복합매장 부가가치세 매입세액 공제 거부처분 취소 소송

과세사업과 면세사업을 겸영하는 A 주식회사가 임차 건물의 부가가치세 매입세액에 대해 과세·면세 면적 비율로 안분하여 공제받고자 하였으나 세무서장이 이를 거부하자 소송을 제기한 사건입니다. 회사는 임차 건물의 판매 영역과 임대 영역을 구분하여 매입세액의 실지귀속을 주장했으나, 법원은 건물의 임대료 산정 방식, 면적 가치평가, 과세·면세 상품의 복합적 판매, 임대 영역과 판매 영역의 구조적·운영상 밀접한 연관성 등을 고려할 때 매입세액의 실지귀속을 구분할 수 없어 공통매입세액에 해당한다고 보아 회사의 항소를 기각했습니다.

관련 당사자

• A 주식회사: 과세사업과 면세사업을 겸영하는 복합 매장 운영 회사이자 이 사건의 원고(항소인)
• 강서세무서장: A 주식회사에 대한 부가가치세 경정거부처분을 내린 피고(피항소인)

분쟁 상황

A 주식회사는 과세사업(예: 점포의 일부를 임대하는 사업)과 면세사업(예: 부가가치세 면제 대상 상품 판매)을 겸영하는 복합 매장을 운영하며, 임차 건물에 대해 지급한 차임에 따른 매입세액을 공제받고자 했습니다. 원고는 임차 건물의 판매 영역과 임대 영역을 구분하여, 판매 영역 내 면세사업에 사용되는 면적과 입점업체에 전대한 면적(과세사업에만 사용된 면적)을 명확하게 구분할 수 있으므로, 이 면적 비율에 따라 매입세액을 안분하여 공제해야 한다고 주장했습니다. 즉, 과세사업에 실지귀속되는 매입세액은 전액 공제하고, 면세사업에 실지귀속되는 매입세액은 불공제하며, 나머지 부분에 대해서만 공통매입세액 안분 기준을 적용해야 한다고 보았습니다. 그러나 강서세무서장은 이를 거부하는 경정거부처분을 내렸고, 이에 불복한 원고는 해당 처분 취소 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자가 임차 건물에 대한 매입세액을 공제받을 때, 특정 면적을 기준으로 과세사업과 면세사업에 대한 실지귀속을 구분하여 안분 계산할 수 있는지 여부가 쟁점이 되었습니다. 특히, 임차 건물의 임대료가 면적에 비례하는지, 그리고 과세·면세사업이 물리적·운영상 명확히 분리되는지가 핵심 판단 기준이었습니다.

법원의 판단

항소심 법원은 원고 A 주식회사의 항소를 기각하고, 제1심 판결이 정당하다고 판단했습니다. 이는 원고가 주장하는 방식(임차 건물의 전체 면적을 기준으로 단위 면적당 차임을 구하고 과세면적 및 면세면적을 곱하여 매입세액을 계산하는 방식)으로는 매입세액의 실지귀속을 구분할 수 없으며, 해당 매입세액이 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당한다고 본 것입니다. 따라서 피고 강서세무서장의 경정거부처분은 정당하다고 판시했습니다.

결론

원고 A 주식회사의 항소는 이유 없으므로 기각하며, 항소 비용은 원고가 부담합니다.

연관 법령 및 법리

이 사건은 「부가가치세법」상 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 매입세액 공제 방법을 다루고 있습니다.

