건설사 법인세 부과처분 일부 취소 사건

주식회사 A는 2015년부터 2018년까지의 사업연도에 대한 세무조사 결과, 법인세 및 부가가치세를 부과받았습니다. 이에 A사는 불복하여 조세심판원에 심판을 청구했고, 일부 인용 및 재조사 결정을 받았습니다. 이후 재조사를 거쳐 일부 세액이 감액되었으나, 여전히 부당하다고 판단하여 법원에 행정소송을 제기했습니다. 소송에서 A사는 공사대금 지연손해금의 익금산입, C 주식회사에 대한 대손금 손금산입, 추가 공사용역의 수익 인식 시기, 법원 공탁금의 익금산입, 특수관계법인과의 공동경비, 저가 건설용역에 대한 부당행위계산부인, 비상근 임원 인건비 손금산입 등 여러 쟁점에서 부과처분의 취소를 주장했습니다. 법원은 A사의 주장 중 C 주식회사와의 추가 공사용역 중 2010년 8월 재개한 공사에 대한 기성금 23억 7,600만원의 익금산입 부분이 부과제척기간 5년이 경과하여 위법하다고 인정하고, 해당 사업연도(2017년) 법인세 부과처분 전부를 취소했습니다. 나머지 쟁점에 대한 A사의 청구는 기각되었습니다.

관련 당사자

• 원고 주식회사 A: 주택건설업 및 분양, 매매, 임대업을 영위하는 법인으로, 세무조사 결과에 따른 세금 부과처분에 불복하여 소송을 제기했습니다.
• 피고 성북세무서장: 원고에 대한 법인세 및 부가가치세 부과처분을 내린 세무 당국입니다.
• B 종합시장 재건축조합: 원고에게 주상복합건물 건축공사를 도급한 조합입니다.
• 주식회사 D: B 재건축사업 건물의 수탁자로, 원고에게 담보신탁된 부동산을 양도했습니다.
• C 주식회사: 익산시 골프리조트 공사를 원고에게 도급하고 대여 계약을 맺은 회사로, 공사대금 채권 및 대여금 채권 관련 분쟁이 있었습니다.
• E 주식회사: T호텔 신축공사를 원고에게 도급한 회사로, 추가 공사대금 관련 중재 및 공탁금 분쟁이 있었습니다.
• F 주식회사: 원고와 동일한 소재지에서 건설업을 영위하는 원고의 특수관계법인입니다.
• I: 원고의 특수관계인으로, 원고에게 J빌딩 신축공사를 도급한 개인입니다.
• K: 원고의 비상근 등기임원이자 원고 회장 I의 배우자로, 인건비 손금산입 관련 쟁점이 있었습니다.

분쟁 상황

주식회사 A는 주택건설업 등을 영위하는 법인으로, 2015년부터 2018년까지의 사업연도에 대한 서울지방국세청의 세무조사를 받았습니다. 이 세무조사 결과에 따라 성북세무서장은 A사에 총 71억 5,526만 6,100원의 법인세와 12억 2,975만 6,100원의 부가가치세를 부과했습니다. A사는 이 부과처분에 불복하여 조세심판원에 심판을 청구하였고, 일부 처분에 대해 인용 및 재조사 결정이 내려졌습니다. 피고는 재조사 결정에 따라 일부 세액을 감액 경정했음에도 불구하고, A사는 여전히 부과처분이 위법하다고 주장하며 법원에 소송을 제기하여 그 취소를 구하게 되었습니다. 이 과정에서 A사와 세무당국은 공사대금의 회계 처리, 채권의 손금 처리, 용역 제공에 따른 수익 인식, 특수관계법인과의 거래에 따른 비용 처리 등 다양한 세법상 쟁점에서 의견 차이를 보였습니다.

핵심 쟁점

이 사건의 주요 쟁점은 다음과 같습니다.

1. B 재건축사업 공사대금 지연회수로 인한 지연손해금의 익금산입 누락 주장의 적법성 여부 (공사대금 변제충당 순서의 합의 존재 여부).
2. C 주식회사에 대한 공사대금 채권의 대손금 손금산입 인정 여부 및 추가 공사용역 수익인식 누락 처분이 재조사 금지 원칙을 위반했는지, 부과제척기간이 경과했는지 여부.
3. 이의를 유보하고 수령한 법원 공탁금을 익금에 산입한 처분의 적법성 여부.
4. 특수관계법인인 F 주식회사와 업무를 공동으로 수행한 직원의 인건비 등을 공동경비로 보아 과다 계상액을 손금불산입한 처분의 적법성 여부.
5. 특수관계인 I에게 제공한 저가 건설용역에 대해 투입 원가를 시가로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 익금을 산입한 처분의 적법성 여부.
6. 비상근 등기임원 K에게 지급된 인건비 및 법인카드 사용액을 손금불산입한 처분의 적법성 여부.

