재개발 사업시행자의 용도 폐지 정비기반시설 취득세 부과 분쟁 사건

재개발 사업을 시행하는 회사가 정비사업 과정에서 용도 폐지된 공공 기반시설을 무상으로 양도받았습니다. 해당 지방자치단체는 이에 대해 취득세와 농어촌특별세를 부과했고, 회사는 이 세금 부과가 부당하다고 주장하며 소송을 제기했습니다. 회사는 취득세 면제 대상이거나, 면제되지 않더라도 '무상의 원시취득'으로 보아 낮은 세율을 적용해야 한다고 주장했으나, 법원은 이를 '무상의 승계취득'으로 판단하여 일부 세금만 취소하는 판결을 내렸습니다.

관련 당사자

• A 주식회사: 정비사업의 사업시행자이자 원고 (세금 부과 처분 취소를 주장)
• 서울특별시 중구청장: 용도 폐지된 정비기반시설에 대해 취득세 등을 부과한 피고 (세금 부과가 적법하다고 주장)
• 서울특별시 시장: 피고인 중구청장의 주장을 돕기 위해 소송에 참여한 보조참가인

분쟁 상황

A 주식회사가 도시환경정비사업을 시행하는 과정에서 종전에 있던 도로 등 공공시설의 용도가 폐지되고 새로운 시설이 설치되었습니다. 구 도시 및 주거환경정비법에 따라 용도 폐지된 기존 공공시설은 사업시행자인 A 주식회사에게 무상으로 양도되었습니다. 이에 대해 서울특별시 중구청장은 해당 부동산의 취득에 대해 취득세, 농어촌특별세 등을 부과했고, A 주식회사는 이 세금 부과가 법률에 맞지 않거나 세액이 과다하다고 주장하며 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

재개발 사업시행자가 용도 폐지된 정비기반시설을 무상으로 취득했을 때,

1. 구 지방세특례제한법에 따라 취득세 면제 대상에 해당하는지 여부
2. 농어촌특별세 납부 의무가 있는지 여부
3. 취득세가 부과된다면 이를 '무상의 원시취득'으로 보아 낮은 세율을 적용해야 하는지, 아니면 '무상의 승계취득'으로 보아 다른 세율을 적용해야 하는지 여부가 핵심 쟁점이었습니다.

법원의 판단

법원은 회사가 용도 폐지된 정비기반시설을 취득한 것이 '무상의 승계취득'에 해당한다고 판단했습니다. 이에 따라 구 지방세법 제11조 제1항 제2호에 따른 1천분의 35(3.5%)의 세율을 적용한 취득세, 농어촌특별세, 지방교육세를 납부할 의무가 있다고 보았습니다. 다만, 피고인 중구청장이 부과한 세액 중 정당세액을 초과하는 부분은 위법하다고 보아 그 초과분에 해당하는 부과처분을 취소했습니다. 소송 총비용은 원고와 피고, 보조참가인이 각각 20%와 80%를 부담하도록 했습니다.

결론

재개발 사업시행자인 A 주식회사는 용도 폐지된 정비기반시설에 대한 취득세 및 농어촌특별세 납부 의무가 인정되었으나, 당초 부과된 세액이 과다했음을 인정받아 초과분에 대한 부과처분은 취소되었습니다. 결론적으로 회사는 원래 부과받았던 금액보다는 적은 세금을 납부하게 되었습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건은 주로 도시정비사업 과정에서의 정비기반시설 취득에 대한 취득세 및 농어촌특별세 부과 적법성 여부를 다루고 있습니다.

1. 구 지방세특례제한법 제74조 제1항: 이 법은 도시개발사업이나 정비사업으로 인해 부동산 소유자가 환지계획 등에 따라 취득하는 토지 및 건축물, 또는 사업시행자가 취득하는 체비지나 보류지에 대해 취득세를 면제한다고 규정합니다. 이 사건에서 법원은 원고 회사가 '사업시행자 지위'에서 용도 폐지된 정비기반시설을 취득했고, 해당 시설이 '체비지 또는 보류지'에 해당하지 않으므로 이 규정에 따른 취득세 면제 대상이 아니라고 판단했습니다.

