다국적 기업의 아일랜드 법인 통한 특허 사용료 절세 시도 사건

한국 기업이 아일랜드 법인에 특허 사용료를 지급한 것에 대해 세무당국이 아일랜드 법인이 아닌 미국 법인이 실질적인 소득의 귀속자라고 판단하여 법인세를 부과하자, 이에 불복하여 제기된 소송에서 법원은 아일랜드 법인이 조세 회피를 위한 도관회사에 불과하다고 보았지만, 한미 조세협약에 따라 국내에 등록된 특허에 대한 사용료만 국내원천소득으로 인정하여 법인세 및 가산세를 일부 취소한 사례입니다.

관련 당사자

• 원고 A 주식회사: 미국 특허관리전문기업의 특허권을 사용하고 아일랜드 법인에 사용료를 지급한 한국 기업.
• 피고 영등포세무서장: A 주식회사에 법인세 및 가산세를 부과한 과세당국.
• O (특허관리전문기업): E, F 등 5개 펀드가 보유한 특허권의 관리를 위임받아 처리하는 미국의 특허관리전문기업.
• B (미국 법인): O의 자회사이자 아일랜드 법인 C의 실질적인 지배회사로, 특허권의 실질적인 소유자.
• C (아일랜드 법인): B가 설립한 아일랜드 법인으로, A 주식회사로부터 특허 사용료를 형식적으로 지급받은 회사.
• P 주식회사, N 주식회사: A 주식회사와 유사하게 O의 특허권을 사용하고 C에 사용료를 지급한 한국 기업들.

분쟁 상황

미국에 본사를 둔 특허관리전문기업 O는 한국 기업들에게 특허권 사용료를 받기 위해 협상을 진행했습니다. 이 과정에서 O의 자회사인 미국 법인 B는 조세 회피 목적으로 2010년 6월 21일 대표적인 조세회피국가인 키프로스에 설립된 D를 통해 아일랜드에 C 법인을 설립했습니다. A 주식회사는 2011년 11월 3일 C과 특허 사용 계약을 체결하고, 2011년 및 2012년 사업연도에 걸쳐 C에 거액의 특허 사용료를 지급했습니다. 한국과 아일랜드 간 조세협약은 사용료 소득에 대해 한국에서 과세하지 않고 아일랜드에서만 과세하도록 규정하고 있었기 때문에, A 주식회사는 법인세 원천징수를 하지 않았습니다. 이에 영등포세무서장은 2013년 12월 2일 A 주식회사에 대해 2011년 및 2012년 사업연도 법인세 총 7,896,159,000원 및 가산세 789,615,900원의 징수 및 부과처분을 했습니다. 세무서장은 C이 특허 사용료 소득의 실질적 수익적 소유자가 아니라 조세 회피를 위한 도관회사에 불과하며, 실질적 수익적 소유자는 미국 법인 B라고 판단했습니다. 이에 따라 한국-아일랜드 조세협약 대신 한국-미국 조세협약을 적용하여 법인세를 부과한 것입니다. A 주식회사는 이러한 처분에 불복하여 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

1. 아일랜드 법인 C이 한국-아일랜드 조세협약의 적용을 받을 수 있는 특허 사용료 소득의 '수익적 소유자'인지 아니면 조세 회피를 위한 '도관회사'에 불과하며, 실질적인 수익적 소유자는 미국 법인 B인지 여부.
2. 만약 미국 법인 B가 실질적 소유자라고 판단될 경우, 한국-미국 조세협약에 따라 국내에 등록되지 않은 특허권 사용료도 한국의 '국내원천소득'으로 보아 법인세 원천징수 대상이 되는지 여부.
3. 원고 A 주식회사가 아일랜드 법인 C을 실질적인 수익적 소유자로 믿고 법인세를 원천징수하지 않은 것에 '정당한 사유'가 있어 가산세 부과가 부당한지 여부.

법원의 판단

법원은 피고 영등포세무서장의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결을 변경했습니다.

