
세금 · 행정
이 사건은 원고가 과거 부가가치세 부과처분의 기초가 되었던 세무조사가 대법원 판결에 의해 위법한 재조사로 확정되자, 동일한 세무조사에 기반한 종합소득세 부과처분 및 신고·납부에 대해서도 '후발적 경정청구'를 통해 세금을 돌려달라고 신청했으나, 세무서가 이를 거부하면서 시작된 사건입니다. 법원은 세무조사의 절차적 위법성이 종합소득세의 과세표준 및 세액 계산의 '근거가 된 거래 또는 행위'가 변경되었다고 볼 수 없으므로, 후발적 경정청구 사유에 해당하지 않는다고 판단하여 원고의 청구를 기각했습니다. 이는 세금 관련 법률 관계의 안정성 유지와 후발적 경정청구 제도의 엄격한 적용 원칙을 강조한 판결입니다.
원고는 이전에 부가가치세 부과처분과 관련하여 세무조사의 위법성을 다투는 소송을 진행했습니다. 이 소송에서 대법원은 해당 세무조사가 '구 국세기본법 제81조의4 제2항'에서 금지하는 재조사에 해당하여 위법하다고 판단했고, 그 결과 부가가치세 부과처분은 직권으로 취소되었습니다. 원고는 이 판결을 근거로, 동일한 세무조사 결과에 기초하여 신고·납부하거나 부과처분된 2005년, 2006년, 2007년, 2008년 귀속 종합소득세에 대해서도 '국세기본법 제45조의2 제2항 제1호'에 따른 후발적 경정청구를 하였으나, 동대문세무서장이 이를 거부하자 이에 불복하여 행정소송을 제기했습니다.
이 사건의 핵심 쟁점은 세무조사의 절차적 위법성 판결이 종합소득세에 대한 '후발적 경정청구' 사유, 즉 '과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때'에 해당하는지 여부입니다.
법원은 원고의 청구를 모두 기각하고, 1심 판결을 변경하여 원고의 모든 주장을 받아들이지 않았습니다. 소송 비용은 원고가 부담하도록 결정되었습니다.
법원은 부가가치세 부과처분에 대한 세무조사가 재조사 금지 원칙을 위반하여 위법하다는 판결이 있었더라도, 이는 종합소득세의 과세표준 및 세액을 결정하는 '거래 또는 행위' 자체가 변경된 것으로 볼 수 없다고 판단했습니다. 후발적 경정청구는 과세 대상인 거래나 행위의 존재 또는 법률 효과가 변경될 때 적용되는 것이지, 과세 자료 수집 절차의 위법성이 확인된 경우에 적용되는 것은 아니라고 보았습니다. 또한, 후발적 경정청구 제도를 명문의 규정을 넘어 확장하는 것은 조세법률관계의 안정성을 해칠 수 있다고 보았으며, 원고가 과거에 관련 종합소득세 취소 소송을 스스로 취하한 점, 그리고 조세포탈로 징역 6월에 집행유예 1년의 유죄 판결을 받은 사실 등도 고려했습니다.
이 사건에서는 주로 '국세기본법 제45조의2 제2항 제1호'의 해석과 적용이 중요하게 다루어졌습니다. 이 조항은 납세자가 세금을 더 냈거나 잘못 냈을 때, 최초 신고나 결정 당시에는 예측하기 어려웠던 특정 후발적 사유가 발생하면 세금을 돌려달라고 요구할 수 있는 '후발적 경정청구'의 근거를 마련하고 있습니다. 그 사유 중 하나로 '과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때'를 들고 있습니다. 법원은 여기서 '거래 또는 행위'를 소득의 원천이 되는 실제적인 경제 활동이나 과세 대상이 되는 구체적인 행위 그 자체로 해석했습니다. 즉, 세금을 부과하는 과정에서 이루어진 '세무조사'와 같은 절차적 행위의 위법성은 실제 소득을 발생시킨 거래나 행위의 존재 또는 법률 효과가 변경된 것으로 볼 수 없다고 판단한 것입니다. 또한 '구 국세기본법 제81조의4 제2항'은 세무조사의 남용을 막기 위해 동일한 사안에 대해 재조사를 금지하는 원칙을 규정하고 있으며, 이 사건 부가가치세 사건에서 세무조사가 이 원칙을 위반하여 위법하다는 판결이 있었습니다. 그러나 법원은 이 절차적 위법성 판결이 종합소득세의 '거래 또는 행위' 변경을 의미하지는 않는다고 보았습니다. 결론적으로, 후발적 경정청구 제도의 취지가 납세자의 권리 구제 확대에 있더라도, 세금 관련 법률 관계의 안정성 유지를 위해 그 사유는 법에 명시된 범위 내에서 엄격하게 해석되어야 한다는 법리가 적용되었습니다.
세무조사의 절차적 위법성이 확인된 경우라도, 그것이 곧바로 모든 세목의 세금에 대한 '후발적 경정청구' 사유가 되는 것은 아닙니다. 후발적 경정청구는 과세의 근거가 되는 '실제 거래나 행위' 자체가 판결에 의해 다른 내용으로 확정되었을 때만 가능합니다. 단순한 세무조사 절차의 위법성은 과세 대상 거래나 행위 자체를 무효화하는 것이 아니므로, 별도로 이의신청, 심판청구 또는 행정소송 등을 통해 해당 세금 부과처분 자체를 다투어야 합니다. 만약 특정 세목에 대한 소송을 진행하다가 해당 세목과 관련된 소송을 스스로 취하한 경우, 추후 동일한 사유로 후발적 경정청구를 하는 것은 어려울 수 있습니다. 세금 관련 분쟁 발생 시, 어떤 구제 절차를 이용할 것인지 신중하게 결정해야 하며, 각 구제 절차의 요건과 효력을 정확히 이해하는 것이 중요합니다.