농지전용 감면받은 토지 매수 후 용도 변경에 따른 부담금 부과 사건

이 사건은 농지보전부담금을 감면받아 농지를 전용한 토지를 매수하여 다른 목적으로 사용한 회사에 대해 지방자치단체가 농지보전부담금을 부과한 처분의 적법성을 다툰 사례입니다. 주식회사 B 등은 중소기업창업법에 따라 농지를 공장 부지로 전용하며 농지보전부담금 전액을 감면받았습니다. 이후 원고인 주식회사 A는 해당 토지와 건물을 매수하여 조명 등의 도소매업을 영위했습니다. 이에 피고 파주시장은 원고가 감면 대상이 아닌 업종으로 토지를 사용한 것을 근거로 약 1억 9천 9백만 원의 농지보전부담금을 부과했고 원고는 이 처분에 불복하여 소송을 제기했습니다. 제1심에서는 원고의 주장을 받아들였으나 항소심은 파주시장의 부담금 부과가 적법하다고 판단했습니다.

관련 당사자

• 원고(주식회사 A): 농지보전부담금 감면 대상 토지를 매수하여 다른 업종을 영위한 회사
• 피고(파주시장): 농지보전부담금 부과 처분을 내린 지방자치단체장
• 피고보조참가인(한국농어촌공사): 피고의 주장을 돕기 위해 소송에 참여한 기관
• 이전 토지 소유자(주식회사 B, 주식회사 F): 중소기업창업법에 따라 농지전용 승인을 받고 농지보전부담금을 전액 감면받았던 회사들

분쟁 상황

주식회사 B와 주식회사 F는 파주시 C리 D, E, G, H, I, J, K 토지를 제2종 근린생활시설(제조업)로 농지전용하면서 구 중소기업창업 지원법에 따라 농지보전부담금 199,000,280원을 전액 감면받았습니다. 이후 원고인 주식회사 A가 이들로부터 해당 토지와 건물을 매수하여 2021년 4월과 5월에 소유권이전등기를 마치고, 그 장소에서 조명 등의 도소매업을 영위했습니다. 이에 피고 파주시장은 2022년 7월 20일 원고에게 199,000,280원의 농지보전부담금을 부과하는 처분을 내렸습니다. 원고는 이 처분이 위법하다고 주장하며 경기도행정심판위원회에 행정심판을 청구했으나 2022년 10월 4일 기각되었고 이후 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

구 농지법 제40조 제1항이 다른 법률에 따라 농지전용 허가가 의제되는 협의를 거쳐 농지를 전용한 경우에도 적용되는지 여부와 농지보전부담금을 감면받은 토지를 제3자가 매수하여 당초의 목적과 다른 용도로 사용할 경우, 매수인에게 농지보전부담금 납부 의무가 있는지 여부입니다.

법원의 판단

항소심 법원은 제1심판결을 취소하고 원고의 청구를 기각했습니다. 이는 파주시장의 농지보전부담금 부과 처분이 적법하다고 판단한 것으로, 소송 총비용은 보조참가로 인한 부분을 포함하여 원고가 부담하도록 했습니다.

결론

법원은 농지보전부담금 감면 후 5년 이내에 토지 용도를 변경할 경우 감면받았던 부담금을 납부해야 하며 이는 토지를 매수한 새로운 소유자에게도 적용된다고 보았습니다. 따라서 파주시장이 주식회사 A에 대해 부과한 농지보전부담금 처분은 적법하다고 결론 내렸습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건에 적용된 주요 법령과 법리는 다음과 같습니다.

1. 구 농지법 제40조 (용도변경의 승인 등): 이 조항은 농지전용 목적사업에 사용되던 토지를 대통령령으로 정하는 기간(일반적으로 5년) 내에 다른 목적으로 사용하려는 경우 관할관청의 승인을 받도록 규정하고 있습니다. 특히 농지보전부담금의 감면 비율이 다른 시설의 부지로 용도를 변경하려는 경우에는, 감면 비율 축소로 인해 더 이상 감면을 받지 못하게 된 차액만큼 농지보전부담금을 납부해야 합니다. 이러한 규정은 감면 혜택을 받은 후 단기간 내에 다른 용도로 변경하여 탈법적으로 농지를 잠식하는 것을 방지하고, 당초 감면의 필요성이 없어진 경우 추가 부담금을 징수하려는 취지입니다.

2. 농지법 시행령 제59조 (용도변경의 승인 등): 이 시행령은 구 농지법 제40조 제1항의 '다른 목적으로 사용하려는 경우'의 구체적인 의미를 규정합니다. 여기에는 해당 시설의 용도를 변경하거나 농지전용 목적사업의 업종을 변경하여 농지보전부담금이 감면되지 않거나 감면 비율이 낮은 시설로 변경하려는 경우가 포함됩니다. 또한, 농지보전부담금의 납부 의무자를 '농지보전부담금의 감면비율이 다른 시설의 부지로 사용하려는 자'로 명시하여, 당초 감면받은 자뿐만 아니라 이후 토지를 취득하여 용도를 변경한 자에게도 납부 의무가 있음을 분명히 합니다.

3. 법 해석의 원칙: 법원은 법률을 해석할 때 법의 표준적인 의미에 충실하면서도 입법 취지와 목적, 법질서 전체와의 조화 등을 고려해야 한다고 강조합니다. 이 사건에서는 농지보전부담금 제도의 취지가 불법적인 농지 전용을 막고 감면의 필요성이 사라졌을 때 추가 부담금을 징수하는 데 있다는 점을 고려하여, 토지 매수인에게도 납부 의무가 있다고 해석했습니다.

4. 인·허가의제 제도의 취지: 인·허가의제 제도는 여러 인·허가 절차를 간소화하여 국민의 편의를 증진하기 위한 것이지만, 이는 개별 법률에서 정하는 인·허가 요건에 대한 심사를 배제하는 것은 아닙니다. 따라서 구 중소기업창업법과 같이 다른 법률에 따라 농지전용 허가가 의제되는 협의를 거쳐 농지를 전용한 경우에도 농지법상 허가 요건을 모두 충족해야 하며, 구 농지법 제34조 제1항에 따른 농지전용 허가와 법적 효과가 사실상 동일하게 취급됩니다. 2023년 개정된 농지법에서는 '다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의'를 농지전용허가 대상에 명확히 포함시켜 이러한 해석을 뒷받침하고 있습니다.

참고 사항

농지전용 허가를 받아 감면 혜택을 받은 토지의 경우, 5년 이내에 용도를 변경하거나 업종을 바꾸어 농지보전부담금 감면 대상에서 벗어나면 추가 부담금이 부과될 수 있습니다. 이러한 추가 부담금은 당초 감면받은 자뿐만 아니라 토지를 매수하여 용도를 변경한 새로운 사용자에게도 부과될 수 있으므로, 농지전용 이력이 있는 토지를 매수할 때는 기존 감면 조건과 용도 변경 가능성을 반드시 확인해야 합니다. 특히, 다른 법률에 따라 농지전용 허가가 의제되는 협의를 거쳐 농지를 전용한 경우에도 농지법 제40조의 용도 변경 제한 규정이 동일하게 적용될 수 있습니다. 토지의 매매 계약 시 농지보전부담금 감면 여부와 용도 변경 제한 사항을 명확히 고지하고, 향후 발생할 수 있는 부담금에 대한 책임 소재를 사전에 협의하는 것이 중요합니다.