1. 수익적 소유자 판단: 아일랜드 법인 C은 설립 경위, 자본금, 임직원 현황, 사무실 임대차 계약 조건, 주요 의사결정 과정, 매출 실적 및 수익 대부분을 미국 법인 B로 이전한 사실 등 여러 사정을 종합할 때, 조세 회피 목적으로 설립된 도관회사에 불과하며 특허 사용료 소득의 실질적 수익적 소유자가 아니라고 판단했습니다. 실질적인 수익적 소유자는 미국 법인 B입니다. 따라서 한국-아일랜드 조세협약은 적용될 수 없으며, 한국-미국 조세협약이 적용되어야 합니다.
2. 국내원천소득 범위 판단:
   • 국내 등록 특허에 대한 사용료: 한국-미국 조세협약에 따라 국내에 등록된 특허권 사용료는 미국 법인의 '국내원천소득'에 해당하므로, 원고는 이 부분에 대한 법인세 원천징수 의무가 있다고 판단했습니다.
   • 국내 미등록 특허에 대한 사용료: 한국-미국 조세협약은 특허권의 속지주의 원칙을 따르므로, 미국 법인이 국외에서 등록하고 국내에는 등록하지 않은 특허권 사용료는 국내원천소득으로 볼 수 없다고 판단했습니다. 따라서 원고는 이 부분에 대한 법인세 원천징수 의무가 없다고 보았습니다. 피고의 예비적 주장인 '기타소득' 주장도 받아들이지 않았습니다.
3. 가산세 부과 정당성: 원고 A 주식회사는 특허 사용료 소득의 실질적인 귀속자가 아일랜드 법인 C이 아니라 미국 법인 B라는 사실을 성실하게 조사했더라도 알 수 없었다고 인정하기 어렵다고 보았습니다. C의 설립 시기, 소재지, 자본금, 임직원 현황, P 관련 소송의 선례 등을 고려할 때, 원고에게 원천징수 불이행에 대한 '정당한 사유'가 없다고 판단하여 국내 등록 특허에 대한 사용료 관련 가산세는 적법하다고 보았습니다. 결론적으로, 피고가 부과한 법인세 및 가산세 중 국내에 등록되지 않은 특허권 사용료에 대한 부분은 취소하고, 국내에 등록된 특허권 사용료에 대한 부분은 그대로 유지했습니다.

결론

원고 A 주식회사는 2011 사업연도 법인세 5,397,309,000원과 가산세 539,730,900원 중 법인세 36,356,258원 및 가산세 3,635,626원을 초과하는 부분, 2012 사업연도 법인세 2,498,850,000원과 가산세 249,885,000원 중 법인세 17,592,726원 및 가산세 1,759,273원을 초과하는 부분에 대해 취소 판결을 받아 총 세금 부담이 크게 줄었으나, 국내 등록 특허권 사용료에 해당하는 법인세와 그에 따른 가산세는 납부해야 했습니다.

