법인세 연구개발비 세액 공제 거부처분 취소 항소 판결

주식회사 A는 연구·인력개발비에 대한 법인세 세액 공제 경정거부처분이 부당하다고 주장하며 취소 소송을 제기했으나 법원은 항소를 기각하고 원고 패소 판결을 내렸습니다. 재판부는 세액 공제 대상이 되는 연구·인력개발비는 단순히 과학적 또는 기술적 진전을 위한 활동뿐만 아니라, 조세특례제한법 시행령 별표 6에 명시된 항목에 해당해야 한다고 판단했습니다.

관련 당사자

• 주식회사 A: 연구·인력개발비에 대한 법인세 경정거부처분을 취소해달라고 소송을 제기한 회사입니다.
• 역삼세무서장: 주식회사 A에 대해 법인세 경정거부처분을 내린 세무 당국입니다.

분쟁 상황

주식회사 A는 연구개발 활동에 지출한 비용에 대해 법인세 세액 공제를 신청했습니다. 그러나 세무 당국인 역삼세무서장은 해당 비용 중 일부가 조세특례제한법 시행령이 정하는 구체적인 연구개발비 항목에 해당하지 않는다고 보아 세액 공제를 거부하는 처분을 내렸습니다. 이에 주식회사 A는 세무 당국의 처분이 부당하다며 취소 소송을 제기했고 1심에 이어 2심에서도 같은 주장을 펼쳤으나 받아들여지지 않았습니다.

핵심 쟁점

조세특례제한법상 연구·인력개발비 세액 공제를 받기 위한 비용의 범위에 대한 해석이 쟁점이었습니다. 특히 '과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동'이라는 포괄적인 정의와 시행령 별표 6에 열거된 구체적인 비용 항목 간의 관계를 어떻게 해석해야 하는지가 핵심이었습니다.

법원의 판단

법원은 주식회사 A의 항소를 기각하고 제1심 판결이 정당하다고 인정했습니다. 이는 연구·인력개발비 세액 공제 대상이 되려면 해당 비용이 조세특례제한법 제9조 제5항의 '과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동'에 해당하면서 동시에 시행령 별표 6에 구체적으로 열거된 항목에도 부합해야 한다는 해석을 따른 것입니다.

결론

주식회사 A는 법인세 세액 공제를 받기 위한 연구·인력개발비의 범위를 넓게 해석해 경정거부처분을 취소해달라고 요청했으나 법원은 이를 받아들이지 않아 최종적으로 패소하고 항소비용을 부담하게 되었습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건의 핵심은 구 조세특례제한법 제9조 제2항 제1호, 제5항 및 **구 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항, [별표 6]**의 해석이었습니다. 구 조세특례제한법 제9조 제2항 제1호는 연구·인력개발에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용을 세액 공제 대상으로 규정하고, 제5항은 '연구개발'을 '과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동'으로 정의합니다. 이에 따라 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항은 세액 공제 대상 비용을 '별표 6의 비용'으로 규정하고 있습니다. 법원은 이러한 규정들의 체계와 문언을 종합하여, '과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동'은 연구개발의 포괄적인 개념이고, 조세 감면의 혜택을 받기 위해서는 해당 활동이 시행령 [별표 6]에 구체적으로 열거된 비용 항목에도 해당해야 한다고 판단했습니다. 즉, 법은 연구개발의 의미를 정의하고 있지만, 세금 혜택은 그중에서도 특별히 지정된 항목에 대해서만 부여한다는 것입니다. 원고가 주장에 인용했던 지방세법 제13조 제2항, 상속세 및 증여세법 제41조의3 제1항 제2호, 법인세법 제117조 등은 이 사건 쟁점과는 다른 법령이므로, 법원은 원고의 주장을 받아들이지 않았습니다.

참고 사항

회사가 연구·인력개발비 세액 공제를 신청할 때는 지출한 비용이 단순히 '과학적 또는 기술적 진전을 위한 활동'과 관련된 것인지 여부 외에, 조세특례제한법 시행령 별표 6에 명시된 구체적인 비용 항목에 정확히 부합하는지 여부를 반드시 확인해야 합니다. 법령에서 포괄적인 정의와 함께 구체적인 항목을 열거하고 있다면, 두 가지 요건을 모두 충족해야만 세금 혜택을 받을 수 있다는 점을 유념해야 합니다. 관련 비용 지출 시에는 세법상 요구되는 세부 항목에 따라 철저하게 증빙 자료를 관리하고 분류하는 것이 중요합니다.