공익법인에 부과된 증여세 가산세와 주식 보유 한도 관련 판결

재단법인 A는 주식 출연으로 설립된 공익법인으로, 미수배당금을 운용소득에 포함하는지에 따라 성실공익법인 지위 상실 여부가 결정되어 증여세 가산세(운용소득 미달사용, 주식 초과보유, 특수관계법인 주식보유)가 부과된 사건입니다. 법원은 미수배당금을 운용소득에 포함해야 하고, 성실공익법인 지위 상실 시 주식 초과보유 가산세가 부과되며, 1999년 상속세 및 증여세법 개정 이전에 출연받은 주식에도 특수관계법인 주식보유 가산세가 적용된다고 판단하여 재단법인 A의 청구를 기각했습니다.

관련 당사자

• 원고: 재단법인 A (주식회사 B의 대주주 C이 한국 출판문화 발전 등을 목적으로 B 주식 150,000주를 출연하여 설립한 공익법인)
• 피고: 서울지방국세청장 (재단법인 A에 증여세 가산세를 부과한 주체)

분쟁 상황

재단법인 A는 1993년에 설립된 공익법인으로, 주식회사 B의 주식 150,000주를 출연받아 보유하고 있습니다. 2015년부터 2020년까지 발생한 미수배당금 처리 문제로 인해 2020년 12월 23일 2015~2018 사업연도 미수배당금을 익금산입하여 법인세 과세표준 및 세액을 수정신고했습니다. 이 수정신고 결과, 이전 사업연도의 운용소득이 재계산되었고, 재단법인 A는 다음 세 가지 가산세가 발생했다고 판단하여 2021년 8월 27일 수정신고했습니다.

1. 운용소득 미달사용 가산세: 원고의 운용소득 사용액이 공익법인의 사용기준 70%에 미달한 금액에 대한 가산세.
2. 주식 초과보유 가산세: 2016~2020 사업연도에 운용소득 사용실적이 성실공익법인의 요건(전년도 운용소득의 80%)을 충족하지 못하게 됨에 따라 B 발행주식 총수의 5%를 초과하여 이 사건 주식(15.47%)을 보유한 부분에 대한 가산세.
3. 특수관계법인 주식보유 가산세: 원고가 특수관계에 있는 B의 발행주식을 원고의 총 재산가액의 50%를 초과하여 보유한 부분에 대한 가산세. 피고인 서울지방국세청장은 이 신고 내용을 인정하여 2021년 9월 23일 가산세(증여세) 결정통지를 했고, 재단법인 A는 조세심판원에 심판청구를 제기했으나 운용소득 미달사용 가산세 부분에 대해 일부 인용되었을 뿐 나머지 청구는 기각되자, 남은 가산세 부과 처분에 대해 소송을 제기했습니다. 원고는 미수배당금이 운용소득에 포함되지 않으므로 성실공익법인 지위를 상실하지 않았고, 주식 초과보유 가산세 처분의무가 없으며, 특수관계법인 주식보유 가산세는 법 개정 전 출연받은 주식에 적용되지 않는다고 주장했습니다. 또한 가산세 면제에 정당한 사유가 있다고 주장했습니다.

핵심 쟁점

이 판결의 핵심 쟁점은 다음 세 가지 가산세 부과의 적법성입니다.

1. 공익법인의 '운용소득' 산정 시 미수배당금을 포함해야 하는지 여부. 이는 성실공익법인 지위 유지와 운용소득 미달사용 가산세 부과에 영향을 미칩니다.
2. 성실공익법인 지위를 상실한 경우에도 5%를 초과하는 주식 보유에 대한 처분의무가 면제되는지 여부와 주식 초과보유 가산세의 부과 적법성.
3. 상속세 및 증여세법 제48조 제9항(특수관계법인 주식보유 가산세)이 법 시행 이전에 출연받은 주식에도 적용되는지 여부.
4. 원고에게 가산세를 면제할 만한 정당한 사유가 존재하는지 여부.

법원의 판단

법원은 원고의 청구를 모두 기각하고 소송비용은 원고가 부담하도록 판결했습니다.

결론

재단법인 A가 주장한 세 가지 가산세 부과처분 취소 청구는 모두 받아들여지지 않았습니다. 법원은 미수배당금을 운용소득에 포함하여야 하고, 성실공익법인 지위를 상실하면 주식 초과보유 가산세가 부과되며, 특수관계법인 주식보유 가산세도 1999년 상증세법 개정 전 출연 주식에도 적용된다고 판단했습니다. 또한 가산세 면제를 위한 정당한 사유도 인정되지 않았습니다.

연관 법령 및 법리

본 판결은 공익법인이 출연받은 재산과 관련하여 발생하는 증여세 가산세의 부과 적법성을 다룬 사건입니다. 주요 법령과 법리는 다음과 같습니다.

