 불인정 부분에 대해서는 별도로 소송을 진행하였고, 1심 법원이 A사의 주장을 받아들이지 않자 항소했으나, 항소심 또한 1심의 판단이 정당하다고 보아 A사의 항소를 기각했습니다. 이로써 A사는 세무서장이 부과한 법인세를 납부해야 하게 되었습니다.
주식회사 A는 세무조사 결과, 주식회사 B와의 가공거래, 대표이사 배우자의 허위 급여 및 접대비 지출, 대표이사 C에 대한 직무발명보상금 부당 지급, 그리고 매출 누락 등 여러 사유로 2013년부터 2017년까지 사업연도에 대한 대규모 법인세가 부과되었습니다. 특히, A사는 약 160억 원이 넘는 매출을 누락한 사실이 드러나자, 약 136억 원에 달하는 수출알선수수료를 손금에 산입하여 과세표준을 낮추려 했습니다. 그러나 법원은 이 수출알선수수료의 지급 경위가 이례적이고, 제출된 증빙 자료(사본 위주의 전자메일과 수기 영수증)의 신뢰성이 낮으며, 증인의 증언 또한 객관성이 부족하다고 판단하여 손금으로 인정하지 않았습니다. 또한, A사는 세무서가 재조사 결정을 제대로 이행하지 않고 자사의 NAS 전산자료의 오류를 간과하여 근거과세의 원칙에 위배된다고 주장했으나, 이 역시 법원에서 받아들여지지 않았습니다.
세무서의 재조사 결정이 충분히 이행되지 않아 처분이 위법한지, 회사의 전산 자료를 근거로 매출누락액을 산정한 것이 근거과세 원칙에 어긋나는지, 그리고 회사가 선주 등에게 지급했다고 주장하는 약 136억 원의 수출알선수수료를 법인세 계산 시 비용(손금)으로 인정해야 하는지가 주요 쟁점이었습니다. 또한, 이전 소송의 판결이 이번 소송에 영향을 미치는지(기판력)에 대한 본안전항변도 다루어졌습니다.
법원은 피고(세무서장)의 본안전항변(기판력)을 받아들이지 않았습니다. 그러나 원고(주식회사 A)의 항소는 이유 없다고 판단하여 기각했습니다. 즉, 세무조사 재조사가 미흡했다거나 NAS 전산자료를 근거로 한 과세가 위법하다는 원고의 주장과, 약 136억 원의 수출알선수수료를 손금으로 인정해야 한다는 원고의 주장을 모두 받아들이지 않고 1심 판결이 정당하다고 보았습니다. 이에 따라 항소 비용은 원고가 부담하도록 했습니다.
주식회사 A는 법인세 부과처분 취소소송에서 최종적으로 패소하여, 세무서장이 부과한 법인세를 납부해야 하며, 회사가 주장한 수출알선수수료는 손금으로 인정받지 못하게 되었습니다.
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