세금 · 행정
한국철도공사가 노인 장애인 운임감면 벽지노선 운영 등 공익서비스를 제공하고 국가로부터 받은 보상금이 부가가치세 과세표준에 포함되는지 여부가 쟁점이 된 사건입니다. 한국철도공사는 보상금을 제외하고 부가가치세를 신고했으나 세무서가 보상금을 비과세사업 수입으로 보고 추가 과세 처분을 했습니다. 대법원은 이 보상금을 용역 제공의 대가가 아닌 재정 지원 목적의 국고보조금으로 보아 부가가치세 과세표준에 포함되지 않는다고 판단하고 사건을 다시 심리하도록 고등법원으로 돌려보냈습니다.
한국철도공사는 2008년에 과세사업과 면세사업을 겸영하며 노인 장애인 국가유공자 운임 감면 수요가 적은 벽지 노선 운영 특별동차 운영 등 공익서비스를 제공했습니다. 이러한 공익서비스 제공에 대해 국토해양부장관으로부터 2008년 공익서비스비용 보상액으로 총 266,168,000,000원을 지급받았습니다. 한국철도공사는 이 보상액을 포함하지 않고 공통매입세액을 계산하여 2008년 제2기 부가가치세를 신고했습니다. 그러나 영등포세무서장 등은 이 공익서비스보상액이 비과세사업에 대한 대가이므로 공통매입세액 계산 시 이를 반영해야 한다고 판단하여 2014년 1월 22일 한국철도공사에 2008년 제2기분 부가가치세 합계 5,713,236,200원(가산세 포함)을 추가로 부과했습니다. 이에 한국철도공사가 이 부과처분에 불복하여 소송을 제기한 상황입니다.
국가로부터 받은 공익서비스 보상금이 부가가치세법상 용역 공급의 대가에 해당하는지 혹은 부가가치세 과세표준에서 제외되는 국고보조금에 해당하는지에 따라 과세사업과 비과세사업 겸영 시 공통매입세액 안분 계산 방법이 달라지는 것이 핵심 쟁점입니다.
대법원은 원심판결을 파기하고 사건을 서울고등법원에 환송했습니다. 이는 한국철도공사가 국가로부터 받은 공익서비스 보상액이 부가가치세 과세표준에 포함되지 않는 국고보조금에 해당한다고 판단하여, 이를 비과세사업의 수입으로 보고 부가가치세를 부과한 처분은 위법하다는 취지입니다.
대법원은 한국철도공사가 제공한 공익서비스에 대한 보상액 총 266,168,000,000원이 철도 이용자에 대한 용역의 공급 대가가 아닌 재정적 원조를 목적으로 국가로부터 지급된 국고보조금이라고 판단했습니다. 따라서 이 보상액은 부가가치세 과세표준에서 제외되며, 이를 기초로 공통매입세액 안분 계산에 관한 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항을 적용하거나 유추 적용하는 것은 부적절하다고 결론 내렸습니다. 원심이 이와 달리 판단하여 추가 과세 처분이 적법하다고 본 것은 법리 오해 및 심리 미진의 잘못이 있다고 판시했습니다.
이 사건은 부가가치세법상 '국고보조금'의 성격과 '과세사업과 비과세사업 겸영 시 공통매입세액 안분계산'에 대한 법리를 다루고 있습니다.
구 부가가치세법 제13조 제2항 제4호 (국고보조금의 과세표준 제외): 이 조항은 재화나 용역의 공급 대가가 아닌 재정상의 원조를 목적으로 지급되는 국고보조금을 부가가치세 과세표준에서 제외한다고 규정합니다. 대법원은 한국철도공사가 받은 공익서비스보상액이 철도 이용자에게 제공된 용역의 직접적인 대가가 아니라, 국가의 공익적 기능 유지를 위한 재정 지원 성격의 국고보조금에 해당한다고 판단했습니다. 따라서 이 보상액은 부가가치세가 부과되는 대상에 포함되지 않습니다.
구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 (공통매입세액 안분계산 원칙): 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용된 매입세액은 원칙적으로 총 공급가액 중 면세사업 공급가액이 차지하는 비율에 따라 안분하여 계산합니다. 이는 면세사업에 대한 '공급대가'가 있는 경우에 적용됩니다. 대법원은 이 사건 공익서비스보상액이 용역 공급의 대가가 아닌 국고보조금이므로, 이 규정을 직접 적용하거나 유추하여 적용할 수 없다고 보았습니다.
구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 (다른 합리적인 안분계산 방법): 제1항을 적용할 수 없을 때에는 다른 합리적인 안분계산 방법을 찾아 적용하도록 규정하고 있습니다. 대법원은 공익서비스보상액을 면세사업의 공급대가로 보아 안분 계산하는 것이 부적절하며, 대신 다른 합리적인 안분계산 방법을 찾아 적용해야 함을 시사했습니다.
구 철도산업발전기본법 제3조, 제32조, 제33조 (공익서비스 제공 및 보상): 이 법령들은 철도운영자가 영리 목적이 아닌 공익적 목적을 위해 철도서비스를 제공하고 이에 대한 비용을 국가로부터 보상받는 근거를 제시합니다. 대법원은 이 법령들을 바탕으로 한국철도공사가 받은 보상액이 재정 지원 성격의 국고보조금임을 재차 확인했습니다.
종합적으로 대법원은 공익서비스 보상액을 용역 공급의 대가가 아닌 국고보조금으로 판단하여, 이를 부가가치세 과세표준에 포함하여 공통매입세액을 안분 계산하는 것은 잘못이라고 판시했습니다. 따라서 과세관청은 이 보상액을 제외한 다른 합리적인 방법으로 공통매입세액을 다시 계산해야 합니다.
