세금 · 행정
한국환경공단은 환경오염방지사업을 수행하는 비영리법인으로, 2004년부터 2009년까지 정부대행사업 등을 수행하며 공급한 재화나 용역이 부가가치세 면세 대상인 '실비 공급'에 해당한다고 보아 부가가치세를 신고·납부하지 않았습니다. 또한 수익사업에서 발생한 소득에 대해 법인세를 신고·납부해왔습니다. 그러나 세무서장들은 공단이 공급한 재화나 용역이 실비 공급이 아니어서 부가가치세 면세 대상이 아니라고 판단했고, 정부업무대행사업비에서 발생한 이자소득의 실질적 귀속자 및 수익사업에 사용된 정부출연금의 익금 산입 여부에 대해서도 이견을 보이며 공단에 부가가치세와 법인세를 경정·고지했습니다. 이에 공단은 세금 부과처분 취소를 구하는 소송을 제기했습니다.
한국환경공단은 환경오염방지사업을 수행하는 비영리법인으로서 정부의 여러 대행·위탁 사업을 맡아왔습니다. 공단은 이 사업들에서 발생하는 재화 또는 용역의 공급을 부가가치세법상 면세 대상인 '고유의 사업목적을 위한 실비 또는 무상 공급'으로 판단하여 부가가치세를 신고·납부하지 않았습니다. 또한 수익사업에서 발생한 소득에 대해서만 법인세를 신고·납부했습니다. 그러나 세무서장들은 공단의 사업이 실비 공급이 아니므로 부가가치세가 과세되어야 한다고 보았고, 업무대행사업비에서 발생한 이자소득의 실질적 귀속 문제나 수익사업에 사용된 정부출연금의 익금 산입 여부에 대해서도 이견을 제기하며 2004년부터 2010년 사업연도까지의 부가가치세 및 법인세를 경정·고지했습니다. 이에 공단이 세금 부과처분이 위법하다고 주장하며 취소 소송을 제기하면서 분쟁이 시작되었습니다.
이 사건의 주요 쟁점은 세 가지입니다. 첫째, 한국환경공단이 수행한 사업과 관련하여 공급한 재화 또는 용역이 부가가치세 면세 대상인 '실비 공급'에 해당하는지 여부입니다. 둘째, '실비 공급' 여부를 판단할 때 개별적인 재화 또는 용역의 공급을 기준으로 할 것인지, 아니면 여러 사업을 묶은 사업 분야 전체를 기준으로 할 것인지에 대한 판단 기준입니다. 셋째, 공단이 정부 또는 지방자치단체로부터 받은 업무대행사업비에서 발생한 이자소득의 실질적인 귀속자가 공단인지 아니면 정부 또는 지방자치단체인지 여부와 공단의 수익사업에 사용된 정부출연금이 수익사업의 익금에 해당하는지 여부입니다.
대법원은 부가가치세 부과처분과 관련하여 원심판결을 파기하고 사건을 서울고등법원에 환송했습니다. '실비 공급' 여부는 원칙적으로 개별적인 재화 또는 용역의 공급을 기준으로 판단해야 하며, 원심이 각 사업 분야 전체를 기준으로 판단한 것은 법리를 오해한 잘못이라고 보았습니다. 반면 법인세 부과처분과 관련해서는 원고와 피고 서인천세무서장의 나머지 상고를 모두 기각했습니다. 즉, 수익사업에 사용된 정부출연금은 수익사업의 익금에 해당하고, 정부업무대행사업비에서 발생한 이자소득의 실질적인 귀속자는 한국환경공단으로 보아야 한다는 원심의 판단은 옳다고 보았습니다.
대법원은 부가가치세 면세 대상인 '실비 공급' 여부 판단 시 개별 재화 또는 용역 단위로 검토해야 한다는 중요한 기준을 제시하며, 이 부분에 대한 원심 판결을 파기하고 다시 심리하도록 결정했습니다. 그러나 법인세 관련하여 비영리법인이 수익사업에 사용한 정부출연금은 수익사업의 익금에 포함되며, 정부 업무대행 사업비에서 발생한 이자소득은 그 실질적 귀속자가 해당 법인이라고 판단한 원심의 결론은 유지했습니다.
