세금 · 행정
원고 A는 오랜 기간 소유했던 토지를 분할하여 주택 3채를 신축한 뒤 5년 이상 보유하다가 양도했습니다. 그는 신축 주택에 대한 양도소득세 감면 특례 규정을 적용하여 세금 환급을 요청했지만, 세무서는 주택 신축 이후의 양도소득금액만 감면 대상이라고 보아 이를 거부했습니다. 법원은 해당 특례 규정의 입법 취지와 관련 법령의 해석을 종합할 때, 신축 주택 취득일로부터 5년이 지난 후 양도하는 경우에도 주택 신축 이전의 토지 가치 상승분을 포함한 '전체 양도소득금액'을 기준으로 감면액을 계산해야 한다고 판단하여, 세무서의 거부 처분을 취소했습니다.
원고 A는 1986년 1월 24일 용인시 수지구의 토지를 취득했습니다. 이 토지는 2010년 2월 16일 여러 필지로 분할되었고, 같은 해 2월 18일 일부 토지의 지목이 '대'와 '도로'로 변경되었습니다. 원고는 2009년 12월 29일 특정 토지 위에 주택 신축 허가를 받아 2010년 1월 6일 착공 신고 후 주택 3채를 신축하여 2010년 2월 10일과 2월 11일 사용승인을 받았습니다. 2015년 4월 16일, 원고는 신축 주택과 그 부속 토지를 총 2,692,000,000원에 양도하고, 2015년 6월 30일 피고에게 구 조세특례제한법 제98조의3에 따른 감면을 적용하여 양도소득세 542,452,351원을 신고했습니다. 이때 원고는 감면되는 양도소득금액을 232,963,190원으로 계산했습니다. 이후 원고는 감면 산식의 '취득 당시'가 모두 '신축주택의 취득일'을 의미하고, '신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가'와 '양도 당시의 기준시가'가 동일하다는 점을 근거로, 감면되는 양도소득금액이 1,611,695,878원이라고 주장하며 2016년 5월 2일 피고에게 양도소득세 522,389,521원의 환급을 구하는 경정청구를 했습니다. 그러나 피고 강남세무서장은 2016년 11월 24일, 감면 특례 규정이 주택의 취득 이후 양도소득금액만을 대상으로 하며, 토지 취득일부터 주택 취득 전까지 발생한 양도소득금액은 감면 대상이 아니라는 이유로 원고의 경정청구를 거부했습니다. 이에 원고는 불복하여 소송을 제기했습니다. 피고는 또한 원고가 조세회피 목적으로 형식적으로 주택을 신축한 것이라고 주장했습니다.
신축 주택을 취득한 날부터 5년이 지나 양도하는 경우, 양도소득세 감면액을 계산할 때 감면 대상 양도소득금액에 주택 신축 이전의 토지 가치 상승분이 포함되는지 여부 및 관련 특례 규정의 해석
피고 강남세무서장이 원고에게 내린 2015년 귀속 양도소득세 522,389,521원에 대한 경정청구 거부 처분을 취소한다.
법원은 원고 A의 주장을 받아들여 피고 강남세무서장의 경정청구 거부 처분이 위법하다고 판단했습니다. 따라서 원고는 자신이 주장한 감면 금액에 따라 양도소득세를 환급받을 수 있게 되었습니다.
이 사건은 주로 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것) 제98조의3(신축주택 등에 대한 양도소득세의 감면) 및 그 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것) 제98조의3 제3항, 제40조 제1항의 해석에 관한 것입니다.
1. 구 조세특례제한법 제98조의3 제1항 및 제2항 (신축주택 등에 대한 양도소득세의 감면 특례) 이 규정은 특정 기간(2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지) 중에 미분양주택 또는 자기가 건설한 신축주택을 취득하여 양도할 때 양도소득세를 감면해주는 특례입니다.
