부동산 양도 후 세무서가 다시 매긴 양도소득세에 불복한 사건

원고 A는 2008년에 부동산을 9억 원(계약서상)에 매수하고 2011년에 11억 9천만 원에 양도했습니다. 이후 양도소득세 신고 시 취득가액을 11억 원으로 신고했으나, 피고 광명세무서장은 2017년 세무조사를 통해 실제 취득가액이 9억 원이라고 보고 원고에게 96,915,000원의 양도소득세를 추가로 부과했습니다. 원고는 실제 취득가액이 현금 2억 원을 포함하여 11억 원이었다고 주장하며 세무서의 처분이 신뢰보호원칙에 위배되고 과세전 적부심사 절차를 거치지 않아 위법하다고 소송을 제기했습니다. 그러나 법원은 원고의 현금 지급 주장을 인정할 증거가 부족하고, 세무서의 처분이 신뢰보호원칙이나 절차상 위법에 해당하지 않는다고 판단하여 원고의 청구를 기각했습니다.

관련 당사자

• 원고 A: 2008년에 부동산을 매수하여 2011년에 양도한 후, 세무서가 부과한 양도소득세가 부당하다며 처분 취소 소송을 제기한 당사자.
• 피고 광명세무서장: 원고 A에게 2011년 귀속 양도소득세 96,915,000원을 추가로 부과한 처분청.
• 매도인 B, C 부부: 원고 A에게 이 사건 부동산을 9억 원에 매도했다고 확인된 전 소유자들.
• 매수인 F: 원고 A로부터 이 사건 부동산을 11억 9천만 원에 매수한 사람.

분쟁 상황

원고 A는 2008년 B, C 부부로부터 수원시 영통구 소재 토지와 다가구 주택을 매매계약서상 9억 원에 매수했습니다. 이후 원고는 2011년 F에게 해당 부동산을 11억 9천만 원에 양도했습니다. 원고는 양도소득세 신고 시 취득가액을 처음에는 9억 원으로 신고했다가, 나중에는 11억 원으로 수정하여 5,021,000원의 세금을 납부했습니다. 그러나 피고 광명세무서장은 2017년 세무조사 후 부동산의 실제 취득가액이 9억 원이라고 판단하고, 2017년 5월 1일 원고에게 2011년 귀속 양도소득세 96,915,000원을 추가로 부과했습니다. 원고는 이 처분이 부당하다고 주장하며 취소를 구하는 소송을 제기했습니다. 원고는 실제 취득가액이 계약서상의 9억 원 외에 현금 2억 원이 추가되어 총 11억 원이었고, 세무서가 과세전 적부심사 절차를 제대로 거치지 않았으며 신뢰보호원칙에 위배된다고 주장했습니다.

핵심 쟁점

1. 세무서의 양도소득세 부과 처분이 신뢰보호원칙에 위배되는지 여부와 과세전 적부심사 절차를 거치지 않은 것이 위법한지 여부.
2. 이 사건 부동산의 실제 취득가액이 계약서상의 9억 원이 아닌, 현금 2억 원이 추가된 11억 원이라고 볼 수 있는지 여부.
3. 실제 취득가액 확인이 불가능하여 소득세법상 환산가액으로 양도소득세를 추계조사해야 하는지 여부.

법원의 판단

법원은 원고의 청구를 기각하고 소송비용은 원고가 부담하도록 판결하여, 광명세무서장의 양도소득세 부과 처분이 적법하다고 판단했습니다.

결론

법원은 원고가 주장한 부동산의 실제 취득가액 11억 원에 대한 증거가 부족하다고 보았고, 세무서의 양도소득세 부과 처분에 절차적 위법이나 신뢰보호원칙 위배가 없다고 판단하여 원고의 청구를 최종적으로 기각했습니다.

