홈쇼핑 건강보조식품 판매자의 세금 부과 취소 사건

건강보조식품을 수입하여 판매하던 사업자가 세무조사에서 매출 누락으로 지목된 재고 부족분 및 매출 차이분 때문에 종합소득세와 부가가치세를 부과받았습니다. 사업자는 재고 관리 및 매출 명세서 작성 과정에서의 문제였을 뿐 실제 매출 누락이 아니라고 주장했고 법원은 과세관청이 매출 누락을 입증하지 못했다고 판단하여 세금 부과 처분을 취소했습니다.

관련 당사자

• 원고 A: 일본에서 건강보조식품을 수입하여 홈쇼핑 업체 D에 독점 공급하거나 자신이 대표로 있는 E 회사에 판매한 도매업자.
• 피고 양천세무서장, 구로세무서장: 원고 A에게 매출 누락을 이유로 종합소득세 및 부가가치세를 부과한 과세관청.
• 주식회사 D: 원고 A로부터 건강보조식품을 독점적으로 공급받아 판매하고 재고 관리를 담당한 홈쇼핑업체.
• 주식회사 E: 원고 A가 대표이사로 재직하며, 2005년 원고 A로부터 건강보조식품을 공급받은 회사.
• F: 원고 A의 물류 담당 직원으로, 세무조사 시 매출거래명세서를 소급 작성하는 과정에서 착오를 일으킨 인물.

분쟁 상황

원고는 1991년 9월 25일부터 화장품 및 건강보조식품 도매업을 영위했습니다. 2003년에서 2004년에는 일본으로부터 건강보조식품을 수입하여 홈쇼핑업체 주식회사 D에게 독점적으로 공급했으며 2005년에는 자신이 대표이사로 재직 중인 주식회사 E에 해당 물품을 공급했습니다.

2006년 서대문세무서장은 원고에 대한 개인제세통합조사를 실시하여 2004년 건강보조식품 재고 부족분 564,624,000원을 매출 누락액으로, 2005년 건강보조식품의 수입 수량과 E에 대한 매출 수량 간의 차이분 194,614,000원을 매출 누락액으로 산정하여 피고들에게 통보했습니다.

이에 따라 피고들은 2007년 3월 원고에게 종합소득세 2004년 귀속분 488,286,110원, 2005년 귀속분 84,874,160원, 부가가치세 2004년 제2기분 84,359,900원, 2005년 제1기분 22,704,880원, 2005년 제2기분 3,719,530원 등 약 7억 8천만원에 달하는 세금을 부과했습니다.

원고는 2004년 재고 부족분이 D 측의 반품 시음 관리 소홀로 인한 파손 멸실 등의 감모 손실이며 2005년 매출 차이분은 직원이 세금계산서에 맞춰 매출거래명세서를 소급 작성하다가 발생한 착오에 불과하다고 주장하며 이 사건 부과처분의 취소를 청구했습니다.

핵심 쟁점

과세관청이 주장하는 2004년 재고 부족분과 2005년 매출 차이분이 원고의 실질적인 매출 누락에 해당하는지 여부와 이러한 매출 누락 여부 및 과세표준에 대한 입증 책임이 누구에게 있는지 여부입니다.

법원의 판단

법원은 피고 양천세무서장이 2007년 3월 2일 원고에게 부과한 2004년 귀속분 종합소득세 488,286,110원, 2005년 귀속분 84,874,160원의 부과처분과 피고 구로세무서장이 2007년 3월 6일 원고에게 부과한 2004년 제2기분 부가가치세 84,359,900원, 2005년 제1기분 22,704,880원, 2005년 제2기분 3,719,530원의 부과처분을 모두 취소하고 소송비용은 피고들이 부담하도록 판결했습니다.

결론

법원은 소득세법상 매출 누락 여부나 부가가치세법상 재화 또는 용역의 공급 여부 및 그 과세표준인 공급가액 등에 대한 입증 책임은 원칙적으로 과세관청에 있다는 대법원 판례를 근거로 피고들의 부과처분을 위법하다고 판단했습니다.

