기업의 법인세 및 지방소득세 추가 세금 감면 거부 항소 사건

주식회사 A는 특정 매입 거래의 판매 손익 인식 시기에 대한 세법 해석 변경에도 불구하고 과거 실무 방식을 적용하여 법인세를 신고했습니다. 이로 인해 추가 세금(가산세)이 부과되자, 주식회사 A는 세법 해석의 의의, 세무 전문가의 자문, 세무조사에서의 미지적 등을 근거로 가산세 감면 신청을 했으나 거부당했습니다. 이에 불복하여 취소 소송을 제기했으나 1심에서 패소했고 항소했지만 항소심 법원 역시 주식회사 A의 주장을 받아들이지 않아 항소가 모두 기각되었습니다.

관련 당사자

• 주식회사 A: 세법 해석 변경에도 불구하고 과거 실무 방식에 따라 법인세 등을 신고하여 추가 세금을 부과받고 가산세 감면을 신청했던 회사
• 동대문세무서장, 서울특별시 성동구청장, 서울특별시 동대문구청장: 주식회사 A에 대한 법인세 및 법인지방소득세 가산세 감면 신청을 거부한 과세관청의 기관장들

분쟁 상황

주식회사 A는 특정 매입 거래에서 상품 판매로 인한 손익 귀속 시기를 '상품 인도 시점'(인도기준설)으로 보아 2017 사업연도 법인세를 신고했습니다. 그러나 과세 관청은 2016년 새로운 예규를 통해 '대리점사업자가 최종 소비자에게 상품을 판매한 시점'(판매기준설)을 손익 귀속 시기로 보아야 한다는 견해를 확립하고 2017년 11월 24일 이를 등록했습니다. 이로 인해 주식회사 A의 2017 사업연도 법인세 신고가 잘못된 것으로 판단되어 추가 세금(가산세)이 부과되자, 주식회사 A는 세법 해석상 견해 대립, 세무 전문가 자문 신뢰, 과거 세무조사 시 미지적 등을 이유로 가산세 감면을 신청했으나 과세 관청이 이를 거부했습니다. 주식회사 A는 이 거부처분 취소를 구하며 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

이 사건의 핵심 쟁점은 세법 해석의 변경으로 인해 납세 의무자가 세금을 잘못 신고한 것에 대해 가산세 부과를 면할 만한 '정당한 사유'가 있었는지 여부였습니다. 구체적으로는 과세 관청의 세법 해석 변경이 세법 해석상 의의(疑意)로 인한 견해 대립에 해당하는지, 세무 전문가의 자문이 정당한 사유로 인정될 수 있는지, 세무조사 시 특정 내용이 지적되지 않은 것이 감면 사유가 되는지, 그리고 개정된 지방세법 조항의 적용 시기가 적절했는지가 주요 쟁점이었습니다.

법원의 판단

항소심 법원은 피고들(동대문세무서장, 서울특별시 성동구청장, 서울특별시 동대문구청장)에 대한 원고(주식회사 A)의 항소를 모두 기각하고, 항소 비용은 원고가 부담하도록 결정했습니다. 이는 원고의 가산세 감면 신청 거부처분 취소 청구를 기각한 1심 판결과 같은 결론입니다.

결론

법원은 특정매입거래에 대한 판매 손익 귀속 시기 관련 국세청의 새로운 예규가 2017 사업연도 법인세 신고기한(2018년 3월 31일) 이전에 명확히 등록되고 기존 예규가 삭제되었으므로, 세법 해석상 의의로 인한 견해 대립이 있었다고 볼 수 없다고 판단했습니다. 또한, 세무 전문가의 자문은 공식적인 과세 관청의 답변이 아니며, 최종 세금 신고의 책임은 납세 의무자에게 있음을 강조했습니다. 세무조사에서 해당 부분이 지적되지 않았다고 해서 가산세 부과 처분이 위법해지는 것은 아니라고 보았습니다. 2018 사업연도 법인지방소득세의 납부 불성실 가산세는 개정된 지방세기본법 제55조 제3항의 부칙 규정에 따라 2019년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도분부터 적용되므로, 2018 사업연도에는 적용되지 않는다고 보아 주식회사 A의 주장을 모두 받아들이지 않았습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건은 세법상 가산세 부과의 '정당한 사유' 인정 여부가 핵심이었습니다.

