세금 · 행정
주식회사 A는 동고양세무서장으로부터 법인세 및 부가가치세를 부과받았습니다. A사는 세무서의 매출 누락 금액 산정 방식과 누락 금액에 포함된 내용에 오류가 있다며 처분 취소를 청구했습니다. 법원은 세무서가 이미 감액·경정한 부분에 대한 취소 청구는 각하하고, 법인세 부과 처분은 세무서가 추계 조사의 요건을 갖추지 못했으므로 전부 취소했습니다. 하지만 부가가치세 부과 처분은 일부 매출 누락 금액 산정 오류가 인정되었음에도 세무서가 이미 감액 경정하여 정당세액 범위 내에 있으므로 취소할 사유가 없다고 판단하여 기각했습니다.
동고양세무서장은 2017년 4월 6일 주식회사 A에게 특정 과세 기간에 대한 법인세와 부가가치세를 부과했습니다. 주식회사 A는 이 과세 처분에 대해 소송을 제기하며 과세 금액이 부당하다고 주장했습니다. 주요 주장 내용은 세무서가 장부 및 증빙 서류를 제대로 조사하지 않고 추계 방식으로 소득을 결정한 점, 그리고 산정된 매출 누락 금액에 회사의 실제 매출과 무관한 직원 개인 계좌 입금액, 대체 거래, 대표이사 개인 자금, 매출 취소액 등이 포함되어 있다는 것이었습니다. 소송이 진행되는 동안 세무서장은 2022년 1월 11일 최초 과세 처분 중 일부 금액(법인세 부정과소신고 가산세 및 부가가치세 부당과소신고 가산세 등을 일반과소신고 가산세로 변경하여 감액)을 직권으로 감액·경정하는 처분을 고지했습니다. 이로 인해 소송은 감액 후 잔존하는 세액에 대해서만 다투게 되었습니다.
과세 당국이 납세자의 장부나 증빙 서류를 제대로 조사하지 않고 추계(추정) 방식으로 소득금액을 결정한 것이 적법한지 여부가 쟁점이었습니다. 또한 세무서가 산정한 매출 누락 금액에 실제 매출과 무관한 직원 개인 계좌 입금액, 대체 거래, 대표이사 개인 자금, 매출 취소액, 개인적인 금전 거래, 보증금 등 다양한 항목이 포함되어 있어 그 적법성을 다투는 것이 핵심 문제였습니다. 이미 과세 당국이 직권으로 감액·경정한 부분에 대해 다시 취소를 구할 법률상 이익이 있는지 여부도 쟁점이 되었습니다.
제1심 판결을 다음과 같이 변경했습니다. 이 사건 소송 중 피고인 동고양세무서장이 이미 직권으로 감액·경정하여 취소한 금액 범위 내의 청구 부분은 부적법하므로 모두 각하했습니다. 피고가 2017년 4월 6일 원고에게 부과한 법인세 부과처분 중 나머지 부분들은 취소했습니다. 그러나 원고의 나머지 청구(부가가치세 부과처분 취소 등)는 기각했습니다. 소송 총 비용은 3분하여 그 1은 원고가 부담하고, 나머지 2는 피고가 부담하도록 했습니다.
이 사건은 세무 당국의 과세 처분에 대해 납세자가 불복하여 진행된 소송으로 법원은 과세 처분 취소를 구하는 소송에서 이미 감액된 부분에 대한 재차 취소 청구는 인정하지 않는다는 점을 명확히 했습니다. 특히 법인세 부과처분은 세무 당국이 적절한 조사 없이 추계 방식으로 과세한 오류를 인정하여 취소되었습니다. 이는 실지조사가 가능한 상황에서 추계 과세는 위법하다는 법리를 따른 것입니다. 반면 부가가치세 부과처분은 일부 매출 누락 금액 산정의 오류는 인정되었으나 세무 당국이 소송 과정에서 스스로 감액 경정하여 정당세액 범위 내에 들어왔으므로 최종적으로는 취소되지 않았습니다.
