토지 매각 후 받은 벤처기업 주식 세액 공제 불인정 사건

A 주식회사는 벤처기업 C 주식회사에 토지를 277억 원에 매도하면서 대금 중 120억 원을 C 주식회사의 보통주 40만 주를 받는 방식으로 정했습니다. 이후 A 주식회사는 이 주식 취득을 '벤처기업 등에의 출자에 대한 세액공제' 대상으로 보고 2021년 사업연도 법인세 6억 원의 경정을 청구했습니다. 하지만 청주세무서장은 A 주식회사가 C 주식회사의 지배주주에 해당하여 세액공제를 받을 수 없다는 이유로 이를 거부했습니다. 법원은 A 주식회사가 토지 매매대금 채권 변제에 갈음하여 주식을 취득한 방식은 조세특례제한법이 규정하는 '증자대금의 납입'에 해당하지 않아 세액공제 대상이 아니라고 판단하며, 원고의 청구를 기각했습니다.

관련 당사자

• 원고 A 주식회사: 2013년 8월 26일 설립된 목재 임가공업 등을 하는 내국법인으로, 벤처기업 C 주식회사에 토지를 매각하고 주식을 취득한 후 법인세 경정 청구를 하였으나 거부당하여 소송을 제기했습니다.
• 피고 청주세무서장: A 주식회사의 법인세 경정 청구를 거부한 행정기관의 장입니다.
• C 주식회사: 2017년 7월 6일 설립된 컴퓨터 및 주변장치, 소프트웨어 도매업 등을 하는 벤처기업으로, A 주식회사로부터 토지를 매수하고 대금의 일부를 주식으로 발행하여 지급했습니다.
• E 주식회사: 원고 A 주식회사의 대표자 B가 운영하는 회사로, C 주식회사에 건물들을 매도했습니다.

분쟁 상황

원고 A 주식회사는 보유하던 토지를 벤처기업 C 주식회사에 매도하면서, 매매대금 277억 원 중 120억 원을 C 주식회사가 발행한 보통주 40만 주를 받는 방식으로 지급받기로 약정했습니다. A 주식회사는 이 주식 취득을 '벤처기업 등에의 출자에 대한 세액공제' 대상으로 보고 2021년 사업연도 법인세 6억 원의 경정을 청구했습니다. 하지만 피고인 청주세무서장은 A 주식회사가 C 주식회사의 지배주주에 해당하여 추가 납부세액이 발생하므로 세액공제가 불가하다는 이유로 경정청구를 거부했습니다. 이에 A 주식회사는 해당 처분이 위법하다고 주장하며 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

1. 원고 A 주식회사가 벤처기업 C 주식회사의 주식을 취득한 방식(토지 매매대금 채권을 주식으로 전환)이 구 조세특례제한법 제13조의2 제1항 및 제2항에서 정하는 '출자'에 해당하는지 여부, 특히 '증자대금의 납입'으로 볼 수 있는지.
2. 채무의 자본 전환 또는 현물출자 방식의 주식 취득이 벤처기업 출자 세액공제 대상이 되는지 여부.
3. 피고가 소송 과정에서 당초 처분 사유 외에 새로운 사유를 추가 변경할 수 있는지 여부.

법원의 판단

법원은 원고의 청구를 기각하고 소송비용은 원고가 부담하도록 판결했습니다. 이는 피고 청주세무서장의 경정거부처분이 정당하다고 본 것입니다.

결론

법원은 구 조세특례제한법 제13조의2 제1항이 정하는 '출자'는 '자본금의 납입' 또는 '증자대금의 납입'을 의미하며, '채무의 자본 전환'이나 '현물출자'는 이에 해당하지 않는다고 판단했습니다. 특히 같은 법 제13조와 달리 제13조의2에서는 '채무를 자본으로 전환하는 방법'을 명시적으로 규정하고 있지 않으므로, 조세특례는 엄격하게 해석해야 한다는 조세법률주의 원칙에 따라 원고의 토지 매매대금 채권 변제에 갈음한 주식 취득은 세액공제 대상 '출자'로 볼 수 없다고 보았습니다. 따라서 A 주식회사의 주장은 이유 없으며, 이 사건 처분은 적법하다고 결론 내렸습니다.

연관 법령 및 법리

1. 조세법률주의 원칙: 국민의 납세의무에 관한 사항은 국민의 대표기관인 국회가 제정한 법률로써 규정해야 하며, 그 법률을 집행하는 경우에도 이를 엄격하게 해석·적용하여야 합니다. 행정 편의적인 확장해석이나 유추적용은 허용되지 않으며, 특히 조세감면 요건은 명백히 특혜 규정으로 볼 수 있으므로 엄격하게 해석하는 것이 조세 공평의 원칙에 부합합니다.
2. 구 조세특례제한법 (2021. 12. 28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것) 제13조의2 제1항: 내국법인이 대통령령으로 정하는 벤처기업 등에 출자하여 주식이나 출자지분을 취득하는 경우 취득가액의 100분의 5에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제합니다. 다만, 대통령령으로 정하는 특수관계인의 주식 등을 취득하는 경우는 공제하지 않습니다.
3. 구 조세특례제한법 제13조의2 제2항: 이 조항은 '출자'의 방법을 "해당 기업의 설립 시에 자본금으로 납입하는 방법" 또는 "해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자하는 경우로서 증자대금을 납입하는 방법"으로 명시하며, 타인 소유 주식을 매입하는 경우는 제외합니다. 본 사건에서 법원은 채무의 자본 전환이나 현물출자가 '증자대금의 납입'에 해당하지 않는다고 판단했습니다.
4. 구 조세특례제한법 제13조 (중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세): 이 조항에서는 '출자'의 방법으로 "해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 잉여금을 자본으로 전입하는 방법" 및 "해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 채무를 자본으로 전환하는 방법"을 명시적으로 규정하고 있어, 제13조의2와 그 적용 범위에 차이가 있음을 보여줍니다.
5. 처분 사유 추가·변경의 허용 범위: 감액경정청구 거부처분 취소소송에서 과세관청은 당초 내세웠던 거부처분 사유 외의 사유도 소송에서 새로 주장할 수 있습니다. 이는 조세소송의 심판 대상이 과세표준 및 세액의 객관적 존부이며, 거부처분 사유는 공격방어방법에 불과하기 때문입니다 (대법원 2008. 12. 24. 선고 2006두13497 판결 등 참조).

참고 사항

1. 벤처기업 투자를 통한 세액공제를 계획할 때는 투자 방식이 현금 납입인지, 현물 출자인지, 채무 전환인지 등을 명확히 확인해야 합니다.
2. 관련 법규(조세특례제한법)가 '출자'의 방식을 '자본금의 납입' 또는 '증자대금의 납입'으로 한정하는 경우, 현물출자나 채무의 자본 전환 방식은 세액공제 대상에서 제외될 수 있습니다.
3. 세법은 특혜 규정일수록 엄격하게 해석되므로, 감면 요건을 충족하는지 법문의 의미를 정확히 파악하고 유사한 다른 법조항과의 비교를 통해 해당 조항의 적용 범위를 명확히 이해하는 것이 중요합니다.
4. 지배주주 여부 등 특수관계인에 대한 출자는 세액공제 대상에서 제외될 수 있으므로, 관련 조건을 미리 확인해야 합니다.
5. 세금 관련 분쟁 발생 시 과세관청은 당초 거부처분 사유 외에 다른 사유를 소송에서 추가로 주장할 수 있다는 점을 인지하고 이에 대비해야 합니다.