토지주택공사 세금 관련 부과처분 취소 소송

한국토지주택공사(LH)는 택지개발 사업을 진행하며 발생한 여러 비용과 수익에 대해 한국채택국제회계기준(K-IFRS)에 따라 회계 처리하고 법인세를 신고했습니다. 그러나 진주세무서장은 LH의 특정 회계 처리가 법인세법상 기준에 맞지 않는다고 보고, 2010년부터 2014년 사업연도 결손금을 대폭 감액하고 소득금액을 증액하여 법인세를 부과했습니다. 또한 2015년 제1기 부가가치세도 과다 공제받았다고 판단하여 부과했습니다. LH는 이에 불복하여 이월결손금 감액처분, 법인세 및 부가가치세 부과처분, 그리고 2015년 법인세 경정거부처분 및 농어촌특별세 부과처분의 취소를 구하는 소송을 제기했습니다.

관련 당사자

• 한국토지주택공사 (원고): 한국토지주택공사법에 따라 설립된 준시장형 공기업으로, 택지 개발 및 분양 사업을 주 업무로 합니다.
• 진주세무서장 (피고): 한국토지주택공사에 대해 법인세, 부가가치세, 농어촌특별세 등의 부과 처분을 내린 세무 당국입니다.

분쟁 상황

한국토지주택공사(LH)는 택지개발과 같은 대규모 장기 사업을 수행하면서 한국채택국제회계기준(K-IFRS)에 따라 복잡한 회계 처리를 해왔습니다. 특히 준공 전 토지 인도 시점에 예상되는 총 원가를 매출원가에 포함하고, 이후 예정원가가 변동되면 그 변동분을 해당 사업연도의 손익으로 인식하는 방식을 사용했습니다. 또한 개발 사업으로 국가나 지자체에 무상으로 귀속되는 신설 공공시설과 대가 관계 없이 LH에 무상으로 귀속되는 기존 공공시설에 대해서도 회계 처리를 했습니다. 이 과정에서 발생한 추정 건설자금 이자나 지방자치단체에 대한 기부채납 등도 K-IFRS와 내부 지침에 따라 처리했습니다.

반면, 세무당국은 이러한 LH의 회계 처리가 법인세법 및 부가가치세법의 권리확정주의, 채무확정주의, 손익 귀속시기, 손금 인정 요건, 그리고 세금계산서 발급 시기 등과 다르다고 판단했습니다. 특히 예정원가 변동분, 기존 공공시설 무상 귀속 시점, 재고자산 건설자금 이자의 비용 처리, 지방자치단체 기부채납액의 손금 인정 여부, 건설자금 이자의 자본화 중단 등에 대해 LH의 회계 처리와 상반되는 해석을 내리고 대규모의 법인세와 부가가치세를 부과했습니다. 이러한 회계 처리 기준과 세법 해석의 차이가 대규모 세금 부과 및 그 취소 소송으로 이어지게 된 핵심적인 분쟁 상황입니다.

핵심 쟁점

이 사건의 주요 쟁점은 총 5가지로, 한국토지주택공사의 특정 회계 처리가 법인세법상 익금 및 손금 귀속시기와 관련 법리에 부합하는지 여부였습니다.

1. 예정원가 변동분의 손익 귀속시기: LH가 토지 준공 전 인도 시점에 매출원가로 인식한 예정원가가 이후 사업연도에 변동된 경우, 그 변동분을 어느 시점의 손익으로 보아야 하는지 (변동 발생 해당 사업연도 vs. 사업 준공 시점).
2. 기존 공공시설 무상 귀속에 따른 자산수증익의 성격 및 귀속시기: LH가 개발 사업 과정에서 무상으로 귀속받는 기존 공공시설의 가액을 법인세법상 '자산수증익'으로 보아야 하는지, 그리고 자산수증익으로 본다면 언제 (실시계획승인 등 시점 vs. 준공검사 후 토지 등 세목 통지 시점) 익금으로 인식해야 하는지.
3. 재고자산 조성용 추정 건설자금 이자의 손금 산입 여부: 판매용 토지 조성을 위해 지출할 예정인 추정 건설자금 이자를 토지 인도 시점에 매출원가로 인식하여 손금에 산입할 수 있는지 (매출원가 vs. 실제 지급 시점 기간비용).
4. 지방자치단체 기부채납액의 손금 산입 여부: LH가 개발 사업과 관련하여 지방자치단체에 기부채납한 현금 및 현물을 판매용 토지 취득원가에 포함하여 손금으로 인정할 수 있는지 (사업과 직접 관련된 비용 vs. 법정기부금 한도초과).
5. 고정자산 건설자금 이자의 자본화 중단 허용 여부: 사업용 고정자산(임대주택) 건설 중단 기간에 발생한 건설자금 이자를 자본화(자산 원가에 포함)하지 않고 해당 사업연도의 손금으로 인식할 수 있는지 (K-IFRS에 따른 자본화 중단 vs. 법인세법상 준공 시점까지 자본화).
6. 부가가치세 부과처분 취소 청구: 재화 공급 시기가 도래하기 전에 대가 일부를 받고 세금계산서를 발급한 경우, 그 매입세액을 공제받을 수 있는지 여부.

