행정
외국인 투자 기업이 2014년 지방세법 개정 전 조세특례제한법에 따라 법인세를 감면받았는데, 개정 후 법인지방소득세에도 이 감면이 적용되어야 한다며 경정청구를 했으나 지방자치단체들이 거부한 사건입니다. 대법원은 개정 지방세법 부칙의 '종전의 규정'이 조세특례제한법을 포함하지 않으며, 조세특례제한법이 지방소득세 감면을 직접 규정한 것도 아니라고 보아 기업의 청구를 기각한 원심 판결을 파기하고 사건을 돌려보냈습니다.
A 유한책임회사는 외국인 투자 기업으로서 2008년과 2011년에 기획재정부장관으로부터 구 조세특례제한법에 따른 외국인 투자 조세 감면 결정을 받았습니다. 이 결정에 따라 승인된 총 192,275,860,000원의 증자분에 대해 2009년부터 2013년까지 유상증자를 진행했습니다. 2014년 1월 1일 지방세법이 개정되면서, 지방세 과세체계가 기존의 법인세액에 부가되는 '지방소득세 법인세분' 방식에서 법인세 과세표준에 독립적으로 적용되는 '법인지방소득세' 방식으로 변경되었습니다. 개정된 지방세법 부칙에는 '이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다'는 경과규정(부칙 제15조)이 있었습니다. A 회사는 2014년, 2015년 사업연도의 법인세는 구 조세특례제한법에 따라 감면을 적용하여 신고 납부했지만, 법인지방소득세는 변경된 독립세 방식으로 인해 감면을 적용하지 않고 신고 납부했습니다. 그러나 이후 A 회사는 이 경과규정을 근거로 법인세 감면 효과가 법인지방소득세에도 미쳐야 한다고 주장하며 2020년 4월 23일 지방자치단체들에 법인지방소득세액 일부 환급을 구하는 경정청구를 하였습니다. 지방자치단체들은 이 경정청구를 거부하거나 아무런 통지를 하지 않았고, 이에 A 회사가 소송을 제기하게 되었습니다.
2014년 개정된 지방세법 부칙의 경과규정('종전의 규정에 따른다')이 과거 외국인 투자에 대한 법인세 감면 혜택(구 조세특례제한법)을 법인지방소득세에도 적용시킬 수 있는지 여부가 이 사건의 주요 쟁점이었습니다.
대법원은 원심 판결을 파기하고 사건을 대구고등법원으로 돌려보냈습니다.
대법원은 2014년 지방세법 개정 부칙에서 명시된 '종전의 규정'은 개정된 구 지방세법 본칙만을 의미한다고 보았습니다. 따라서 구 조세특례제한법 제121조의4 제1항 등의 법인세 감면 규정은 이 '종전의 규정'에 해당하지 않으며, 이는 법인세 감면을 규정한 것일 뿐 법인지방소득세 감면을 직접 명시한 규정이 아니라고 판단했습니다. 결국, 대법원은 외국인 투자 법인의 법인지방소득세 감면 주장을 받아들이지 않음으로써, 원심의 판단에 법리오해의 잘못이 있다고 보아 사건을 파기환송했습니다.
이 사건은 2014년 지방세법 개정 부칙 제15조의 경과규정 해석이 핵심이었습니다. 이 경과규정은 '이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다'고 규정하고 있습니다.
대법원은 이 경과규정에서 말하는 '종전의 규정'을 2014년 개정의 대상이 된 '구 지방세법 본칙'으로 한정하여 해석했습니다. 따라서 구 조세특례제한법 제121조의4 제1항과 같이 외국인 투자에 대한 법인세 감면을 규정한 다른 법률은 '종전의 규정'에 포함되지 않는다고 판단했습니다. 또한 대법원은 구 조세특례제한법이 법인세에 대한 감면 규정일 뿐 지방소득세 법인세분에 대한 조세 감면을 직접적으로 정한 규정은 아니라고 보았습니다.
이러한 판단은 개정 세법 부칙 조항의 해석에 있어 납세의무자의 기득권이나 신뢰 보호를 인정하더라도, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시 유효했던 종전 규정에서 장래의 한정된 기간 동안 비과세나 면제를 '명시적으로' 규정하고 있지 않는 한 단순한 기대는 보호받아야 할 기득권으로 볼 수 없다는 기존 대법원 판례의 법리를 따릅니다. 즉, 세금 감면 혜택은 법령에 명확하게 규정되어야만 적용될 수 있다는 원칙이 다시 한번 확인된 사례입니다.
세법이 개정될 때 부칙에 경과규정이 있는 경우, 해당 경과규정에서 언급하는 '종전의 규정'이 정확히 어떤 법령을 포함하는지, 그리고 어떤 세목에 적용되는지 면밀히 확인해야 합니다. 특정 세목에 대한 조세 감면 규정이 다른 세목에 자동으로 적용되지 않을 수 있음을 염두에 두어야 합니다. 조세 감면 혜택은 법령에 명시적으로 규정된 경우에만 인정되므로, 단순한 기대나 추정만으로는 감면을 주장하기 어렵습니다. 세법 개정 전후로 조세 감면 혜택의 범위나 적용 여부가 달라질 수 있으므로, 납세 의무자는 개정 내용을 꼼꼼히 확인하고 세금 신고 시 이를 정확히 반영하여 불이익을 받지 않도록 주의해야 합니다.