5년 이내 양도 시: 양도소득세 전액(100%)을 감면합니다. 법원은 이 경우 감면 대상 양도소득의 발생 기산일을 별도로 명시하지 않았으므로, 주택의 신축과 거래를 장려하려는 입법 취지에 따라 토지 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득과 신축주택 취득일부터 양도일까지의 양도소득을 구분할 필요 없이 양도소득세 전액을 감면해야 한다고 해석했습니다.
5년 경과 후 양도 시: 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상 소득금액에서 제외합니다. 이 사건의 핵심 쟁점은 바로 이 '신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액'의 범위였습니다.
제2항 단서: '도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 취득하는 주택' 등은 이 특례 적용 대상에서 제외됩니다. 법원은 이 단서 규정이 감면 대상 주택의 범위를 제한할 뿐, 감면대상 양도소득금액의 범위를 '신축주택 취득일 이후'로 한정하는 논거가 될 수 없다고 판단했습니다.
2. 구 조세특례제한법 시행령 제98조의3 제3항 및 제40조 제1항 (양도소득금액 산정 방식) 이 시행령은 법률에서 위임한 '신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액'의 구체적인 계산 방법을 정합니다. 핵심은 다음 산식입니다.
법원은 이 산식 중 '양도소득금액'을 신축주택 취득일 전의 토지의 양도소득을 포함한 '전체 양도소득금액'으로 보아야 한다고 해석했습니다. 그 이유는 다음과 같습니다.
3. 대법원 2014. 12. 11. 선고 2013두2273 판결의 취지 원용 이 사건 판결은 구 조세특례제한법 제99조의3(취득세 등 감면)과 관련된 대법원 선례의 취지를 인용했습니다. 해당 판례는 '신축주택의 취득일부터 5년 이내 양도의 경우 신축주택 취득일 전, 후의 양도소득을 구분할 필요 없이 신축주택의 양도에 따른 양도소득세 전액이 감면되어야 하고, 5년이 경과된 후의 양도의 경우 감면되는 '신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액'의 산정을 위한 시행령 제40조 제1항의 산식 중 '양도소득금액'도 신축주택의 취득일 이후에 발생한 양도소득금액만이 아니라 '전체 양도소득금액'을 의미한다'고 판시했습니다. 이 법리는 이 사건 특례 규정 해석에도 동일하게 적용될 수 있다고 보았습니다.
신축 주택을 지어 양도할 계획이 있다면, 토지 취득 시점과 주택 신축 시점, 그리고 양도 시점 간의 기간에 따른 세법 적용을 면밀히 검토해야 합니다. 구 조세특례제한법 제98조의3과 같은 특례 규정은 건설 경기 활성화 등 특정 정책 목표를 위해 한시적으로 도입되는 경우가 많으므로, 관련 법규의 적용 시기와 조건을 정확히 확인해야 합니다. 이 판결은 신축 주택 취득 후 5년이 지나 양도하는 경우의 감면 대상 양도소득금액 산정 시, 주택 신축 이전의 토지 가치 상승분까지 포함한 '전체 양도소득금액'을 기준으로 해야 함을 명확히 했습니다. 따라서 유사한 상황에서는 전체 양도소득을 기준으로 감면액을 계산할 수 있는지 검토해야 합니다. 다만, 주택을 형식적으로만 신축하여 조세 회피를 시도한다고 판단될 경우 감면이 배제될 수 있으므로, 실제 주거 또는 임대 등 주택으로서의 사용 실체가 중요합니다. 이 사건에서는 원고가 주택을 5년 이상 보유하며 임대하는 등 실질적으로 사용한 점이 인정되어 조세 회피 목적으로 보기 어렵다고 판단되었습니다. 기준시가 변동 추이가 감면 금액 산정에 중요하게 작용하므로, 관련 기준시가 정보를 확인하는 것이 필요합니다. 특히, 이 사건처럼 '신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가'와 '양도 당시의 기준시가'가 동일한 경우, '전체 양도소득금액'이 감면 대상이 될 수 있습니다.