2004년 과세연도 부과처분과 관련해서는 원고가 건강보조식품을 D에게만 독점적으로 공급했고 D에서 물품 보관 및 재고 관리를 담당한 점, 반품 시음 도난 폐기 훼손 등으로 인한 감모 손실도 발생할 수 있다는 점 등을 고려할 때, 단순히 재고 부족분이 발생했다는 이유만으로는 매출 누락으로 단정할 수 없으며 피고들이 매출처나 매출 수익에 대한 아무런 증거를 제시하지 못했다고 보았습니다.

2005년 과세연도 부과처분과 관련해서는 세무조사 당시 직원이 소급하여 작성한 매출거래명세서가 세금계산서의 금액에 맞춰 수입면장상 일부 제품을 착오로 누락한 것으로 보이므로, 형식상 발생한 매출 차이분을 원고의 실질적인 매출 누락액으로 볼 수 없다고 판단했습니다. 따라서 원고의 청구를 모두 받아들였습니다.

연관 법령 및 법리

본 판례는 세법상 과세요건인 매출 누락 또는 재화 용역 공급 여부 및 과세표준에 대한 입증 책임은 원칙적으로 과세관청에 있다는 법리를 명확히 하고 있습니다. 이는 단순히 장부상 계산된 재고 수량과 실제 재고 수량 사이에 차이가 발생한다는 사정만으로 그 입증 책임이 납세의무자에게 전환되지 않는다는 점을 강조한 것입니다.

이 사건에서 피고 양천세무서장은 소득세법 제19조(사업소득)​ 에 따라 종합소득세를, 피고 구로세무서장은 부가가치세법 제4조(과세대상)​ 및 제29조(과세표준)​ 에 따라 부가가치세를 부과했습니다. 하지만 법원은 과세관청이 재고 부족분이 어느 매출처에 판매되었는지 판매 수익이 얼마인지 등을 입증하지 못했으므로 부과처분이 위법하다고 판단했습니다.

또한 직원의 착오로 인해 소급 작성된 매출거래명세서의 형식적인 매출 차이분은 실질적인 매출 누락으로 볼 수 없다는 점은 실질과세의 원칙과도 연결될 수 있습니다. 세법은 형식적인 장부 기재보다 거래의 실질적인 내용을 중시해야 한다는 원칙을 포함하고 있으며 이는 국세기본법 제14조(실질과세)​ 에 명시되어 있습니다. 이 판결은 과세관청이 제시한 자료가 실질적인 매출 누락을 증명하기에 불충분할 경우 납세자에게 유리하게 작용할 수 있음을 보여줍니다.

참고 사항

사업자는 재고 관리 및 매출 증빙 자료를 철저히 보관하고 정확하게 기록해야 합니다 특히 독점 공급 계약이나 재고 관리 위탁 계약을 맺는 경우 계약 내용과 실제 재고 흐름을 일치시키는 것이 중요합니다. 세무조사 과정에서 과세관청의 자료 제출 요구 시에는 직원이 소급하여 불확실한 자료를 작성하기보다 실제 발생한 거래 내용을 기반으로 정확한 자료를 제출해야 합니다. 제품의 특성상 시음용 반품 손실 등이 빈번한 경우 이에 대한 내부 관리 규정을 마련하고 관련 증빙을 체계적으로 남겨두어 세무조사 시 소명 자료로 활용해야 합니다. 과세관청이 매출 누락을 주장할 때 해당 매출의 발생 여부 매출처 공급가액 등에 대한 입증 책임은 과세관청에 있으므로 납세자는 과세처분이 근거 없는 주장이라는 점을 적극적으로 소명하고 필요한 경우 법적 절차를 통해 부당한 과세처분에 대항할 수 있습니다. 독점 공급 계약 등 특수한 거래 관계에서 재고 손실이 발생할 경우 계약서에 해당 내용이 명시되어 있는지 확인하고 실제 운영 방식이 계약 내용과 일치하는지 점검해야 합니다.