연관 법령 및 법리

• 소득세법 제97조 (양도소득의 필요경비 계산)​: 이 조항은 양도소득세를 계산할 때 양도가액에서 공제되는 필요경비 중 '취득가액'을 어떻게 산정하는지를 규정합니다. 원칙적으로 부동산 취득에 실제로 들어간 '실지거래가액'을 인정합니다. 하지만 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액을 통해 추계(推計)하여 계산할 수 있습니다. 본 사건에서 원고는 9억 원 외에 2억 원을 추가로 지급하여 총 11억 원이 실제 취득가액이라고 주장했으나, 법원은 원고가 현금 2억 원을 매도인에게 지급했다는 객관적인 증거를 제시하지 못했으므로 9억 원의 '실지거래가액'이 확인된다고 보았습니다. 따라서 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 적용되는 환산가액 등의 추계조사 방법을 적용할 사유에 해당하지 않는다고 판단했습니다. 즉, '실지거래가액'은 단순히 계약서상의 금액뿐 아니라 실제 오고 간 금액을 의미하지만, 이를 입증하는 책임은 납세의무자에게 있습니다.
• 국세기본법 제81조의15 (과세전적부심사)​: 세무조사 결과 통지 등을 받은 납세자는 고지된 세금 부과 전 그 내용이 적법한지 미리 심사해달라고 청구할 수 있습니다. 이는 납세자의 권익을 보호하기 위한 절차입니다. 그러나 이 조항 제3항에는 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에는 과세전 적부심사 절차를 거치지 않을 수 있다는 예외 규정이 있습니다. 본 사건에서 피고 광명세무서장은 부과제척기간 만료가 임박하여 과세전 적부심사 절차를 거치지 않고 처분했습니다. 법원은 국세기본법 조항에 따라 이러한 경우 절차를 거치지 않을 수 있으므로, 세무서의 처분이 절차상 위법하다고 볼 수 없다고 판단했습니다.
• 신의성실의 원칙: 조세법률관계에서도 과세관청의 행위에 신의성실의 원칙이 적용될 수 있습니다. 이는 과세관청이 납세자에게 신뢰할 만한 공적인 견해를 표명했고, 납세자가 이에 따라 행동했으며, 납세자에게 귀책사유가 없음에도 과세관청이 이전 견해에 반하는 처분을 하여 납세자에게 불이익이 발생한 경우에 인정됩니다. 본 사건에서 원고는 세무서 직원의 안내를 받아 양도소득세를 신고했다고 주장했지만, 법원은 피고 세무서가 원고의 신고에 신뢰를 줄 만한 '공적인 견해'를 표명한 적이 없다고 보았습니다. 따라서 신뢰보호원칙 위배 주장은 받아들여지지 않았습니다. 과세관청의 공적인 견해 표명은 명확하고 구체적인 방식(예: 서면 답변)으로 이루어져야 하며, 단순히 세무 공무원과의 상담만으로는 인정되기 어렵습니다.
• 필요경비 입증책임: 과세처분 취소소송에서 과세표준(수입에서 필요경비를 뺀 금액)에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있습니다. 그러나 필요경비는 납세의무자에게 유리한 사항이며, 필요경비를 발생시키는 사실관계는 대부분 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있으므로, 과세관청이 입증하기 어려운 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성이 인정됩니다. 이 사건에서 원고는 취득가액 11억 원을 주장하며 현금 2억 원을 추가 지급했다고 주장했으나, 이를 증명할 객관적인 자료(영수증, 명확한 자금 출처 및 흐름 등)를 제시하지 못했습니다. 법원은 이러한 경우 납세의무자인 원고에게 입증책임이 있다고 보았고, 원고가 그 책임을 다하지 못했다고 판단했습니다.

참고 사항

• 부동산 거래 시 실제 주고받은 모든 금액에 대한 명확한 증빙을 반드시 갖추어야 합니다. 특히 계약서에 명시된 금액 외에 추가로 현금이 오가는 경우 영수증, 계좌 이체 내역 등 객관적인 자료를 철저히 보관해야 합니다.
• 양도소득세 신고 시 취득가액을 실제보다 높게 주장하려면, 그 주장을 뒷받침할 수 있는 매도인의 진술서, 현금 흐름을 보여주는 금융거래 내역 등 구체적이고 객관적인 증거를 준비해야 합니다. 단순히 현금을 인출한 내역만으로는 취득가액을 인정받기 어렵습니다.
• 세금 신고 과정에서 세무 공무원과 상담하거나 의견을 교환했더라도, 그것이 과세관청의 '공적인 견해 표명'으로 인정되기는 매우 어렵습니다. 공적인 견해는 서면 등으로 명확하게 확인되는 경우에 해당하며, 그렇지 않은 경우에는 신뢰보호원칙이 적용되기 어렵다는 점을 유의해야 합니다.
• 국세부과 제척기간 만료일이 3개월 이내로 남은 경우, 과세전 적부심사 절차를 거치지 않고 세금 부과 처분이 이루어질 수 있으므로, 세무조사 통지를 받은 시점부터 적극적으로 대응하는 것이 중요합니다.
• 필요경비 인정 여부는 납세의무자에게 유리한 사항이므로, 필요경비로 주장하려는 항목에 대해서는 납세의무자가 그 발생 사실과 금액을 입증할 책임이 있음을 인지해야 합니다.