이중장부 작성 부부의 종합소득세 부과 취소 사건

원고 A와 B 부부는 여러 사업체를 운영하며 2014년 및 2015년 귀속 종합소득세를 신고 납부했습니다. 그러나 세무조사 과정에서 이중장부가 발견되어 매출 누락 및 이에 대응하는 매입 누락이 확인되었고, 이에 따라 피고 종로세무서장은 원고들에게 종합소득세를 추가 부과하고 여러 차례 경정 처분했습니다. 특히 매입처 C와 E에 대한 필요경비 인정액을 둘러싸고 이견이 발생하여 조세심판 청구가 있었고, 조세심판원은 재조사 결정을 내렸습니다. 피고는 재조사 후에도 당초 증액 처분을 유지했으나, 2차 조세심판 결과 원고 A의 일부 세액이 감액되었습니다. 원고들은 법원에 이 사건 증액처분이 조세심판원의 재조사 결정의 기속력에 위반되며, 필요경비 인정에 잘못이 있고, 중소기업 특별세액감면이 적용되어야 한다고 주장했습니다. 또한 원고 B는 과세예고통지된 금액을 초과하여 부과된 부분이 위법하다고 주장했습니다. 법원은 재조사 결정의 기속력 위반 및 필요경비 인정 오류, 중소기업 특별세액감면 주장은 받아들이지 않았습니다. 그러나 원고 B에 대한 부과처분 중 과세예고통지상의 예상 고지세액을 100만 원 이상 초과하는 부분은 재차 과세예고통지 없이 이루어져 위법하다고 판단했습니다. 이에 따라 법원은 원고 B에게 부과된 2014년 귀속 종합소득세 중 12,731,186원(본세 12,731,186원)과 2015년 귀속 종합소득세 중 2,976,386원(본세 2,133,152원, 가산세 843,234원)을 초과하는 부분을 취소하고, 원고 A의 청구 및 원고 B의 나머지 청구는 모두 기각했습니다.

관련 당사자

• 원고 A (의류 도소매업 등을 영위하는 사업체 운영자, 부부 중 한 명)
• 원고 B (의류 도소매업 등을 영위하는 사업체 운영자, 부부 중 다른 한 명)
• 피고 종로세무서장 (원고들에게 종합소득세 부과 처분을 내린 세무 당국)
• 중부세무서장 (원고들에 대한 개인통합조사를 실시하고 과세자료를 통보한 세무 당국)
• 부천세무서장 (원고들의 매입처 C, E에 대한 조사를 통해 원고들의 필요경비 인정액을 조정한 세무 당국)
• 매입처 C (원고들의 사업체에 물품을 공급한 업체)
• 매입처 E (원고들의 사업체에 물품을 공급한 업체)

분쟁 상황

원고 A와 B 부부는 의류 도소매업 등 여러 사업체를 운영하며 2014년과 2015년 귀속 종합소득세를 신고 납부했습니다. 그러나 2018년 세무조사 과정에서 원고들이 매출 누락을 위해 이중장부를 작성한 사실이 드러났고, 세무 당국은 이를 근거로 누락된 매출액을 산정하고 종합소득세를 추가 부과했습니다. 이후 피고 종로세무서장은 매출 누락액에 대응하는 매입 누락액(필요경비) 인정액을 변경하는 등 여러 차례 세액을 경정 고지했습니다. 원고들은 특히 매입처 C와 E 관련 필요경비 인정액에 이의를 제기하며 조세심판을 청구했고, 조세심판원으로부터 필요경비 지급 여부 및 안분 비율에 대한 재조사 결정을 받았습니다. 그러나 피고는 재조사 후에도 증액된 세액을 유지했고, 원고들은 이에 불복하여 다시 조세심판을 청구했습니다. 2차 조세심판 결과 원고 A의 일부 세액이 감액되었으나, 원고들은 여전히 과세 처분이 위법하다고 주장하며 소송을 제기하기에 이르렀습니다.

핵심 쟁점

조세심판원의 재조사 결정에 따른 기속력 위반 여부 사업체 운영 관련 필요경비 인정 범위의 적정성 여부 중소기업 특별세액감면 적용 대상 여부 및 부정행위로 인한 과소신고 해당 여부 과세예고통지상의 예상 고지세액을 초과한 종합소득세 부과 처분의 위법성 여부

법원의 판단

피고가 원고 B에게 한 2014년 귀속 종합소득세 51,255,917원의 부과처분 중 본세 40,344,316원 중 27,613,130원을 초과하는 부분과 2015년 귀속 종합소득세 25,526,822원의 부과처분 중 본세 2,133,152원 및 가산세 843,234원을 초과하는 부분을 각 취소한다. 원고 A의 청구 및 원고 B의 나머지 청구는 각 기각한다.