1. 부가가치세법 제37조 (매출세액)​: 사업자가 납부해야 할 부가가치세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 규정하여, 사업 관련 매입세액 공제의 기본 원칙을 제시합니다.
2. 부가가치세법 제40조 (공통매입세액 안분 계산)​:
   • 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우, 면세사업에 관련된 매입세액은 공제되지 않습니다.
   • 매입세액은 '실지귀속'에 따라 계산하는 것이 원칙입니다. 즉, 매입세액이 어느 사업에 직접 사용되었는지 명확히 구분할 수 있다면 그에 따라 처리합니다.
   • 그러나 과세사업과 면세사업에 '공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액'(공통매입세액)은 「부가가치세법 시행령」이 정하는 방식에 따라 안분하여 계산해야 합니다.
   • '실지귀속을 구분할 수 없는 때'의 판단 기준: 대법원 판례(대법원 1987. 6. 9. 선고 86누251 판결 등)에 따르면, 매입 재화의 공통 사용 당시뿐만 아니라 재화 매입 당시도 고려해야 하며, 면세 재화의 구입, 관리, 제조, 가공 과정의 투입, 제품 공정, 제품 생산 관리 등 제반 실태를 종합적으로 고려하여 구분 가능 여부를 결정해야 합니다. 사용량을 구분할 수 없거나 사용량은 구분 가능하더라도 그 사용량의 공급가액을 알 수 없는 경우에도 실지귀속을 구분할 수 없다고 봅니다. 본 판례에서는 원고가 임차 건물의 매입세액에 대해 특정 면적 비율로 실지귀속을 주장했으나, 법원은 다음과 같은 사정을 종합하여 원고의 주장을 받아들이지 않았습니다.
   • 원고가 건물 전체를 하나의 계약으로 임차하여 하나의 점포로 활용하며 임대료가 면적에 비례하여 산정되었다고 보기 어렵습니다.
   • 건물의 각 층수, 위치, 출입구 접근성 등이 임대 부분의 가치 평가에 영향을 미치므로, 임대료가 전용면적에 반드시 비례한다고 볼 수 없습니다.
   • 판매 영역에서 과세·면세 상품이 단일 경영 체제하에 종합적으로 판매되고 하나의 계산대에서 처리되는 등 일체로서 운용된다고 보는 것이 자연스럽습니다.
   • 임대 영역(전대 공간) 또한 주된 사업(판매)과 구조적·운영상 밀접하게 연결되어 독립적이라고 보기 어렵습니다. 즉, 임대사업이 판매사업의 고객 유인 등 전체 사업 운영과 무관하지 않다고 보았습니다. 따라서 이 사건 매입세액은 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당하며, 원고의 청구는 이유 없다고 판단되었습니다.

참고 사항

과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자는 임차료 등 공통 매입세액을 공제받을 때 다음 사항에 유의해야 합니다.

1. 매입세액의 실지귀속을 명확히 구분하려면, 건물 임대차 계약 시 임대료가 면적 또는 사용 목적에 따라 구체적으로 어떻게 산정되었는지 명시하거나, 각 부분의 가치 평가를 객관적으로 입증할 수 있는 자료를 준비해야 합니다.
2. 하나의 건물을 임차하여 복합적으로 사용하는 경우, 단순히 면적 비율로 매입세액을 안분하는 방식은 건물의 층수, 위치, 출입구 접근성 등 임대 가치에 영향을 미치는 여러 요소를 고려할 때 불합리하다고 판단될 수 있습니다. 임대료가 전용면적의 넓이에 반드시 비례한다고 보기 어려운 경우가 많습니다.
3. 상품 판매 영역에서 과세대상과 면세대상 상품을 함께 진열하고 판매하며, 매대들이 장소적으로 인접하고 하나의 계산대에서 매매 및 계산이 이루어진다면, 해당 판매 공간 전체가 겸영 사업에 사용되는 것으로 간주될 가능성이 높습니다.
4. 건물 내 일부를 외부 업체에 전대하더라도, 전대된 임대 영역이 주된 사업(판매)과 구조적·운영상 밀접하게 연결되어 공용 시설(주차장, 통로, 화장실 등)을 함께 사용하는 경우, 해당 임대 영역이 독립적인 과세사업에만 전적으로 사용된다고 보기 어려울 수 있습니다.
5. 유사한 선행 판례를 인용할 경우, 현재 사안과의 구체적인 사실관계 및 쟁점의 차이를 명확히 확인해야 합니다. 단순히 유사한 유형의 판결이라 하여 동일한 결론이 보장되는 것은 아닙니다.