1. 상속세 및 증여세법(상증세법) 제48조 제1항, 제2항 및 제16조 제2항 제2호 (공익법인 출연재산 과세가액 불산입 및 사후관리)​: 공익법인이 출연받은 재산은 원칙적으로 증여세 과세가액에 포함되지 않습니다. 이는 공익법인의 활동을 지원하기 위한 조세 정책적 지원입니다. 그러나 공익법인이 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 외 용도로 사용하거나, 운용소득을 공익목적사업 외에 사용하는 경우 등에는 증여세를 부과합니다. 특히 성실공익법인이 내국법인의 의결권 있는 주식 총수의 5%를 초과하여 주식을 출연받은 후 성실공익법인에 해당하지 않게 되면 증여세가 부과될 수 있습니다.
2. 상증세법 시행령 제38조 제5항 (운용소득의 정의)​: '운용소득'은 해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액과 출연재산을 수익의 원천에 사용하여 생긴 소득금액의 합계액에서 법인세 등을 뺀 금액을 의미합니다. 판결에서는 이 '소득금액'의 의미를 법인세법상의 권리의무확정주의에 따라 해석하여, 배당금은 잉여금 처분결의일에 소득으로 확정되는 것으로 보았습니다. 따라서 미수배당금도 운용소득 산정에 포함됩니다.
3. 상증세법 제49조 제1항 및 제78조 제4항 (공익법인의 주식등 보유기준 초과 가산세)​: 공익법인은 1996년 12월 31일 현재 발행 주식총수 등의 5%를 초과하는 주식을 보유하고 있는 경우 일정 기한까지 그 초과분을 해소해야 합니다. 다만 성실공익법인은 예외로 인정됩니다. 그러나 성실공익법인 지위는 지속적인 관리가 필요한 '계속적 개념'이므로, 특정 시점(예: 1996년 12월 31일)에 성실공익법인 요건을 충족했더라도 이후에 그 지위를 상실하면 5% 초과보유 주식에 대한 처분의무가 다시 발생하며, 이를 이행하지 않으면 가산세가 부과됩니다. 상증세법 제78조 제4항은 명시적으로 '제49조 제1항 단서를 적용받는 경우에는 그 기준에 미달하는 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도 종료일 현재' 가산세를 부과한다고 규정하고 있습니다.
4. 상증세법 제48조 제9항 및 제78조 제7항 (특수관계법인 주식보유 가산세)​: 공익법인(성실공익법인 제외)이 특수관계에 있는 내국법인의 주식 등을 보유하는 경우, 그 주식 가액이 해당 공익법인의 총 재산가액의 일정 비율(회계감사, 전용계좌 개설·사용, 결산서류 공시 이행 시 50%, 그 외 30%)을 초과하면 가산세가 부과됩니다. 이 규정은 1999년 상증세법 개정으로 신설되었으며, 부칙에서 법 시행 후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용한다고 명시했습니다. 판결은 법 시행 이전에 출연받은 재산이라도 명시적인 예외 규정이 없으면 개정된 법률이 적용된다는 '법률불소급의 원칙'과 '경과규정'에 따라 2000년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 사업연도분부터 가산세 부과 대상이 된다고 보았습니다.
5. 국세기본법 제48조 제1항 제2호 (가산세 면제의 정당한 사유)​: 납세자가 의무를 이행하지 않은 데에 '정당한 사유'가 있는 경우 가산세가 면제될 수 있습니다. 그러나 판결은 운용소득 사용 기준 미달이나 주식 보유 한도 초과로 인한 가산세는 의무 해태에 대한 제재라기보다는 성실공익법인 지위 상실에 따른 예외 적용 배제이므로, 일반적인 가산세 면제 사유와는 다르다고 판단했습니다. 또한 법령 해석이 특별히 모호하거나 이해하기 어려웠다고 볼 수 없어 정당한 사유를 인정하기 어렵다고 보았습니다.

참고 사항

1. 공익법인의 운용소득 산정 시 미수배당금 포함 여부: 공익법인이 배당금을 아직 받지 않았더라도, 배당이 확정된 날(잉여금 처분결의일)이 속하는 사업연도에 해당 배당금을 운용소득에 포함하여야 합니다. 이는 법인세법상 권리의무확정주의 원칙을 따르는 것으로, 실제 현금을 수령하지 않았더라도 소득이 발생한 것으로 간주될 수 있습니다. 공익법인회계기준이 아닌 법인세법상 소득금액 개념을 적용하는 것이 합리적이라고 보입니다.
2. 성실공익법인 지위 유지의 중요성: 성실공익법인은 일반 공익법인보다 주식 출연, 취득, 보유 한도 등에서 더 많은 혜택을 받습니다. 그러나 운용소득 사용 기준(운용소득의 80% 이상을 직접 공익목적사업에 사용)과 같은 요건을 충족하지 못하여 성실공익법인의 지위를 상실하게 되면, 기존에 면제받던 주식 초과보유에 대한 가산세 등이 부과될 수 있습니다. 성실공익법인 요건은 특정 시점의 상태가 아니라 지속적인 관리가 필요한 '계속적 개념'이므로, 매년 요건 충족 여부를 확인해야 합니다.
3. 법 개정 전 출연 재산에 대한 가산세 적용 여부: 세법 개정 이전에 출연받은 재산이라 할지라도, 관련 조항의 부칙에 특별한 경과 규정이 없는 한, 납세의무가 성립되는 시점의 개정된 세법이 적용될 수 있습니다. 특히 특수관계법인의 주식을 총 재산가액의 일정 비율 이상 보유하는 것에 대한 가산세는 법 시행 이전에 출연받은 주식에도 적용될 수 있으므로 유의해야 합니다.
4. 가산세 면제 사유의 엄격성: 세법상 가산세 면제의 '정당한 사유'는 매우 엄격하게 인정됩니다. 법령 해석의 불분명함이나 착오 등은 일반적으로 정당한 사유로 인정되기 어렵습니다. 특히 운용소득 미달 사용이나 주식 보유 한도 초과 등은 세금의 무신고 또는 미납부와 달리 특정 의무 이행 여부에 대한 제재이므로, 일반적인 가산세 면제 사유와는 다른 관점에서 판단될 수 있습니다.
5. 공익법인 운영의 투명성 및 규정 준수: 공익법인은 국가의 조세 정책적 지원을 받는 만큼, 관련 법령(상속세 및 증여세법, 법인세법 등)과 회계 기준(공익법인회계기준)을 철저히 준수해야 합니다. 특히 주식 보유 현황, 운용소득 사용 실적 등은 주기적으로 점검하고 관리하여 불이익을 받지 않도록 해야 합니다.