연관 법령 및 법리

국세기본법 제14조 제1항 (실질과세의 원칙)​: 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용합니다. 이 원칙은 법률과 같은 효력을 가지는 조세조약의 해석 및 적용에도 특별한 배제 규정이 없는 한 그대로 적용됩니다. 즉, 재산의 명의자와 실질적 지배·관리자가 다르고 그 괴리가 조세회피 목적에서 비롯된 경우, 실질적 지배·관리자에게 소득이 귀속된 것으로 보아 과세합니다. 법인인 명의자의 경우 설립 목적, 사업활동, 인적·물적 시설, 의사결정 과정, 자금 이동 내역 등을 종합적으로 고려하며, 특히 조세회피 목적이 주된 것인지 중점적으로 살핍니다. 한·아일랜드 조세협약 제12조 제1항 (사용료 소득)​: 타방 체약국의 거주자에 의해 취득되고 '수익적으로 소유되는' 일방 체약국 내 원천으로부터 발생하는 사용료는 해당 타방국에서만 과세됩니다. 여기서 '수익적 소유자'는 해당 사용료 소득을 지급받은 자가 타인에게 이를 다시 이전할 법적 또는 계약상의 의무 등이 없는 사용·수익권을 갖는 경우를 의미합니다. 국제조세조정에 관한 법률 제28조 (조세조약의 우선 적용)​: 비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득 구분에 관하여는 국내 법인세법 및 소득세법의 규정에도 불구하고 조세조약이 우선하여 적용됩니다. 이는 국내 세법과 조세조약 내용이 다를 경우 조세조약이 우선한다는 원칙입니다. 한·미 조세협약 제6조 제3항 및 제14조 제4항 (사용료 및 소득의 원천)​: 한·미 조세협약에서 '사용료'는 문학·예술·과학작품의 저작권, 특허, 의장, 상표 등 유사한 재산 또는 권리의 사용이나 사용권에 대한 대가를 의미합니다. '소득의 원천'과 관련하여, 특허 등 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대한 사용료는 해당 재산이 '어느 체약국 내에서 사용'되는 경우에만 그 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급됩니다. 대법원 판례는 특허권의 속지주의 원칙을 강조하며, 미국 법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득만을 국내원천소득으로 봅니다. 따라서 국외에 등록되었을 뿐 국내에 등록되지 않은 특허권에 대한 사용료는 국내원천소득으로 볼 수 없습니다. 구 법인세법 제93조 제8호 (국내원천소득의 정의)​: 외국법인의 국내원천소득을 구분하면서, 특허권 등 권리·자산 또는 정보를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 양도소득을 국내원천소득으로 봅니다. 다만, 조세조약에서 사용지를 기준으로 국내원천소득 해당 여부를 규정하는 경우 국외에서 사용된 권리 등의 대가는 국내지급 여부와 관계없이 국내원천소득으로 보지 않습니다. 개정된 법인세법에서는 특허권 등이 국외 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우 국내 등록 여부와 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다는 단서 후문이 있었으나, 국제조세조정법에 따라 조세조약이 우선 적용됩니다. 구 법인세법 제98조 제1항 (원천징수 의무)​: 외국법인에게 국내원천소득을 지급하는 자는 해당 법인세를 원천징수할 의무를 부담합니다. 원천징수 의무자는 소득의 실질적 귀속자가 따로 있는지 성실하게 조사하여 실질 귀속자를 기준으로 법인세를 원천징수해야 하지만, 성실한 조사로도 실질 귀속자를 알 수 없었던 경우에는 의무가 없다는 예외가 있습니다. 이 예외의 판단은 엄격합니다.

참고 사항

국제 거래 시 실질과세원칙 유의: 해외 법인과의 거래에서 명의상 계약 당사자가 아닌, 실질적으로 소득을 지배하고 관리하는 자가 누구인지 명확히 파악해야 합니다. 특히 조세회피 목적이 의심되는 경우 (예: 저세율 국가에 설립된 법인, 소자본 및 소수 인력, 수익 대부분을 모회사로 이전하는 구조 등) 세무당국은 '실질과세원칙'을 엄격하게 적용할 수 있습니다. 조세조약 적용 요건 검토 철저: 특정 조세조약을 적용받아 세금 혜택을 받으려면, 해당 조약에서 규정하는 '수익적 소유자' 요건을 충족하는지 반드시 확인해야 합니다. 단순한 형식적인 계약 관계가 아닌, 소득의 사용·수익권을 실질적으로 갖는지를 따집니다. 특허권의 국내원천소득 판단 기준 이해: 특허권 사용료가 국내원천소득으로 과세되는지 여부는 관련 조세조약에 따라 달라질 수 있습니다. 특히 한국-미국 조세협약처럼 특허권의 '속지주의' 원칙을 적용하는 경우, 국내에 등록된 특허에 대한 사용료만 국내원천소득으로 간주될 수 있으므로, 특허의 국내 등록 여부가 과세에 중대한 영향을 미침을 인지해야 합니다. 원천징수 의무 및 가산세 위험 관리: 국내에서 외국법인에 소득을 지급하는 기업은 원천징수 의무를 부담합니다. 소득의 실질 귀속자 및 적용될 조세조약을 잘못 판단하여 원천징수 의무를 이행하지 않을 경우, 가산세가 부과될 수 있습니다. 과세관청은 기업이 '정당한 사유'로 원천징수를 불이행했는지 엄격하게 판단하므로, 관련 법리 및 선례에 대한 충분한 이해와 함께 철저한 사실관계 확인 및 소명 자료 준비가 필요합니다. 선행 판례 참고: 유사한 국제 조세 회피 시도와 관련된 대법원 판례들은 실질과세원칙의 적용 범위와 수익적 소유자 판단 기준에 대한 중요한 가이드라인을 제공하므로, 관련 거래 시 반드시 참고해야 합니다. 특히 본 판례에서 P 주식회사 관련 선행 대법원 판례가 언급된 바 있습니다.