세금 · 행정
AA건설 주식회사는 지방공기업인 CC공사가 발주한 도시개발사업의 단지조성공사를 수행했습니다. 이 사업지구에는 부가가치세 면제 대상인 국민주택 건설용지가 포함되어 있었고, OO시의 지침에 따라 AA건설은 국민주택 관련 공사비에 대해 부가가치세를 면제받아 신고·납부했습니다. 그러나 국세청은 택지조성공사가 국민주택 건설용역에 해당하지 않는다고 판단하여 AA건설에 면제된 부가가치세를 부과했습니다. AA건설은 이 공사가 면세 대상이거나, OO시 및 CC공사의 지침을 신뢰했으므로 과세가 부당하다고 주장하며 소송을 제기했습니다. 법원은 택지조성공사가 국민주택 건설용역 또는 그 부수 용역으로 볼 수 없어 본세 부과는 정당하다고 판단했습니다. 다만, OO시와 CC공사의 지침에 따라 의무 해태에 대한 정당한 사유가 있다고 인정하여 가산세 부분은 취소했습니다.
AA건설은 CC공사가 발주한 DD지구 도시개발사업 단지조성공사를 수행했습니다. 이 사업지구에는 국민주택 건설용지가 포함되어 있었고, 당초 계약 시 국민주택 부지 비율에 따라 토공사 등 일부 항목에 대해 부가가치세 면제가 적용될 것으로 보았습니다. OO시는 국민주택 건설용역 관련 부가가치세 면제 비율에 대한 개선 방안을 검토한 후 CC공사에 계약 변경을 통해 공사대금 감액 조치를 취하라는 지침을 내렸습니다. 이에 따라 AA건설은 CC공사와 변경 계약을 체결하여 면세 부분에 대해서는 계산서를, 과세 부분에 대해서는 세금계산서를 발행하고 부가가치세를 신고·납부했습니다. 이후 서울지방국세청이 CC공사에 대한 조사를 실시하여 AA건설이 공급한 택지조성공사용역은 국민주택 건설용역과 직접 관련이 없어 부가가치세 면제 대상이 아니라고 판단했고, 관련 자료를 성동세무서장에게 통보했습니다. 성동세무서장은 이를 바탕으로 AA건설이 면세 처리한 금액을 과세분 공급 대가로 보고, 2013년 11월 11일 AA건설에 대해 부가가치세를 경정 고지했습니다. AA건설은 이에 불복하여 조세심판원에 심판 청구를 제기했고, 심판 과정에서 일부 세금이 감액 경정되었으나, 여전히 부과된 본세와 가산세 모두 부당하다고 주장하며 이 소송을 제기했습니다.
이 사건의 핵심 쟁점은 다음과 같습니다. 첫째, 도시개발사업의 택지조성공사가 구 조세특례제한법상 국민주택 건설용역 또는 그에 부수하는 용역으로서 부가가치세 면제 대상에 해당하는지 여부입니다. 둘째, OO시 및 CC공사의 지침에 따른 면세 처리가 과세관청의 공적인 견해표명에 해당하여 신뢰보호 원칙이 적용될 수 있는지 여부입니다. 셋째, 납세의무자인 AA건설이 세금 신고를 잘못한 것에 정당한 사유가 있어 가산세 부과가 위법한지 여부입니다.
법원은 AA건설 주식회사가 수행한 택지조성공사가 구 조세특례제한법에서 정한 국민주택 건설용역이나 그에 부수하는 용역으로 볼 수 없으므로, 해당 공사에 대한 본세 부과는 적법하다고 판결했습니다. 따라서 본세에 대한 AA건설의 청구는 기각되었습니다. 그러나 OO시의 지침에 따른 CC공사의 요구로 계약을 변경하고 부가가치세를 신고·납부하게 된 점 등 객관적인 사정들을 고려하여, AA건설에게 세법상 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 인정하여 부과된 가산세는 위법하다고 판단했습니다. 이에 따라 가산세 부분에 대한 부과처분은 취소하라고 판결했습니다.
이 판결은 도시개발사업 내 택지조성공사가 국민주택 건설용역 부가가치세 면제 대상에 포함되지 않는다는 점을 명확히 하면서도, 납세자가 과세관청이 아닌 다른 공공기관의 지시에 따라 세금 신고를 잘못한 경우 가산세 부과에 대한 '정당한 사유'를 인정할 수 있다는 중요한 기준을 제시했습니다.
이 사건과 관련된 주요 법령과 법리는 다음과 같습니다.
유사한 문제 상황에 처한 경우 다음 사항들을 참고할 수 있습니다.
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