세금 · 행정
미국 특허관리 전문기업 C의 특허권을 미국 유한책임회사인 원고 B회사가 재허여받고, 이를 다시 아일랜드 무한책임회사인 원고 A회사에 재허여했습니다. 원고 A회사는 한국 G 주식회사와 특허 사용권 계약을 맺고 47,156개의 특허 사용 대가로 176억 원이 넘는 사용료를 받았습니다. G회사는 이 사용료가 원고 B회사의 소득이라고 보고 26억 원 이상의 법인세를 원천징수하여 납부했습니다. 이에 원고 A회사는 한·아일랜드 조세조약에 따라 자신에게 과세될 수 없다며, 원고 B회사는 한·미 조세조약에 따라 국내원천소득이 아니므로 과세될 수 없다며 각각 세금 환급을 요청했으나 이천세무서장은 모두 거부했습니다. 법원은 원고 A회사의 청구는 기각하고, 원고 B회사의 청구 중 국내에 등록된 특허 사용료에 해당하는 47,644,691원 외의 부분을 취소하라는 판결을 내렸습니다.
미국 특허관리 전문기업 C가 보유한 특허권이 미국과 아일랜드에 설립된 회사(각각 원고 B와 원고 A)를 통해 한국 회사인 G 주식회사에 라이선스되었습니다. G 주식회사는 특허 사용료로 176억 원이 넘는 금액을 원고 A회사에 지급했고, 이 소득에 대해 26억 원 이상의 법인세를 원천징수했습니다. 한국 과세당국은 이 사용료의 실질적 수익자를 원고 A회사가 아닌 원고 B회사로 판단했습니다. 이에 원고 A회사와 원고 B회사 모두 자신들에게 과세될 수 없다며 법인세 환급을 청구했으나, 세무서에서 이를 거부하면서 법적 분쟁이 시작되었습니다. 분쟁의 핵심은 조세조약 적용을 위한 '수익적 소유자' 및 '미국 거주자' 판단, 그리고 '국내원천소득'의 범위였습니다.
이 사건의 주요 쟁점은 다음과 같습니다. 첫째, 아일랜드 법인인 원고 A회사가 특허 사용료 소득의 '수익적 소유자'에 해당하는지 여부, 즉 한·아일랜드 조세조약의 면세 조항을 적용받을 수 있는지 여부. 둘째, 미국 유한책임회사인 원고 B회사가 한·미 조세조약상 '미국의 거주자'에 해당하는지 여부. 셋째, 원고 B회사가 받은 특허 사용료가 '국내원천소득'에 해당하는지 여부, 특히 국내에 등록되지 않은 특허에 대한 사용료도 국내원천소득으로 보아야 하는지 여부.
법원은 피고 이천세무서장이 원고 B회사에 대해 한 2018 사업연도 법인세 2,646,927,300원의 경정거부처분 중 47,644,691원을 초과하는 부분을 취소했습니다. 원고 B회사의 나머지 청구와 원고 A회사의 청구는 모두 기각되었습니다. 소송비용은 원고 A회사와 피고 사이에 생긴 소송비용은 원고 A회사가, 원고 B회사와 피고 사이에 생긴 소송비용은 피고가 각각 부담하도록 했습니다.
법원은 원고 A회사의 경우, 특허 사용료 소득의 실질적 귀속자는 원고 B회사라고 보아 원고 A회사의 청구를 기각했습니다. 이는 원고 A회사가 형식상 거래 당사자에 불과하며 사용료 대부분을 원고 B회사에 이전해야 할 의무를 부담했을 뿐, 실질적인 지배·관리 능력이 없다고 판단했기 때문입니다. 반면 원고 B회사는 한·미 조세조약상 미국의 거주자에 해당한다고 판단했습니다. 그러나 특허 사용료가 국내원천소득에 해당하는지에 대해서는, 한·미 조세조약이 법인세법에 우선하여 적용되므로 특허권이 국내에 등록된 경우에만 국내원천소득으로 본다고 판단했습니다. 따라서 국내에 등록되지 않은 특허에 대한 사용료는 국내원천소득으로 볼 수 없으므로, 원고 B회사가 주장한 국내 등록 특허 사용료 317,631,276원에 해당하는 법인세 47,644,691원을 초과하는 부분의 과세처분은 위법하다고 보아 취소했습니다.
이 사건과 관련된 주요 법령 및 법리는 다음과 같습니다.
유사한 상황에 참고할 만한 내용은 다음과 같습니다.