법원의 판단

법원은 피고가 2020년 7월 21일 원고에 대하여 한 2017 사업연도 귀속 법인세 1,521,344,867원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다고 판결했습니다. 원고의 나머지 청구는 모두 기각되었습니다. 소송비용은 원고가 4/5를, 피고가 나머지를 부담하도록 했습니다.

결론

법원은 원고의 여러 주장 중 C 주식회사와의 추가 공사용역 관련, 2010년 8월 재개한 공사 부분에 대한 기성금 23억 7,600만원의 익금산입에 대해서만 국세기본법상 부과제척기간 5년이 경과하여 위법하다고 판단했습니다. 해당 부분에 대한 정당한 세액을 산출하기 어려워 2017년 사업연도 귀속 법인세 부과처분 전체를 취소했습니다. 나머지 쟁점들, 즉 B 조합 공사대금 변제충당 순서, C 주식회사에 대한 대손금 손금산입 부인, 세무조사 재조사 금지 원칙 위반 주장, E 주식회사 공탁금 익금산입, 특수관계법인과의 공동경비 손금불산입, 특수관계인에 대한 저가 건설용역 부당행위계산부인, 비상근 임원 인건비 손금불산입 주장은 모두 받아들여지지 않았습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건과 관련된 주요 법령과 법리는 다음과 같습니다.

• 민법 제479조 제1항 (변제충당의 법정 순서)​ 채무자가 비용, 이자, 원본을 모두 소멸하게 하지 못하는 급여를 한 때에는 특별한 합의가 없다면 비용, 이자, 원본의 순서로 변제에 충당해야 합니다. 당사자가 일방적으로 이 법정 순서와 다르게 충당 순서를 지정할 수는 없습니다.

• 법인세법 제19조의2 제1항 및 동법 시행령 제19조의2 제1항 제8호 (대손금의 손금산입)​ 채무자의 파산, 강제집행, 사업 폐지 등으로 회수할 수 없는 채권의 금액은 특정 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금(비용)으로 산입할 수 있습니다. 여기서 '회수 불능'이란 채권 회수가 불가능하다는 사실이 객관적으로 확정된 것을 의미하며, 단순히 파산 선고만으로는 부족하고 파산관재인이 최후 배당액을 결정, 통지함으로써 배당이 확정될 때 비로소 회수 불능 채권액으로 확정된다고 봅니다.

• 국세기본법 제81조의4 제2항 (세무조사 재조사 금지 원칙)​ 세무조사권 남용을 방지하기 위해 원칙적으로 같은 세목 및 과세기간에 대하여 중복 세무조사를 금지합니다. 그러나 당초 조사와 재조사의 과세기간이나 세목이 다르다면 중복 세무조사에 해당하지 않습니다.

• 법인세법 제40조 제1항 (권리확정주의)​ 내국법인의 익금(수익)과 손금(비용)의 귀속 사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 합니다. 이는 소득이 현실적으로 실현되지 않았더라도 소득이 발생할 권리가 그 실현 가능성이 상당히 높은 정도로 성숙하고 확정된 때에 소득으로 보고 과세하는 원칙입니다. 채권의 존부 및 범위에 다툼이 있어 소송으로 진행된 경우, 분쟁의 경위 및 사안의 성질상 명백히 부당하지 않다면 판결이 확정된 때에 그 권리가 확정된다고 봅니다.

• 국세기본법 제26조의2 제1항 (국세 부과제척기간)​ 국세를 부과할 수 있는 기간(부과제척기간)은 법정신고기한의 다음 날부터 원칙적으로 5년입니다. 이 기간이 경과하면 국세를 부과할 수 없습니다.

• 민법 (변제공탁의 효력)​ 채권자가 채무자의 공탁금을 채권의 일부에 충당한다는 유보의 의사표시를 하고 수령한 경우, 그 공탁금은 채권의 일부 변제에 충당되어 채무 소멸의 효과가 발생합니다.

• 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 (경정 등의 청구)​ 납세자는 법정신고기한이 지난 후 과세표준 또는 세액의 계산이 잘못된 경우, 그 사유가 발생한 것을 안 날로부터 3개월 이내에 관할 세무서장에게 과세표준 또는 세액의 경정을 청구하여 구제받을 수 있습니다.

• 법인세법 제52조 제2항 및 동법 시행령 제89조 (부당행위계산부인)​ 법인이 특수관계인과 거래하여 해당 법인의 소득에 부당하게 영향을 미친다고 인정되는 경우, 그 거래로 인해 발생한 소득금액을 정상적인 시가에 따라 다시 계산합니다. 시가가 불분명할 경우, 유사한 거래 가격, 감정평가액, 또는 용역 제공에 소요된 원가에 적정 수익률을 곱한 금액 등으로 시가를 산정할 수 있습니다.

