평택 고덕지구 무상귀속 토지 취득세 및 지목변경세 부과 취소 사건

한국토지주택공사는 평택 고덕 국제화계획지구 택지개발사업을 진행하던 중, 사업지구 내에 새로 설치한 공공시설과 용도가 폐지되어 무상으로 귀속받은 토지에 대해 평택시장으로부터 취득세, 지방교육세, 농어촌특별세를 부과받았습니다. 공사는 무상귀속 토지에 대한 취득세 산정 시기 및 과세표준이 부당하고, 이미 다른 세금으로 이중 과세되었다고 주장했습니다. 또한 토지 지목변경에 따른 간주취득세 산정 시점 및 과세표준(특정 비용 포함 여부, 대지차감률 적용 여부 등)에도 문제가 있다고 주장하며 부과처분 취소 소송을 제기했습니다. 법원은 공사의 청구를 모두 기각하며 평택시장의 세금 부과 처분이 적법하다고 판단했습니다.

관련 당사자

• 원고: 한국토지주택공사 (평택 고덕 국제화계획지구 및 택지개발사업의 시행자 중 하나)
• 피고: 평택시장 (한국토지주택공사에 취득세 등을 부과한 지방자치단체장)

분쟁 상황

한국토지주택공사가 평택 고덕 국제화계획지구 택지개발사업을 시행하는 과정에서 발생한 지방세 부과에 대한 다툼입니다. 공사는 1단계 사업 준공 후 무상으로 귀속받은 공공시설용 토지에 대해 총 4,108,133,740원(가산세 포함) 상당의 취득세 등을 부과받았고, 지목변경 간주취득세 산정 시에도 비용 누락 및 부적절한 안분비율 적용으로 634,924,200원(가산세 포함) 상당의 세금을 추가 부과받았습니다. 공사는 이러한 세금 부과가 부당하다고 주장하며 취소 소송을 제기했으나, 법원은 세금 부과 처분이 정당하다고 판단하여 공사의 청구를 기각했습니다. 핵심 쟁점은 지방세법상 '취득 시기'와 '과세표준' 산정의 적법성, 그리고 '이중과세' 및 '가산세 부과'의 정당성 여부였습니다.

핵심 쟁점

무상으로 귀속된 공공시설용 토지에 대한 취득세의 과세 시점과 과세표준 산정이 적법한지, 이중과세에 해당하는지 여부, 토지 지목변경에 따른 간주취득세 산정 시 어떤 비용을 과세표준에 포함해야 하는지, 특정 부담금에 대한 대지차감률을 적용하지 않은 것이 적법한지 여부, 그리고 이러한 취득세에 부가되는 지방교육세 및 농어촌특별세, 가산세 부과가 정당한지 여부입니다.

법원의 판단

법원은 한국토지주택공사의 청구를 모두 기각하고, 평택시장이 부과한 취득세, 지방교육세, 농어촌특별세 및 가산세 처분이 모두 적법하다고 판결했습니다. 소송 비용은 원고인 한국토지주택공사가 부담하도록 했습니다.