이 사건에서는 다음과 같은 법령과 법리가 적용되었습니다. 첫째, 행정소송법 및 민사소송법 상의 절차 규정(항소심에서 1심 판결의 이유를 인용하거나 수정하여 사용하는 것)이 언급되었습니다. 둘째, 취소 소송의 법률상 이익에 대한 대법원 판례(대법원 2019. 3. 14. 선고 2018두319 판결 등)가 인용되었습니다. 이는 행정처분이 이미 효력을 상실하여 존재하지 않는 경우 그 취소를 구하는 소송은 법률상 이익이 없어 부적법하다는 원칙으로, 세무서가 직권 감액·경정한 부분에 대한 소송이 각하된 근거가 되었습니다. 셋째, 법인세법 및 부가가치세법상 소득금액 및 과세표준 결정 방법에 관한 법리가 적용되었습니다. 원칙적으로는 장부나 증명 서류에 근거한 실지조사 방법으로 결정해야 하며, 장부 등이 미비하거나 허위인 예외적인 경우에만 추계(추정) 방식으로 소득을 결정할 수 있습니다. 본 사건에서는 원고가 장부를 비치했음에도 과세 당국이 추계 방식으로 법인세를 부과한 것이 위법하다고 보았습니다. 넷째, 실지조사 방법의 객관성에 대한 대법원 판례(대법원 2004. 4. 27. 선고 2003두14284 판결 참조)가 적용되었습니다. 이는 납세의무자의 금융기관 계좌에 입금한 금액을 조사하는 방법으로 매출 누락 금액을 파악하는 것이 객관성이 있는 적법한 실지조사 방법으로 인정될 수 있다는 원칙으로, 부가가치세 부과 처분에서 차명계좌 등 금융거래 내역을 통한 매출 누락 산정의 적법성을 판단하는 데 활용되었습니다. 다섯째, 과세 처분 취소 소송에서의 입증 책임과 관련하여 통상 과세 요건 사실을 입증할 책임은 과세권자에게 있지만 경험칙에 비추어 과세 요건 사실을 추정할 수 있는 간접 사실이 밝혀지면 상대방이 이를 반증해야 한다는 법리가 적용되었습니다. 마지막으로 과세 처분 취소의 범위에 대한 대법원 판례(대법원 2006. 6. 15. 선고 2004두3823 판결 등)에 따라 과세 처분이 정당세액을 초과하는 경우에만 취소할 것이고, 과세표준 산출 과정에 잘못이 있더라도 부과된 세액이 정당세액의 범위를 넘지 않는다면 그 처분을 취소하지 않는다는 원칙이 적용되어 부가가치세 부과 처분 일부가 취소되지 않았습니다.
세무조사 시 모든 거래 내역을 상세히 기록한 장부와 증빙 서류를 철저히 비치하고 관리해야 합니다. 이는 과세 당국이 소득을 추계(추정) 방식으로 결정하는 것을 방지하는 중요한 증거가 됩니다. 매출 누락이 의심되는 경우 실제 매출과 무관한 개인 계좌 입금액이나 대체 거래, 개인 자금 사용 내역 등을 명확하게 구분하여 입증할 수 있는 자료를 준비해야 합니다. 이는 부당한 과세를 피하는 데 중요합니다. 과세 처분에 이의가 있다면 관련 법령과 사실관계를 면밀히 검토하여 구체적인 주장을 펼쳐야 합니다. 특히 과세 당국의 추계 과세가 요건을 갖추지 못했음을 입증하는 것이 중요합니다. 세무서가 직권으로 세액을 감액·경정하는 경우 해당 부분에 대한 취소 청구는 소송의 이익이 없으므로 소송 범위에서 제외될 수 있다는 점을 인지해야 합니다. 따라서 소송의 목적은 '남아있는' 부당한 과세 처분의 취소에 집중해야 합니다.