법원의 판단

법원은 한국토지주택공사의 주장을 일부 받아들여 진주세무서장의 법인세 관련 부과 처분을 일부 취소하고, 부가가치세 부과 처분은 전부 취소했습니다. 농어촌특별세 부과 처분에 대한 취소 청구는 기각했습니다.

각 쟁점에 대한 구체적인 판단은 다음과 같습니다.

1. 예정원가 변동분의 손익 귀속시기 (쟁점1) – 원고 승소: 법원은 한국토지주택공사가 한국채택국제회계기준(K-IFRS)에 따라 예정원가 변동분을 전진적으로 인식하여 변동이 발생한 해당 사업연도 손금으로 인식한 것이 법인세법령 규정이나 권리의무확정주의에 반하지 않는다고 판단했습니다. 따라서 이 부분에 대한 세무서의 결손금 감액 처분은 위법하므로 취소되어야 한다고 보았습니다.
2. 기존 공공시설 무상 귀속에 따른 자산수증익의 귀속시기 (쟁점2) – 원고 일부 승소: 법원은 기존 공공시설의 무상 귀속 자체는 자산수증익에 해당하나, 그 익금 귀속시기를 실시계획승인 등 시점이 아닌 '개발사업 준공검사를 마친 시점'으로 보아야 한다고 판단했습니다. 실시계획은 변경 가능성이 크고, 실시계획 승인만으로는 권리 실현 가능성이 높다고 볼 수 없다는 이유입니다. 따라서 실시계획승인 시점을 전제로 한 감액 처분은 위법하므로 취소되어야 한다고 보았습니다.
3. 재고자산 조성용 추정 건설자금 이자의 손금 산입 여부 (쟁점3) – 원고 패소: 법원은 재고자산인 판매용 토지 조성에 소요되는 차입금 이자는 사업용 고정자산에 대한 예외 규정(법인세법 제28조 제1항 제3호)이 적용되지 않으므로, 실제 이자를 지급하는 시점에 손금으로 산입해야 한다고 판단했습니다. 토지 인도 시점에 매출원가로 인식하는 것은 허용되지 않는다고 보아 한국토지주택공사의 주장을 받아들이지 않았습니다.
4. 지방자치단체 기부채납액의 손금 산입 여부 (쟁점4) – 원고 패소: 법원은 LH의 기부채납액이 개발 사업의 필수적인 비용으로 보기 어렵고, 택지조성원가 산정 기준에도 부합하지 않으며, 수익 관련성 및 통상성도 인정하기 어렵다고 판단했습니다. 따라서 법정기부금 손금산입 한도를 초과한 금액을 손금불산입한 세무서의 처분이 정당하다고 보았습니다.
5. 고정자산 건설자금 이자의 자본화 중단 허용 여부 (쟁점5) – 원고 패소: 법인세법령은 건설자금 이자를 '준공된 날까지' 자본적 지출로 하여 원본에 가산하도록 명확하게 규정하고 있을 뿐, 준공 전 자본화 중단을 허용하는 규정이 없다고 판단했습니다. 따라서 LH가 K-IFRS에 따라 건설 중단 기간에 자본화를 중단하고 손금으로 인식한 것은 인정되지 않는다고 보았습니다.
6. 부가가치세 부과처분 취소 청구 – 원고 승소: 법원은 구 부가가치세법 제17조 제1항의 입법 취지와 체계적 해석을 고려할 때, 재화 등 공급 시기가 도래하기 전에 대가의 전부 또는 일부를 지급받고 세금계산서를 발급한 경우 대가 지급 시기와 세금계산서 발급 시기의 과세기간이 다르더라도 세금계산서 발급 시점을 공급 시기로 의제한다고 해석해야 한다고 보았습니다. 따라서 한국토지주택공사가 발행받은 세금계산서의 매입세액 공제를 인정하여 부가가치세 부과처분을 취소했습니다.

종합적으로, 법원은 한국토지주택공사의 2010~2014 사업연도 결손금 감액처분 중 557,304,612,915원, 123,707,063,360원, 472,461,496,747원 및 2012년도 소득금액 증액처분 전액(92,692,863,490원), 2013년도 소득금액 증액처분 중 274,167,498,137원, 2014년도 소득금액 증액처분 중 295,766,936,828원 부분을 취소했습니다. 또한 2015년 제1기 부가가치세 1,345,396,540원의 부과처분과 2015년 사업연도 법인세 495,042,594,941원의 경정거부처분도 취소했습니다. 나머지 청구는 기각했습니다.

