공제회 부가금 법인세 손금 인정 다툼 사건

대한지방행정공제회는 회원들에게 지급하는 '부가금'을 고유목적사업준비금이 아닌 수익사업의 손금(이자비용)으로 인정하여 법인세 환급을 요구하는 경정청구를 했습니다. 그러나 용산세무서장은 공제사업이 수익사업이 아니고 부가금은 수익사업 손금으로 처리할 수 없다며 경정청구를 거부했습니다. 법원은 부가금의 성격이 회원의 부담금 예치에 대한 이자비용으로 보아야 하며, 이는 수익사업의 손금으로 인정될 수 있다고 판단하여 세무서장의 거부처분을 취소했습니다.

관련 당사자

• 대한지방행정공제회: 지방자치단체 공무원 등을 위한 공제제도를 운영하는 비영리법인
• 용산세무서장: 대한지방행정공제회의 법인세 경정청구를 거부한 세무당국

분쟁 상황

대한지방행정공제회는 회원들로부터 받은 부담금을 각종 금융상품이나 부동산 등에 투자하여 수익을 얻고, 이 수익으로 회원들에게 약정에 따라 '부가금'을 지급하는 급여사업을 운영해왔습니다. 공제회는 2010 사업연도 법인세 신고 시 부가금을 고유목적사업준비금으로 계상했으나, 2014년 3월에 이 사건 부가금 중 235,948,158,220원이 수익사업의 손금(이자비용)에 해당한다고 보아 2010 사업연도 법인세 374,972,628원의 환급을 요구하는 경정청구를 했습니다. 그러나 용산세무서장은 공제사업이 수익사업에 해당하지 않으며, 고유목적사업부문에서 지출한 비용인 부가금을 수익사업부문의 손금으로 처리할 수 없다는 이유로 환급을 거부했습니다. 이에 공제회는 조세심판원에 심판청구를 제기했으나 기각되었고, 결국 이 사건 소송을 제기하게 되었습니다.

핵심 쟁점

비영리법인인 대한지방행정공제회가 회원들에게 지급하는 '부가금'이 법인세법상 '수익사업의 손금(이자비용)'으로 인정될 수 있는지와, 과거 처리 방식과 달리 이를 이자비용으로 변경 처리하는 것이 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부

법원의 판단

피고 용산세무서장이 2014년 5월 15일 원고에 대하여 한 2010 사업연도 법인세 374,972,628원에 대한 경정청구 거부처분을 취소한다. 소송비용은 피고가 부담한다.

결론

법원은 대한지방행정공제회가 회원에게 지급하는 '부가금'이 회원들의 부담금 예치에 대한 이자비용의 성격을 가지며 수익사업의 손금으로 인정될 수 있다고 판단했습니다. 또한 과거의 회계처리 방식과 다르더라도, 세무 관행 및 상황 변화를 고려할 때 원고의 주장이 신의성실의 원칙에 위배되지 않는다고 보아 용산세무서장의 법인세 경정청구 거부 처분을 취소했습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건은 비영리법인의 법인세 신고와 관련된 중요한 법리를 다루고 있습니다.

1. 비영리법인의 수익사업과 손금 (법인세법 제3조 제1항 및 제3항, 법인세법 제14조 제1항)​ 법인세법은 비영리법인이라도 '수익사업'에서 발생하는 소득에 대해서는 법인세 납세의무를 진다고 규정하고 있습니다. 이때 각 사업연도의 소득은 익금 총액에서 손금 총액을 공제한 금액으로 합니다. 이는 '수익·비용 대응의 원칙'에 따라 수익을 얻기 위해 발생한 비용은 해당 수익에서 차감하여 소득을 계산해야 한다는 것을 의미합니다. 법원은 공제회가 회원 부담금을 운용하여 수익을 얻고 부가금을 지급하는 행위가 수익사업에 해당하며, 부가금은 수익사업의 재원 조달에 따른 이자 성격의 비용이므로 수익사업의 손금으로 인정되어야 한다고 보았습니다.

