부정거래에 연루된 사업자의 부가가치세 매입세액 공제 판결

이 사건은 연속적인 거래 과정에서 발생한 부가가치세 부정거래에 연루된 중간 사업자가 매입세액 공제를 받을 수 있는지 여부가 쟁점이 된 사안입니다. 국세청은 전 단계에서 악의적인 부가가치세 포탈 시도가 있었으므로 중간 사업자에게도 신의성실의 원칙을 적용하여 매입세액 공제를 부인하려 했습니다. 그러나 법원은 신의성실의 원칙은 주로 최종 단계의 수출업자 등이 매입세액 공제·환급을 통해 부당한 이득을 취하려 할 때 적용되며 국내 과세거래의 중간 사업자에게까지 적용하여 매입세액 공제를 부인하는 것은 국가가 부당한 이득을 취하는 결과가 된다고 판단하여, 중간 사업자의 매입세액 공제를 인정했습니다.

관련 당사자

• 주식회사 AAA쥬얼리 (원고, 피상고인): 부가가치세 매입세액 공제를 주장한 중간 단계 사업자입니다.
• 종로세무서장 (피고, 상고인): 주식회사 AAA쥬얼리의 매입세액 공제를 부인하고 세금을 부과한 세무 당국입니다.

분쟁 상황

주식회사 AAA쥬얼리는 금지금 거래 과정에서 매입세액 공제를 신청했습니다. 그러나 세무당국은 이 거래가 연쇄적인 부가가치세 부정거래('악의적 사업자'가 부가가치세를 포탈하려 한 비정상적인 거래)에 해당한다고 보아 주식회사 AAA쥬얼리의 매입세액 공제를 거부했습니다. 세무당국은 국세기본법 제15조의 신의성실의 원칙을 근거로, 전 단계의 부정거래를 알았거나 중대한 과실로 알지 못했다면 매입세액 공제가 허용될 수 없다고 주장했습니다. 반면 주식회사 AAA쥬얼리는 자신들의 거래는 국내 과세거래에 해당하며, 신의성실의 원칙 적용으로 매입세액 공제를 부인하는 것은 부당하다고 주장하며 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

연속적인 부가가치세 부정거래가 있었던 경우, 그 거래 사슬의 중간에 있는 사업자에 대해서도 '국세기본법' 제15조의 신의성실의 원칙을 적용하여 매입세액 공제를 부인할 수 있는지 여부

법원의 판단

대법원은 원심의 판단이 정당하다고 보아 피고(종로세무서장)의 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 판결했습니다. 이는 신의성실의 원칙이 부정거래의 최종 단계에서 매입세액 공제·환급을 통해 부당한 이득을 취하려는 경우에 적용되며, 국내 과세거래의 중간 사업자에게는 직접 적용되지 않는다는 원심의 판단을 인정한 것입니다.

결론

대법원은 연속적인 부가가치세 부정거래 상황에서, 중간 단계의 과세사업자가 전 단계의 부정거래 사실을 알았거나 중대한 과실로 알지 못했더라도, 신의성실의 원칙을 적용하여 국내 과세거래 관련 매입세액 공제를 부인할 수는 없다고 최종 판단했습니다. 즉, 주식회사 AAA쥬얼리는 매입세액 공제를 받을 수 있게 되었습니다.

연관 법령 및 법리

이 판결은 '구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제15조의 신의성실의 원칙'에 대한 해석과 적용 범위를 명확히 했습니다.

'국세기본법 제15조(신의성실)'는 '납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행할 때에도 또한 같다.'고 규정하고 있습니다. 이는 납세 의무와 세무 행정 전반에 걸쳐 적용되는 중요한 기본 원칙입니다.

이 판결에서 법원은 이 신의성실의 원칙을 부가가치세 매입세액 공제 부인에 적용할 때, 그 목적과 효과를 고려해야 한다고 보았습니다. 즉, 연속적인 부정거래에서 '악의적 사업자'가 부가가치세를 포탈하려고 시도하고, 이를 통해 '수출업자 또는 구매확인서에 의한 영세율 매출업자(수출업자 등)'가 매입세액 공제·환급을 받아 국가에 직접적인 세금 손실을 발생시키는 경우에 신의성실의 원칙에 따라 매입세액 공제·환급을 제한하는 것이 타당하다고 보았습니다.

그러나 악의적 사업자와 수출업자 등 사이에 존재하는 '과세사업자(중간 사업자)'의 매입세액 공제까지 부인하는 것은 국가가 부당한 이득을 취하는 결과를 초래하므로, 국내 과세거래에 관련된 매입세액의 공제·환급에는 이 신의성실의 원칙이 적용될 수 없다고 판단했습니다. 이는 전단계세액공제제도의 근간을 유지하고, 국가가 이중으로 세금을 부과하는 것을 방지하려는 취지입니다.

참고 사항

만약 사업을 운영하면서 거래 과정에 부가가치세 부정거래(예: 금지금 거래에서 발생하는 허위 세금계산서 발급 등을 통한 부가가치세 포탈)가 연루되어 세무조사를 받게 된 경우 다음 사항들을 참고할 수 있습니다.

첫째, 전 단계 거래에 부정거래가 있었다는 사실만으로 모든 거래 주체의 매입세액 공제가 자동으로 부인되는 것은 아닙니다. 법원은 신의성실의 원칙 적용에 있어 '어떤 사업자가 어떤 목적으로 부정거래에 관여했는지'를 중요하게 판단합니다.

둘째, 매입세액 공제·환급을 제한하는 신의성실의 원칙은 주로 부가가치세를 직접 포탈하고 환급을 통해 이득을 얻으려는 '악의적 사업자' 또는 수출업자 등 '영세율 적용'을 통해 직접적인 매입세액 공제·환급을 받는 최종 단계 사업자에게 적용될 가능성이 높습니다.

셋째, 국내 과세거래를 수행하는 중간 단계 사업자의 경우, 비록 전 단계에 부정거래가 있었다 하더라도, 그 중간 사업자가 부정거래를 주도하거나 부당한 매입세액 환급을 직접적으로 노린 경우가 아니라면 매입세액 공제가 인정될 수 있습니다. 이는 중간 사업자의 매입세액 공제까지 부인할 경우 국가가 부당한 이득을 얻는 결과가 될 수 있기 때문입니다.

넷째, 자신의 거래가 정상적인 상거래 관행에 따라 이루어졌고, 자신은 부정거래에 직접 가담하지 않았음을 입증하는 것이 중요합니다. 세금계산서, 금융거래 내역 등 객관적인 자료를 통해 이를 소명해야 합니다.