결론

법원은 한국토지주택공사의 회계 처리 중 예정원가 변동분 인식 방법과 기존 공공시설 무상 귀속에 따른 자산수증익의 귀속시점에 대해서는 LH의 손을 들어주어, 관련 법인세 부과를 취소했습니다. 또한 부가가치세법상 공급시기 의제 규정 해석에 있어서도 LH의 입장을 받아들여 부가가치세 부과 처분을 전액 취소했습니다. 그러나 재고자산 조성용 추정 건설자금 이자의 손금 산입, 지방자치단체 기부채납액의 손금 산입, 고정자산 건설자금 이자의 자본화 중단 등 나머지 쟁점들에 대해서는 세무서의 입장을 지지하여 LH의 청구를 기각했습니다. 결과적으로 한국토지주택공사는 상당 부분의 세금 부과 처분에서 벗어났으나, 일부 회계 처리 방식에 대해서는 법인세법에 따라 세무 조정을 받아들여야 했습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건은 주로 법인세법과 부가가치세법의 해석 및 적용에 관한 것으로, 기업회계기준(K-IFRS)과 세법의 충돌 지점이 많았습니다.

1. 법인세법상 손익 귀속시기 및 손금 인정 원칙 (구 법인세법 제40조, 제43조, 제19조 등):

• 권리의무확정주의 (구 법인세법 제40조 제1항): 법인세법은 소득 원인이 되는 권리가 확정된 날이 속하는 사업연도를 익금의 귀속사업연도로 봅니다. 여기서 '확정'이란 소득이 현실적으로 실현될 것까지는 필요 없으나, 소득이 발생할 권리가 실현 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙·확정되는 것을 의미합니다. 이 사건에서는 예정원가 변동분이나 자산수증익의 익금 귀속시점을 판단하는 데 적용되었습니다.
• 수익비용대응 원칙: 정확한 기간 손익 파악을 위해 수익과 그 수익 발생에 들어간 비용을 동일한 회계연도에 인식해야 한다는 원칙입니다. 법인세법상 손금 귀속시기에도 적용될 수 있으며, 익금에 직접 대응하는 손금은 그 익금이 확정된 사업연도에 귀속되어야 합니다. 쟁점1(예정원가 변동분)에서 중요한 판단 근거가 되었습니다.
• 기업회계기준 존중 (구 법인세법 제43조, 국세기본법 제20조): 세법에 명시적인 규정이 없는 경우, 일반적으로 공정하고 타당하다고 인정되는 기업회계기준이나 관행을 따를 수 있습니다. 이는 K-IFRS에 따른 회계 처리가 법인세법상으로도 인정될 여지를 줍니다. 쟁점1(예정원가 변동분)의 판단에 활용되었습니다.
• 손금의 범위 (구 법인세법 제19조): 손금은 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 발생하는 손비로서, 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용 중 '일반적으로 인정되는 통상적인 것'이거나 '수익과 직접 관련된 것'이어야 합니다. 쟁점4(기부채납액)의 손금 인정 여부를 판단하는 핵심 기준이었습니다.
• 자산수증익 (구 법인세법 제15조 제1항, 시행령 제11조 제5호): 무상으로 받은 자산의 가액은 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 발생하는 수익인 익금에 해당합니다. 쟁점2(기존 공공시설 무상 귀속)에서 기존 공공시설의 성격이 무상 취득인지 유상 취득인지 여부를 판단하는 데 사용되었습니다.
• 건설자금 이자의 자본화 (구 법인세법 제28조 제1항 제3호, 시행령 제52조): 사업용 고정자산의 매입, 제작 또는 건설에 소요되는 차입금 이자는 건설 등이 '준공된 날까지' 자본적 지출로 보아 해당 고정자산의 취득원가에 가산하고 손금에 산입하지 않아야 합니다. 이 규정은 건설자금 이자의 자본화 중단 가능성(쟁점5)과 재고자산 조성용 이자의 손금 산입 여부(쟁점3)를 판단하는 데 중요하게 적용되었습니다. 특히, 재고자산에 대한 차입금 이자는 사업용 고정자산에 대한 특례가 적용되지 않으므로 실제 지급 시점에 손금으로 처리해야 합니다.