이 사건은 부가가치세 면세 기준인 '실비 공급'의 해석과 적용에 대한 중요한 법리를 다루고 있습니다. 1. 구 부가가치세법 제12조 제1항 제16호, 구 부가가치세법 시행령 제37조 제1호, 구 부가가치세법 시행규칙 제11조의5 제1항: 이 조항들은 종교, 자선, 학술, 구호 등 공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역에 대해서는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있습니다. 여기서 핵심 쟁점은 '실비'의 의미와 그 판단 단위였습니다. 대법원은 '실비' 여부는 원칙적으로 '개별적인 재화 또는 용역의 공급'을 기준으로 판단해야 한다고 명확히 했습니다. 이는 재화나 용역을 공급할 때 이루어지는 세금계산서 교부 및 부가가치세 거래징수 의무가 면세 여부에 따라 달라진다는 점 등을 고려한 것입니다. 즉, 여러 사업을 하나의 사업 분야로 묶어서 실비 여부를 판단하는 것은 적절하지 않다는 법리를 제시했습니다. 2. 구 부가가치세법 제1조 제1항: 이 조항은 부가가치세의 과세 대상을 '재화 또는 용역의 공급'으로 규정하고 있어, 면세 대상 규정 또한 개별 재화 또는 용역의 공급을 기준으로 적용되어야 함을 뒷받침합니다. 3. 법인세법 관련 법리: 비영리법인의 경우에도 수익사업에서 발생한 소득에 대해서는 법인세가 부과될 수 있으며, 수익사업에 사용된 정부출연금은 해당 수익사업의 익금(수입)으로 간주됩니다. 또한, 법인 명의의 계좌에 예치된 사업비에서 발생한 이자소득은 그 사업비를 처분할 권한이 법인에 있다면, 비록 후에 정산 의무가 있더라도 이자소득의 실질적 귀속자는 해당 법인으로 보아야 한다는 원칙이 적용됩니다.
비영리법인이나 공익법인이 재화 또는 용역을 공급하고 부가가치세 면세를 적용받으려면 '고유의 사업목적을 위하여 실비 또는 무상으로 공급하는 경우'에 해당해야 합니다. 이때 '실비' 여부는 개별적인 재화 또는 용역의 공급 건별로 판단하는 것이 원칙입니다. 여러 사업을 묶어서 하나의 단위로 판단하는 것은 적절하지 않을 수 있습니다. 정부나 지방자치단체로부터 받은 출연금(지원금)이 해당 법인의 수익사업에 사용된 경우, 해당 출연금은 법인세법상 수익사업의 익금(수입)으로 간주되어 과세 대상이 될 수 있습니다. 이는 비영리법인이라 할지라도 수익사업을 운영하는 경우 해당 수익에 대해서는 법인세가 부과될 수 있음을 의미합니다. 정부나 지방자치단체로부터 업무대행을 위해 받은 사업비를 법인 명의의 계좌에 예치하여 발생한 이자소득은, 특별한 사정이 없는 한 해당 법인의 소유로 귀속되며 처분권한도 법인에 있다고 보아 이자소득의 실질적 귀속자가 법인으로 판단될 수 있습니다. 비록 정산 후 일부를 반환할 의무가 있더라도 이는 이자소득 귀속 판단에 영향을 주지 않을 수 있습니다. 세법 해석의 문제로 세금 분쟁이 발생할 경우, 면세 기준이나 소득 귀속 주체 등에 대한 판단은 법률 전문가의 도움을 받아 명확히 하는 것이 중요합니다. 특히 부가가치세의 '실비' 판단 기준은 개별 공급 건마다 다를 수 있으므로 신중한 접근이 필요합니다.
