세금 · 행정
나노종합기술원(원고)은 나노장비를 활용하여 과세사업(장비 사용료)과 면세/비과세사업(정부수탁과제 등)을 겸영하는 기관입니다. 원고는 나노장비 취득 및 유지 관련 매입세액 전부를 공제하여 부가가치세를 신고해왔습니다. 북대전세무서장(피고)은 원고가 매입세액을 공통매입세액으로 안분계산하지 않아 과다 환급받았다고 보아, 정부출연금을 면세공급가액에 포함하여 매입세액을 재계산하고 2016년 1기부터 2020년 2기까지 부가가치세 총 4,656,682,230원을 경정·고지하였습니다. 이에 원고는 이 사건 매입세액이 실지귀속이 구분되므로 공통매입세액에 해당하지 않거나, 정부출연금은 면세공급가액에 포함되지 않아야 한다고 주장하며 부과처분 취소 소송을 제기했습니다.
원고는 나노기술 개발 촉진법에 따라 설립된 한국과학기술원의 부설 비영리 공익법인으로서, 정부출연금으로 나노장비를 취득하고 이를 민간기업 등에 제공하여 사용료를 받는 과세사업과 정부수탁과제 수행 등 면세/비과세사업을 동시에 운영하고 있습니다. 원고는 나노장비 취득 및 유지 관련 매입세액 전체를 과세사업 관련 매입세액으로 보아 공제하여 부가가치세를 신고했습니다. 그러나 피고는 해당 매입세액이 과세사업과 면세/비과세사업에 공통으로 사용되는 '공통매입세액'이므로, '과세·면세 겸영사업자의 공통매입세액 안분계산' 규정에 따라 안분 계산해야 하며, 이때 정부출연금을 면세공급가액에 포함해야 한다고 판단하여 부가가치세를 경정 고지 및 환급 거부 처분했습니다. 이에 원고는 자신들의 매입세액은 실제 사용량에 따라 구분이 가능하여 공통매입세액이 아니거나, 설령 공통매입세액이라 하더라도 정부출연금은 면세사업과 관련이 없어 안분 계산 시 면세공급가액에 포함되어서는 안 된다고 주장하며 이의를 제기했습니다.
법원은 원고의 주위적 청구(매입세액의 실지귀속 구분이 가능하므로 공통매입세액이 아니라는 주장)를 기각했습니다.
원고의 예비적 청구(정부출연금은 면세공급가액에서 제외되어야 한다는 주장)에 대해서는 일부 인용했습니다.
2018년 2월 13일 부가가치세법 시행령 개정 전 시점(2016년 1기분부터 2018년 1기분까지)에 대한 부가가치세 부과 처분 중 아래 금액을 초과하는 부분을 취소했습니다.
2018년 2월 13일 부가가치세법 시행령 개정 후 시점(2018년 2기분부터 2020년 2기분까지)에 대한 피고의 부과 처분 및 환급 거부 처분은 적법하다고 판단하여 원고의 나머지 예비적 청구는 기각했습니다. 즉, 이 시기부터는 정부출연금을 면세공급가액에 포함하여 안분 계산한 피고의 처분이 정당하다고 보았습니다.
소송비용은 원고가 70%, 피고가 30%를 부담하게 되었습니다.
법원은 원고가 나노장비 관련 매입세액의 실지귀속을 명확히 구분했다고 보기 어렵다고 판단하여, 이를 과세사업과 면세사업 등에 공통으로 사용되는 '공통매입세액'으로 보았습니다. 그러나 정부출연금의 면세공급가액 포함 여부에 대해서는 부가가치세법 시행령 개정 시점을 기준으로 달리 판단하여, 개정 전(2018년 1기분까지)에 대한 과세 처분 중 일부를 취소하고, 개정 후(2018년 2기분부터)에 대한 과세 처분은 적법하다고 판단하였습니다. 결과적으로 원고는 일부 기간에 대한 부가가치세 부과 처분을 취소받았으나, 전액 취소 주장은 받아들여지지 않았습니다.