2. 부가가치세법상 재화의 공급시기 의제 (구 부가가치세법 제17조 제1항):

• 부가가치세법은 재화 또는 용역의 공급 시기를 규정하고 있으나, 공급 시기가 도래하기 전에 대가의 전부 또는 일부를 지급받고 세금계산서를 발급하는 경우, 그 세금계산서 발급 시점을 재화 또는 용역의 공급 시기로 의제할 수 있다고 규정하고 있습니다. 이 사건에서는 '이와 동시에'라는 문구의 해석이 쟁점이 되었으나, 법원은 대가를 이미 지급받았다면 세금계산서 발급 시기와 대가 지급 시기의 과세기간이 다르더라도 세금계산서 발급 시점을 공급 시기로 볼 수 있다고 판단했습니다. 이는 납세자의 조기 매입세액 공제를 돕고 과세 행정의 명확성을 높이기 위한 취지입니다.

3. 공공기관 회계 처리 기준:

• 한국토지주택공사법 제27조, 공공기관 운영에 관한 법률 제39조, 공기업·준정부기관 회계사무규칙 제2조 제5항: 한국토지주택공사는 기획재정부령으로 정한 회계처리원칙(K-IFRS)을 따르도록 되어 있습니다. 이는 한국토지주택공사가 내부적으로 채택한 회계 기준(시행세칙)의 합리성을 인정하는 근거가 되었습니다.

참고 사항

1. 회계기준과 세법의 차이 이해: 한국채택국제회계기준(K-IFRS)은 기업의 재무 상태와 성과를 '유용하고 정확한 경제적 정보'로 전달하는 데 중점을 두지만, 법인세법은 '획일적인 과세소득 파악, 법적 안정성, 과세 공평'을 목표로 합니다. 따라서 K-IFRS에 따라 적절하게 회계 처리했더라도, 법인세법상으로는 다른 세무 조정이 필요할 수 있음을 명확히 인지해야 합니다. 특히 손익의 귀속시기, 비용 인정 요건 등에서 차이가 발생할 수 있습니다.
2. 예정원가 변동분의 처리: 장기 건설 계약 등에서 예정원가(추정 원가)가 변동되는 경우, 그 변동분을 '전진법'으로 처리하여 변동이 발생한 해당 사업연도의 손익으로 인식하는 K-IFRS 방식이 법인세법상 권리의무확정주의에 반하지 않는다면 인정될 수 있습니다. 다만, 이는 구체적인 거래의 성격과 내용, 관련 법령 및 회계기준의 합리성 등을 종합적으로 고려해야 합니다.
3. 무상으로 받은 자산의 익금 귀속시기: 개발 사업 등으로 공공시설 등을 무상으로 귀속받는 경우, '자산수증익'으로 보아 익금에 산입하는 것이 타당합니다. 이때 익금의 귀속시점은 해당 자산을 받을 권리가 '실현 가능성이 상당히 높은 정도로 성숙·확정된 때'로 보아야 합니다. 단순히 실시계획 승인 단계보다는 준공검사 완료 시점 등 실질적으로 자산을 취득한 시점으로 보는 것이 유리할 수 있습니다.
4. 건설자금 이자의 처리: '사업용 고정자산' 건설에 소요되는 차입금 이자는 준공 시점까지 자본화해야 하며, 건설 중단 기간이라 하여 임의로 자본화를 중단하고 기간비용으로 처리하는 것은 법인세법상 허용되지 않을 수 있습니다. 그러나 '판매용 재고자산' 건설에 소요되는 차입금 이자는 사업용 고정자산과 달리 자본화 대상이 아니므로, 실제 이자 지급 시점에 손금으로 인식해야 합니다.
5. 기부채납의 손금 인정 기준: 지방자치단체 등에 대한 기부채납액이 사업과 관련된 '통상적인 비용' 또는 '수익과 직접 관련된 비용'으로 인정받기 위해서는 해당 기부채납이 법령, 개발계획, 또는 인·허가 조건 등에 따라 이루어졌는지, 사업 수행에 필수적이었는지, 조성 토지 등의 가치를 현실적으로 증가시켰는지, 사업 수행이나 수익 창출에 직접적으로 기여했는지 등 객관적인 증거를 충분히 제시해야 합니다. 단순히 지방자치단체와의 관계 원만화 목적 등은 손금 인정 요건을 충족하기 어려울 수 있습니다.
6. 부가가치세 매입세액 공제 시점: 재화나 용역의 공급 시기가 도래하기 전에 대가의 전부 또는 일부를 지급받고 세금계산서를 발급받았다면, 대금 지급 시기와 세금계산서 발급 시점의 과세기간이 다르더라도 세금계산서 발급 시점을 공급 시기로 의제하여 매입세액을 공제받을 수 있습니다. 이는 조기 매입세액 공제를 통해 납세자의 경제적 부담을 덜어주는 기능을 합니다. 세금계산서 발행 시점에 대금 수수가 실제로 이루어졌는지 여부가 중요합니다.