
행정
사직주공아파트 재건축조합은 조합원으로부터 신탁받은 토지와 외부에서 매입한 토지에 아파트를 지어 일반분양했습니다. 조합은 일반분양분 토지에 대해 취득세와 농어촌특별세를 납부했으나, 이후 '조합원 신탁 토지는 과세 대상이 아니다'라는 대법원 판례를 근거로 세금 환부를 청구했습니다. 동래구청장이 이를 반려하자 소송을 제기했습니다. 1심과 2심은 제3자로부터 매입한 토지에 대한 이중 납세는 무효로 보아 환부 의무를 인정했지만, 그 면적을 일반분양분 전체 면적에 대한 매입 토지 비율로 안분하여 산정했습니다. 그러나 대법원은 원심의 면적 산정 방식이 잘못되었다고 판단했습니다. 대법원은 비조합원용 토지(일반분양분) 중 제3자로부터 매입한 토지는 특별한 사정이 없는 한 우선적으로 조합원 외의 자에게 귀속되는 것으로 보아야 하므로, 이중 납세 부분은 제3자 매입 토지 전체 면적으로 산정해야 한다며 원심 판결을 파기하고 사건을 다시 판단하도록 돌려보냈습니다.
사직주공아파트 재건축조합은 재건축 사업 과정에서 제3자로부터 24,187.8㎡의 토지를 매입하면서 취득세와 농어촌특별세를 납부했습니다. 이후 일반분양분 아파트와 상가에 대해 대지권 등기가 이루어지자, 동래구청 공무원의 안내에 따라 일반분양분 토지 30,773.68㎡에 대해 다시 취득세 535,462,030원과 농어촌특별세 53,546,200원을 신고 납부했습니다.
그러던 중 '조합원으로부터 신탁에 의해 취득한 토지 중 일반분양분 토지는 취득세 과세 대상이 되지 않는다'는 취지의 대법원판결이 선고되자, 조합은 2008년 4월 14일 동래구청장에게 취득세와 농어촌특별세의 산출세액을 각 0원으로 수정한 수정신고 및 과오납세액환부청구를 했으나, 동래구청장은 수정신고 사유에 해당하지 않는다는 이유로 이를 반려했습니다. 이에 조합은 이미 한 번 세금을 납부한 제3자 매입 토지에 대해 또다시 세금을 납부하게 된 상황에 불복하여 소송을 제기했습니다.
주택재건축조합이 조합원에게 신탁받은 토지와 제3자로부터 매입한 토지를 혼합하여 아파트 등을 건축한 후 일반분양했을 때, 비조합원용 토지(일반분양분) 중 '이중 납세'에 해당하는 제3자 매입 토지의 면적을 어떻게 산정해야 하는지가 이 사건의 주요 쟁점입니다.
원심판결 중 원고 패소 부분, 즉 이중 납세에 해당하는 제3자 매입 토지 면적 산정 방식에 대한 판단을 파기하고, 이 부분 사건을 부산고등법원에 환송했습니다.
대법원은 재건축조합이 일반분양하는 토지 중 제3자로부터 매입한 토지는 특별한 사정이 없는 한 조합원에게 귀속되지 않는 비조합원용 토지에 우선적으로 해당한다고 판단했습니다. 이는 이중 납세가 발생한 면적을 제3자로부터 매입한 토지 전체 면적으로 보아야 한다는 의미이며, 결과적으로 재건축조합의 세금 부담을 줄이는 판결입니다.
재건축조합 등 주택조합이 사업을 진행할 때, 조합원으로부터 신탁받은 토지와 외부에서 추가 매입한 토지를 함께 사용하는 경우 세금 문제가 복잡해질 수 있습니다.