2. 농어촌특별세법 제3조 제5호: 이 법은 지방세법에 따른 취득세의 납세의무자를 농어촌특별세 납세의무자로 규정하고 있습니다. 법원은 원고가 취득세 납세의무자에 해당하므로 농어촌특별세 납부 의무도 있다고 판단했습니다.

3. 구 지방세법 제6조 제1호, 제11조 제1항: 구 지방세법 제6조 제1호는 취득을 '매매 등과 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득, 유상·무상의 모든 취득'으로 정의합니다. 제11조 제1항은 취득 유형별로 다른 세율을 규정하는데, 무상취득은 1천분의 35(3.5%), 원시취득은 1천분의 28(2.8%) 등으로 정하고 있습니다. 이 사건에서 쟁점이 되었던 것은 '무상의 원시취득'인지 '무상의 승계취득'인지에 따른 세율 적용 문제였습니다.

4. 구 도시 및 주거환경정비법(구 도시정비법) 제65조 제2항: 이 규정은 사업시행자가 정비사업으로 새로 설치한 정비기반시설은 국가나 지방자치단체에 무상으로 귀속되고, 용도가 폐지되는 국가 또는 지방자치단체 소유의 정비기반시설은 새로 설치한 시설의 설치비용 범위 내에서 사업시행자에게 무상으로 양도된다고 정합니다. 대법원 판례는 이 조항이 민간 사업시행자의 재산상 손실을 보전하기 위해 용도 폐지되는 시설을 사업시행자에게 무상으로 양도하도록 강제하는 것이라고 해석합니다. 법원은 이 규정에 따라 원고가 용도 폐지된 정비기반시설을 국가 등으로부터 '무상으로 양도받아 취득'한 것이므로, 이는 '무상의 승계취득'에 해당한다고 보아 구 지방세법 제11조 제1항 제2호의 세율(1천분의 35)을 적용해야 한다고 판단했습니다.

참고 사항

도시정비사업에서 사업시행자가 기존의 정비기반시설을 무상으로 양도받는 경우, 취득세 감면 여부와 과세표준, 세율 적용에 대한 정확한 이해가 중요합니다.

1. 사업시행자의 지위 확인: 구 지방세특례제한법 제74조 제1항은 사업 대상 부동산 소유자나 체비지·보류지 취득에 대한 취득세 면제를 규정하고 있습니다. 그러나 이 사례와 같이 사업시행자로서 용도 폐지된 정비기반시설을 취득하는 경우에는 면제 대상이 아닐 수 있으므로 자신의 지위를 정확히 파악해야 합니다.
2. 취득 유형의 구분: 부동산의 취득은 '원시취득'(새롭게 소유권을 창설하는 것)과 '승계취득'(타인의 소유권을 이어받는 것), 그리고 '유상'(대가를 지급)과 '무상'(대가를 지급하지 않음)으로 나뉩니다. 어떤 유형의 취득으로 인정되는지에 따라 취득세 과세표준(세금을 매기는 기준 금액)과 세율이 달라지므로, 취득의 법적 성격을 명확히 확인해야 합니다.
3. 농어촌특별세 납부 의무: 취득세 납세의무가 있는 경우, 대부분 농어촌특별세 납부 의무도 함께 발생하므로 함께 고려해야 합니다.
4. 관계 법령 숙지: 구 도시 및 주거환경정비법 제65조 제2항과 같은 특별법 규정은 정비사업 시 공공시설의 귀속 및 양도에 대한 특례를 정하고 있으며, 이는 취득세 산정의 중요한 근거가 되므로 관련 법령을 정확히 이해하고 적용해야 합니다.
5. 세액 산정의 적정성 검토: 과세당국이 부과한 세액이 법령에 따라 정확하게 산정된 것인지 반드시 확인하고, 과다 부과된 부분이 있다면 적극적으로 이의를 제기할 필요가 있습니다.