1. 가산세 부과의 원칙과 감면 사유 (국세기본법 제47조, 제48조 제1항 제2호, 지방세기본법 제57조 제1항)​ 국세기본법 제47조는 납세 의무자가 법에서 정한 의무를 위반하면 가산세를 부과할 수 있다고 규정합니다. 그러나 국세기본법 제48조 제1항 제2호 및 지방세기본법 제57조 제1항은 납세 의무를 이행하지 않은 것에 '정당한 사유'가 있는 경우에는 가산세를 부과하지 않는다고 명시하고 있습니다. 여기서 '정당한 사유'란 단순한 법률의 부지나 오해를 넘어, 세법 해석상 의의(疑意)로 인한 견해 대립이 있는 등으로 납세 의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니거나, 의무 이행을 기대하기 어려운 경우를 의미합니다. 법원은 세법 해석상 견해 대립이 있다고 볼 수 없음에도 납세 의무자 스스로의 판단으로 납세 의무가 면제된다고 잘못 판단한 것은 '정당한 사유'에 해당하지 않는다고 보았습니다.

2. 판매 손익 귀속 시기 (법인세법 제40조 제1항, 법인세법 시행령 제68조 제1항)​ 법인세법 제40조 제1항은 내국법인의 익금과 손금의 귀속 사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다고 규정합니다. 법인세법 시행령 제68조 제1항은 상품 판매의 경우 '상품 등을 인도한 날'을, 자산의 위탁매매의 경우 '수탁자가 그 위탁 자산을 매매한 날'을 손익 귀속 시기로 정하고 있습니다. 이 사건에서는 특정매입거래의 손익 귀속 시기가 '인도기준설'에서 '판매기준설'로 국세청 예규가 변경된 시점이 법인세 신고기한 이전이었기에, 법원은 납세 의무자가 변경된 예규를 알지 못한 것을 '정당한 사유'로 인정하지 않았습니다.

3. 지방세 납부 불성실 가산세 적용 시기 (지방세기본법 제55조 제3항)​ 지방세기본법 제55조 제3항은 납부 불성실 가산세에 대한 감면을 규정하고 있으나, 2018년 12월 24일 개정된 해당 조항의 부칙에서 '2019년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도분부터 신법을 적용한다'고 명시하고 있습니다. 따라서 2018 사업연도에 대한 법인지방소득세 가산세에는 개정된 조항이 적용될 수 없으므로, 법원은 해당 주장을 받아들이지 않았습니다.

참고 사항

세법 및 관련 예규의 변경에 대해 항상 주의 깊게 확인하고 지속적으로 정보를 업데이트하는 것이 중요합니다. 세법 해석에 대한 의문이 있을 경우, 세무사나 회계사 같은 전문가의 자문뿐만 아니라, 국세청 등의 과세 관청에 공식적인 서면 질의나 사전 답변 신청을 통해 명확한 답변을 받는 것이 안전합니다. 납세 의무는 법규에 따라 이행되어야 하며, 단순한 법률의 부지나 오해, 또는 전문가의 사적인 조언만으로는 가산세 감면의 '정당한 사유'로 인정받기 어렵다는 점을 유념해야 합니다. 과세 관청의 과거 세무조사에서 특정 부분이 지적되지 않았다고 해서, 해당 부분에 대한 세법 위반이 면책되는 것은 아니므로, 정기적인 자체 점검이 필요합니다. 개정된 세법의 경우, 법률의 부칙 조항을 반드시 확인하여 실제 적용 시기를 정확히 파악해야 불이익을 피할 수 있습니다.