결론

법원은 무상귀속 토지의 취득 시기를 공공시설의 종류와 토지 세목을 통지한 날(2019. 9. 9.)로 보았고, 과세표준은 그 시점의 시가표준액(개별공시지가)으로 산정하는 것이 타당하다고 판단했습니다. 또한 유상취득 토지에 대한 취득세 납부와 이 사건 무상귀속 토지에 대한 취득세는 별개의 과세 대상으로 보아 이중과세 주장을 받아들이지 않았습니다. 지목변경 간주취득세의 경우, 법인장부에 의해 개별 토지의 정확한 조성원가를 산정하기 어렵기 때문에 피고가 1단계 사업 준공일을 기준으로 산정한 단위면적당 원가가 합리적이라고 보았습니다. 학교시설부담금 등 기반시설 관련 부담금은 지목변경에 필수적으로 수반되는 비용이므로 과세표준에 포함하는 것이 적법하며, 농지보전부담금 등은 기존 지목이 대지인 토지에는 발생하지 않으므로 대지차감률을 적용하지 않은 것이 타당하다고 판단했습니다. 취득세가 적법하게 부과되었으므로 지방교육세 및 농어촌특별세도 적법하고, 공사에게 세법상 의무 불이행에 대한 정당한 사유가 없다고 보아 가산세 부과 역시 정당하다고 결론 내렸습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건에는 여러 법령과 법리가 적용되었습니다. 첫째, 미군이전평택지원법 제31조와 구 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(구 국토계획법) 제65조는 공공시설의 무상귀속과 취득 시기를 규정합니다. 이에 따라 새로 설치된 공공시설은 관리청에, 폐지되는 공공시설은 사업시행자에게 무상 귀속되며, 그 취득 시기는 세목을 통지한 날로 봅니다. 둘째, 구 지방세법 제7조 제2항 및 제4항은 부동산의 사실상 취득과 지목변경으로 인한 가액 증가를 취득세 과세 대상으로 규정하고 있습니다. 셋째, 구 지방세법 제10조 및 구 지방세법 시행령 제17조, 제18조는 취득세의 과세표준 산정 기준을 명시합니다. 무상취득의 경우 시가표준액으로, 지목변경의 경우 증가된 가액을 기준으로 하되, 법인장부 등으로 비용이 입증되면 그 비용을 과세표준으로 합니다. 이 사건에서는 법인장부로 개별 토지 비용을 특정하기 어려워 사업 전체의 준공일 기준 단위면적당 원가로 산정하는 것이 합리적이라고 판단되었습니다. 넷째, 지방세징수법 제21조는 지방세환급금채권과 지방세채권의 상계를 금지하여, 이전의 과납금을 이 사건 무상귀속 토지의 취득세에 충당하는 주장을 배척하는 근거가 되었습니다. 다섯째, 농지법 제38조 제1항, 산지관리법 제19조 제1항, 구 자연환경보전법 제46조 제1항 등은 농지보전부담금, 대체산림자원조성비, 생태계보전협력금 등 각종 부담금의 부과 근거가 되며, 이 부담금들이 기존 지목이 대지인 토지에는 부과되지 않는다는 점이 확인되어 대지차감률을 적용하지 않은 것이 정당하다고 보았습니다. 마지막으로 세법상 가산세 법리는 납세의무자가 정당한 이유 없이 법정 의무를 위반한 경우 부과되는 행정상의 제재로서, 단순한 법률 오해 등은 정당한 사유로 인정되기 어렵다는 원칙이 적용되었습니다.

참고 사항

택지개발사업과 같은 대규모 사업에서 토지를 무상으로 귀속받는 경우, 해당 토지의 취득 시기는 공공시설의 종류와 토지의 세목을 관리청에 통지한 날로 간주되며, 이때의 공시된 시가표준액이 취득세 과세표준이 됩니다. 따라서 이러한 사항을 미리 인지하고 준비하는 것이 중요합니다. 지목변경 간주취득세는 토지의 지목 변경으로 인한 가치 증가분에 대해 부과되는데, 법인장부 등으로 지목 변경에 소요된 비용을 정확히 증명할 수 없는 경우에는 사업 전체의 준공일을 기준으로 한 단위면적당 원가가 합리적인 과세표준으로 인정될 수 있습니다. 또한 학교시설부담금, 지중화부담금, 폐기물처리부담금, 상수도시설부담금, 도로건설부담금 등 기반시설 관련 부담금은 택지조성 및 지목변경에 필수적으로 수반되는 비용으로 인정되어 과세표준에 포함될 수 있으니 주의해야 합니다. 농지보전부담금 등 특정 부담금은 기존 지목이 '대지'인 토지에는 부과되지 않으므로, 이러한 부담금 계산 시 '대지차감률'을 적용하지 않는 것이 타당합니다. 가산세는 단순한 법률의 부지나 오해만으로는 면제되기 어려우며, 과세관청과의 사전 협의가 있었다 하더라도 그것이 공적인 견해 표명에 해당하지 않는다면 가산세 부과의 정당한 사유로 인정받기 어려울 수 있습니다. 따라서 세금 관련 분쟁을 피하기 위해서는 사업 초기 단계부터 세무 전문가와 긴밀히 협의하여 정확한 세금 예측 및 회계 처리를 하는 것이 중요합니다.