• 법인세법 제19조 제1항, 제2항, 제26조 및 구 법인세법 시행령 제43조 제4항 (인건비 손금산입)​ 손금은 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 발생하는 손비로서, 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것이어야 합니다. 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정되는 인건비 등은 손금에 산입되지 않습니다. 비상근 임원에게 지급하는 보수는 부당행위계산부인에 해당하지 않으면 손금에 산입할 수 있으나, 실제 근로 제공 및 업무 관련성이 입증되어야 합니다.

참고 사항

유사한 문제 상황에 처했을 때 다음 사항들을 참고할 수 있습니다.

1. 채무 변제충당 순서 명확화: 채무자(조합)와 채권자(건설사) 사이에 공사대금 미지급액에 대해 원금, 이자, 비용 중 어떤 순서로 변제 충당할지 명확히 합의하고 계약서에 명시하는 것이 중요합니다. 특별한 합의가 없다면 민법상 비용, 이자, 원본 순서로 변제 충당되는 것이 원칙이므로, 일방적인 지정은 효력이 인정되기 어렵습니다.
2. 대손금 손금산입 요건 충족: 회수할 수 없는 채권(대손금)을 손금으로 인정받으려면 채무자의 파산, 강제집행 등으로 회수 불능 사실이 객관적으로 확정되어야 합니다. 단순히 채무자가 회생절차에 있거나 파산 선고를 받은 것만으로는 부족하며, 파산관재인의 최후 배당이 확정되어 채권액의 회수 가능성이 없음을 증명해야 합니다. 채무자의 재산 유무 및 강제집행 시도 여부 등 증명 자료를 철저히 준비해야 합니다.
3. 세무조사 재조사 금지 원칙 이해: 국세기본법상 재조사 금지 원칙은 동일한 세목 및 과세기간에 대해 적용됩니다. 따라서 조사 대상 기간이나 세목이 다른 경우에는 중복 세무조사에 해당하지 않으므로, 조사 범위가 확대되는 경우를 미리 인지하고 대응해야 합니다.
4. 수익 인식 시점 (권리확정주의) 준수: 공사대금과 같은 수익은 현실적으로 현금이 유입되지 않았더라도, 해당 소득의 권리가 실현될 가능성이 상당히 높은 정도로 성숙하고 확정된 때에 수익으로 인식됩니다. 채권의 존재나 범위에 다툼이 있어 소송이 진행될 경우, 일반적으로 판결이 확정된 시점에 권리가 확정된 것으로 봅니다. 따라서 공사 계약 및 진행 상황에 따른 채권의 확정 시점을 명확히 관리해야 합니다.
5. 부과제척기간 확인: 국세는 법정신고기한 다음 날로부터 원칙적으로 5년 이내에만 부과할 수 있습니다. 수익 인식 시점이 과거로 소급하여 결정될 경우, 부과제척기간을 넘겨 과세될 수 있으므로, 세금 부과 통보를 받았을 때 부과제척기간 경과 여부를 반드시 확인해야 합니다.
6. 법원 공탁금 처리: 채무자가 공탁한 금액을 채권자가 이의를 유보하고 수령하더라도, 해당 금액은 채권의 변제에 충당되어 채무 소멸 효과가 발생하므로 일반적으로 소득으로 인식됩니다. 만약 추후 중재판정 등으로 인해 수령한 공탁금의 일부 또는 전부를 반환해야 하는 상황이 발생하면 국세기본법에 따라 경정청구를 통해 구제받을 수 있습니다.
7. 특수관계법인과의 공동경비 증빙: 특수관계법인과 직원을 공동으로 활용하여 인건비 등을 공동경비로 처리하는 경우, 공동 업무 수행 사실을 입증할 수 있는 명확한 업무 분장표, 업무 일지, 회의록, 진술서 등 객관적인 자료를 충분히 마련해야 합니다. 그렇지 않으면 공동경비 분담기준을 초과한 금액은 손금으로 인정되지 않을 수 있습니다.
8. 특수관계인과의 저가 용역 거래 주의: 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 용역을 제공하면 부당행위계산부인 규정이 적용되어 추가 세금이 부과될 수 있습니다. 시가가 불분명할 경우 원가에 적정 수익률을 더한 금액으로 과세될 수 있으므로, 거래 가격의 합리성을 증명할 수 있는 자료를 갖추고 원가 조정 등 회계 처리 시에도 명확한 근거를 남겨야 합니다.
9. 비상근 임원 인건비 증명: 비상근 임원에게 지급하는 급여나 법인카드 사용액이 법인의 사업과 관련하여 실제로 근로를 제공하거나 지출된 손비임을 증명해야 합니다. 임원의 실제 근무 사실, 업무 참여 내역, 지출의 업무 관련성 등에 대한 객관적인 증빙 자료가 부족할 경우 손금으로 인정되지 않을 수 있습니다.