2. 고유목적사업준비금의 손금산입 특례와 수익사업 비용 (법인세법 제29조 제1항 및 제3항 제4호)​ 비영리법인이 고유목적사업에 사용하기 위해 고유목적사업준비금을 설정하면 일정 한도 내에서 손금으로 인정받을 수 있습니다. 이는 비영리법인의 공익 목적 사업을 지원하기 위한 과세 이연 제도입니다. 그러나 법원은 이 특례 규정이 비영리법인의 수익사업의 수익에 직접 대응하는 비용을 손금으로 산입하는 것을 배제하는 규정이라고 볼 수는 없다고 설명했습니다. 즉, 고유목적사업준비금 손금산입과 수익사업 비용 손금산입은 별개의 문제입니다.

3. 직장공제회 초과반환금의 이자소득 과세와 비영리법인의 이자비용 (소득세법 제16조 제1항 제10호, 제12호 및 시행령 제26조 제2항, 제45조)​ 회원이 공제회로부터 받는 부가금은 소득세법상 '이자소득'으로 과세됩니다. 법원은 회원이 이자소득을 받는다면, 이를 지급하는 공제회 입장에서는 이자비용을 지출한 것으로 보아야 우리 세법상 과세 체계가 일관되게 적용될 수 있다고 판단했습니다. 즉, 소득을 얻는 자가 이자소득세를 내는 이상, 해당 소득을 지급하는 법인은 그 지출을 이자비용으로 인정받아야 이중과세의 문제가 발생하지 않습니다.

4. 이자비용의 손금 인식 시기 및 결산조정사항 (법인세법 시행령 제70조 제1항 제2호 단서)​ 법인이 지급하는 이자 및 할인액의 손금 귀속 사업연도는 소득세법 시행령에 따른 수입 시기에 해당합니다. 다만, 결산을 확정할 때 이미 경과한 기간에 대응하는 이자를 해당 사업연도의 손금으로 계상한 경우에는 그 계상한 사업연도의 손금으로 인정됩니다. 이 사건에서 공제회가 부가금을 '고유목적사업준비금'으로 잘못 계상했더라도, 이자비용과 고유목적사업에 사용될 금액이라는 두 결산조정사항이 그 취지와 실질이 유사하며 당초 반영하려는 구체적 손금 항목 자체가 동일한 경우라면, 이자비용을 손금으로 계상한 것으로 볼 수 있다고 판단했습니다.

5. 조세실체법상 신의성실의 원칙 적용 기준 조세법률주의가 강하게 적용되는 조세 분야에서 신의성실의 원칙은 제한적으로 적용됩니다. 납세의무자에게 객관적으로 모순되는 행태가 존재하고, 그 행태가 납세의무자의 '심한 배신행위'에 기인하며, 그에 따라 야기된 과세관청의 신뢰가 보호받을 가치가 있는 경우에만 적용됩니다. 법원은 공제회가 과거에 부가금을 고유목적사업준비금으로 처리했던 것은 세무 관행에 따른 것이었고, 부가금 규모가 커져 상황이 달라진 후에 이자비용으로 처리해달라고 주장하는 것이 '심한 배신행위'라고 볼 수 없으므로, 신의성실의 원칙 위반에 해당하지 않는다고 보았습니다.

참고 사항

비영리법인이라 하더라도 수익사업과 관련하여 발생하는 비용은 영리법인과 동일하게 수익사업의 손금으로 인정될 수 있습니다. 특히, 회원들에게 지급되는 이자 성격의 부가금은 수익사업의 재원 조달 비용으로 볼 수 있습니다. 과거에 특정 항목을 고유목적사업준비금으로 처리했더라도 법적 평가에 대한 견해 대립이 가능한 경우라면 새로운 법적 해석에 따라 이자비용 등으로 손금 산입을 주장할 수 있습니다. 중요한 것은 해당 지출의 실질적인 성격입니다. 세무 당국과의 이견이 발생할 경우, 재무제표의 외부 감사 여부 및 회계처리의 적정성은 중요한 증거 자료가 될 수 있습니다. 법인세법상 고유목적사업준비금은 일정 한도 내에서 손금으로 인정되는 특례이지만, 이는 수익사업 비용의 손금 산입을 배제하는 규정이 아니므로 두 가지 모두 고려하여 적절한 회계 처리를 검토해야 합니다. 신의성실의 원칙은 납세의무자에게 객관적으로 모순되는 행태가 있고, 그 행태가 심한 배신행위에 기인했으며, 과세관청의 신뢰가 보호받을 가치가 있을 때에만 적용되므로, 과거의 세무 처리 방식이 달라졌다고 해서 무조건 적용되는 것은 아닙니다.