비상장주식 양도소득세 대주주 판단기준 다툼 사건

원고 A는 비상장 중소기업인 주식회사 B의 주식 43,400주를 24억 870만 원에 매도하고 자신이 대주주가 아니라고 보아 낮은 세율(10%)을 적용해 양도소득세 2억 3,870만 원을 신고 및 납부했습니다. 그러나 피고 연수세무서장은 이 사건 주식의 세법상 시가총액이 10억 원 이상이므로 A를 대주주로 판단하여 더 높은 세율(과세표준 3억 원 초과분에 대해 25%)을 적용, 추가로 3억 9,558만 원의 양도소득세를 부과했습니다. 원고 A는 이 부과 처분이 관련 법규정의 위헌성 및 위법성으로 인해 무효라고 주장하며 소송을 제기했으나, 법원은 비상장주식의 특성을 고려한 세법상 보충적 평가방법에 의한 시가총액 산정이 정당하며 관련 법령이 조세법률주의와 위임입법의 한계를 벗어나거나 재산권을 침해하지 않는다고 판단하여 원고의 청구를 기각했습니다.

관련 당사자

• 원고 A: 주식회사 B의 주식 43,400주를 C 주식회사에 2,408,700,000원에 매도한 개인 주주
• 피고 연수세무서장: 원고 A에게 양도소득세를 추가 부과한 행정기관
• 주식회사 B: 원고 A가 주식을 양도한 주권 비상장법인이자 중소기업
• C 주식회사: 원고 A로부터 주식을 매수한 회사

분쟁 상황

원고 A는 2021년 7월 주권 비상장 중소기업인 주식회사 B의 주식 43,400주를 24억 870만 원에 C 주식회사에 매도했습니다. 원고는 자신이 대주주가 아니라고 보아 비상장주식 소액주주의 세율 10%를 적용하여 양도소득세 2억 3,870만 원을 신고 및 납부했습니다. 그러나 피고 연수세무서장은 구 소득세법 시행령에 따라 비상장주식의 시가총액을 '순손익가치와 순자산가치로 평가'한 결과 이 사건 주식의 시가총액이 10억 원 이상이므로 원고가 대주주에 해당한다고 판단했습니다. 이에 따라 대주주 세율(양도소득 과세표준 3억 원 초과 부분에 25% 적용)을 적용하여 추가 납부세액 3억 9,558만 원을 고지했으며, 원고는 이에 불복하여 이의신청과 조세심판을 거쳐 행정소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

비상장주식 양도 시 '대주주' 여부를 판단하는 시가총액 산정 방법으로 실제 매매가액이 아닌 세법상 '보충적 평가액'을 적용하는 것이 적법한지 여부 및 관련 세법 조항이 조세법률주의, 위임입법의 한계, 재산권을 침해하는지 여부

법원의 판단

원고의 청구를 기각한다 (연수세무서장의 양도소득세 부과 처분은 적법하다)

결론

법원은 비상장주식의 양도소득세 대주주 판단 기준인 시가총액을 세법상 보충적 평가액으로 산정하는 것이 비상장주식의 거래 특성상 객관적이고 합리적인 가액을 도출하기 위한 정당한 방법이라고 판단했습니다. 또한 관련 법령이 조세법률주의와 위임입법의 한계를 벗어나지 않았고 납세자의 재산권을 침해하지 않는다고 보아 원고의 주장을 받아들이지 않고 세무서장의 처분이 적법하다고 판결했습니다.

연관 법령 및 법리

구 소득세법 제104조 제1항: 주식 등의 양도소득세율을 규정하며, '소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 주식'에 대해서는 일반 주주보다 높은 세율이 적용되도록 위임하고 있습니다. 이 사건에서는 양도소득 과세표준 3억 원 초과 부분에 대해 25%의 세율이 적용되었습니다. 구 소득세법 시행령 제167조의8 제1항 제2호 나목 및 제165조 (이 사건 조항): '대주주'의 기준을 '주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 소유하고 있는 주식의 시가총액이 10억 원 이상'인 경우로 정하고 있습니다. 또한 '시가총액'을 계산할 때 '세법상 보충적 평가액'(순손익가치와 순자산가치를 고려) 방식에 따르도록 규정하고 있습니다. 법원은 이러한 규정이 비상장주식은 공개시장에서 가격이 형성되지 않고 그 가치가 수시로 변화하는 특성 때문에 객관적 가치판단이 어려워, 객관적이고 합리적인 가액을 도출하기 위한 정당한 방법이라고 보았습니다. 조세법률주의와 위임입법의 한계: 세금의 종류와 세율 등 중요한 내용은 법률로 정해야 한다는 조세법률주의 원칙이 있습니다. 그러나 법원은 복잡하고 끊임없이 변하는 경제 상황에 대처하고 탈법적인 조세 회피를 방지하기 위해 조세의 세부 사항을 행정입법(대통령령 등)에 위임할 필요가 있으며, 비상장주식과 같이 규율 대상이 다양하고 변화하는 경우 위임의 구체성 요구가 완화될 수 있다고 설명했습니다. 이 사건 조항은 모법인 소득세법에서 대통령령에 위임될 내용의 대강을 예측할 수 있도록 명확하게 규정하고 있어 위임의 한계를 벗어나지 않았다고 판단했습니다. 재산권 침해 여부: 원고는 이 사건 조항으로 인해 재산권이 침해되었다고 주장했으나, 법원은 비상장주식의 가치 평가 방법이 객관성과 합리성을 갖추고 있으며, 주주에게 상법상 회사의 정보를 확인할 권리(상법 제448조 재무제표 등의 비치·공시, 제466조 주주의 회계장부열람권 등)가 보장되어 있어 납세자가 대주주 여부를 예측할 수 있었다고 보아 재산권 침해에 해당하지 않는다고 판단했습니다.

참고 사항

비상장 주식을 양도할 때는 본인이 세법상 '대주주'에 해당하는지 여부를 미리 정확히 확인해야 합니다. 비상장 주식의 대주주 판단 기준인 '시가총액'은 실제 거래된 매매가액이 아닌 세법에서 정한 '보충적 평가방법'(순손익가치와 순자산가치 등을 고려)으로 계산될 수 있음을 유의해야 합니다. 대주주 판단은 주식 양도일이 속하는 사업연도의 '직전 사업연도 종료일 현재'를 기준으로 소유하고 있는 주식의 시가총액이 10억 원 이상인지로 결정됩니다. 비상장 회사의 주주로서 필요한 재무제표나 세무 자료는 상법상 주주에게 보장된 회계장부 열람권 등을 통해 확인할 수 있으므로, 매도 전 관련 정보를 적극적으로 확보하여 대주주 여부를 판단해야 합니다. 대주주에 해당하면 양도소득세율이 크게 높아지므로 주식 매도 전 예상 세액을 충분히 예측하고 납세 계획을 세우는 것이 매우 중요합니다. 특히, 양도소득 과세표준 3억 원 초과 시에는 25%의 높은 세율이 적용될 수 있습니다.