결론

법원은 원고 A와 B 부부의 이중장부 작성으로 인한 세금 포탈에 대해 재조사 결정의 기속력 위반, 필요경비 인정의 적정성, 중소기업 특별세액감면 배제 등의 주장을 받아들이지 않았습니다. 그러나 원고 B에 대한 세금 부과 처분 중 과세예고통지 시 안내된 예상 고지세액을 100만 원 이상 초과하여 재차 통지 없이 부과된 부분은 절차상 위법하다고 보아 해당 초과 세액을 취소했습니다. 이는 원고 B의 부정행위가 인정되어 부과제척기간이 10년으로 연장되었으므로, 과세예고통지를 생략할 수 있는 예외 사유(제척기간 만료 3개월 이내)에 해당하지 않는다는 판단에 따른 것입니다. 결과적으로 원고 B는 일부 승소했으며 원고 A의 청구는 전부 기각되었습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건에서는 조세심판 결정의 기속력, 필요경비 입증 책임, 중소기업 특별세액감면 배제 요건, 과세예고통지 의무, 그리고 국세 부과제척기간 등 다양한 법리와 법규가 적용되었습니다.

1. 조세심판 결정의 기속력: 구 국세기본법 제81조, 제80조, 제65조 제1항 제3호는 조세심판원의 결정이 관계 행정청을 기속하며, 처분청은 결정의 취지에 따라 필요한 처분을 해야 한다고 명시합니다. 그러나 법원은 재조사 결정이 단순히 재조사를 명령하는 것이며, 재조사 과정에서 확인된 사실관계가 심판청구인의 주장과 다르거나 사실관계를 확인할 수 없는 경우 처분청이 당초 처분을 유지하더라도 기속력에 반하지 않는다고 보았습니다.
2. 필요경비 입증 책임: 종합소득세 신고 시 매출 누락이 확인되면, 납세의무자가 주장하는 추가 필요경비의 존재와 액수는 납세의무자 스스로 증명해야 합니다. 법원은 원고들이 제출한 증거만으로는 추가 필요경비가 발생했음을 인정하기 어렵다고 판단했습니다. (대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10695 판결 등 참조)
3. 중소기업 특별세액감면 배제: 구 조세특례제한법 제7조 제1항은 중소기업 특별세액감면을 규정하지만, 같은 법 제128조 제3항 및 시행령 제122조 제1항에 따라 소득세법 제80조 제2항에 따라 경정 처분하는 경우 '부정행위로 인한 과소신고금액'에 대해서는 감면이 적용되지 않습니다. 원고들의 이중장부 작성은 조세의 부과나 징수를 곤란하게 하는 '부정행위'에 해당하므로, 이로 인한 과소신고분 과세표준에 대해서는 감면을 배제하는 것이 정당하다고 판단되었습니다. (구 국세기본법 제47조의3 제2항 제1호, 구 국세기본법 시행령 제12조의2 제1항, 조세범처벌법 제3조 제6항 제1호 등 참조)
4. 과세예고통지 의무: 구 국세기본법 제81조의15 제1항 제3호는 고지하려는 세액이 100만 원 이상인 경우 납세자에게 미리 과세예고통지를 하도록 규정합니다. 따라서 예상 고지세액보다 실제 고지세액이 100만 원 이상 많다면, 특별한 사정이 없는 한 초과분에 대해 재차 과세예고통지를 해야 하며, 이를 생략하면 해당 초과 부과처분은 위법하게 됩니다.
5. 국세 부과제척기간: 구 국세기본법 제26조의2에 따르면 국세의 부과제척기간은 원칙적으로 5년이지만, 납세자가 이중장부 작성 등 '부정행위'로 국세를 포탈한 경우에는 10년으로 연장됩니다. 이 사건에서 원고 B의 부정행위가 인정되어 10년의 부과제척기간이 적용되었으므로, 과세처분 시점에 제척기간 만료까지 3개월 이상 남아있었기에 과세예고통지 생략 예외 사유에 해당하지 않는다고 판단되었습니다.

참고 사항

사업체를 운영할 때는 모든 거래 내역을 투명하고 정확하게 장부에 기록해야 합니다. 이중장부 작성과 같은 '부정행위'는 세법상 가산세 부과는 물론 중소기업 특별세액감면과 같은 세금 혜택을 받을 수 없게 만드는 주요 원인이 됩니다. 세무조사에서 매출 누락이 확인된 경우, 이에 대응하는 매입 누락(필요경비)이 있었다면 이를 명확하게 입증할 수 있는 객관적인 증빙 자료를 철저히 준비하고 보관해야 합니다. 내부적으로 작성된 지출결의서나 금고 입출 내역만으로는 충분한 증거가 되지 않을 수 있습니다. 과세관청으로부터 과세예고통지를 받은 후 실제 부과되는 세액이 통지된 예상 고지세액보다 100만 원 이상 크게 증가하는 경우, 과세관청은 다시 과세예고통지를 해야 합니다. 만약 재차 통지 없이 부과되었다면 해당 초과분은 절차상 위법한 처분이 될 수 있으므로 통지 내용과 실제 부과 세액을 꼼꼼히 비교해야 합니다. 부정행위로 인한 세금 포탈의 경우 국세 부과제척기간이 10년으로 길어지며, 이로 인해 과세예고통지 생략 사유(제척기간 만료 3개월 이내) 적용 여부가 달라질 수 있으니 이 점을 유의해야 합니다.