외국 특허권 사용료 법인세 환급 거부 처분 취소 사건

미국 기업이 국내에서 사용된 해외 등록 특허권에 대해 받은 대가가 국내원천소득에 해당하는지를 두고 세무서와 벌인 분쟁입니다. 삼성전자가 미국 기업에 특허 침해 합의금 명목으로 지급한 금액 중 해외 등록 특허권 관련 부분에 대해 미국 기업은 국내원천소득이 아니므로 원천징수된 법인세를 환급해달라고 요청했으나 세무서는 이를 거부했습니다. 대법원은 한미조세협약에 따라 특허권은 해당 국가에 등록되어야만 그 국가 내에서 사용료 소득이 발생한다고 보아, 해외 등록 특허권 사용 대가는 국내원천소득이 아니라고 판단했습니다.

관련 당사자

• 세미컨닥터 컴퍼넌츠 인더스트리즈 엘엘씨: 미국 법인으로, 삼성전자로부터 특허권 사용 대가를 받고 원천징수된 법인세 환급을 요구한 측입니다.
• 동수원세무서장: 미국 법인의 법인세 환급 요구를 거부한 행정기관으로, 이 사건의 피고입니다.
• 삼성전자 주식회사 및 그 미국 내 4개 현지법인: 원고 측과 특허침해소송 및 화해계약을 체결하고, 원고에게 화해 대가를 지급한 기업입니다.

분쟁 상황

삼성전자와 미국법인인 세미컨닥터 컴퍼넌츠 인더스트리즈 엘엘씨가 특허 침해 소송을 진행하다가 화해 계약을 체결했습니다. 이 계약에 따라 삼성전자는 미국법인에게 1,400만 달러(당시 한화 약 21,634,200,000원)를 화해 대가로 지급하면서, 그중 15%인 210만 달러(당시 한화 약 3,245,130,000원)를 법인세로 원천징수하여 동수원세무서에 납부했습니다. 하지만 미국법인은 화해 대가 중 국내에 등록되지 않고 해외에서만 등록된 특허권의 사용 대가(당시 한화 약 21,374,589,600원)는 국내원천소득이 아니므로 원천징수된 법인세를 환급해달라고 경정청구를 했습니다. 동수원세무서장은 2010년 1월 28일 이를 거부했고, 이에 미국법인이 거부 처분의 취소를 구하는 소송을 제기하여 분쟁이 시작되었습니다.

핵심 쟁점

국외에 등록된 특허권이 국내에서 사용되었을 때 그 대가를 국내원천소득으로 보아 법인세를 과세할 수 있는지 여부와 국내 법인세법과 한미조세협약 간의 우선 적용 문제입니다.

법원의 판단

대법원은 피고(동수원세무서장)의 상고를 기각하고 원심의 판단이 결과적으로 정당하다고 보아, 원고(세미컨닥터 컴퍼넌츠 인더스트리즈 엘엘씨)의 손을 들어주었습니다. 이에 따라 피고가 상고비용을 부담하게 되었습니다.

결론

대법원은 한미조세협약이 국내 법인세법에 우선 적용된다는 원칙에 따라, 특허권의 속지주의(영토 내에서만 효력) 원칙을 강조했습니다. 특허권이 국외에서만 등록되었고 국내에는 등록되지 않았다면, 비록 국내에서 실제로 제조나 판매 등에 사용되었더라도 그 사용 대가는 국내원천소득으로 볼 수 없다고 최종적으로 판단했습니다. 따라서 세무서가 미국 기업의 법인세 환급을 거부한 처분은 위법하다고 결론 내렸습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건에서 중요한 법리는 크게 세 가지로 나눌 수 있습니다.

1. 법인세법상 국내원천소득의 정의: 법인세법 제93조 제9호는 외국법인의 국내원천소득을 구분하면서, '국외에서 등록되었으나 국내에서 제조·판매 등에 사용된 특허권 등'의 대가를 국내원천소득으로 보도록 규정하고 있었습니다. 이는 특허권이 실제 국내에서 경제적 이익을 창출하는 데 사용되었다면, 등록지와 무관하게 국내원천소득으로 보려는 국내 법의 입장입니다.
2. 조세조약 우선 적용 원칙: 하지만 「국제조세조정에 관한 법률」 제28조는 비거주자나 외국법인의 국내원천소득 구분에 있어서 국내법(소득세법 및 법인세법)에도 불구하고 '조세조약이 우선하여 적용된다'는 중요한 원칙을 명시하고 있습니다. 이는 국내법과 조세조약의 내용이 상충할 경우 조세조약이 더 큰 효력을 갖는다는 의미입니다.
3. 한미조세협약에 따른 특허권 사용료의 원천: 「대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약」(이하 '한미조세협약') 제6조 제3항 및 제14조 제4항은 특허권의 '사용료'를 해당 '체약국(국가) 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만' 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급한다고 규정합니다. 대법원은 이 조항을 특허권의 '속지주의' 원칙과 연결하여 해석했습니다. 즉, 특허권은 등록된 국가의 영역 내에서만 효력이 미치므로, 국내에 등록되지 않은 특허권은 국내에서 법적으로 '사용'되거나 그 사용 대가를 지급받는 것을 관념할 수 없다는 것입니다. 따라서 특허권이 국내에 등록되어 있지 않다면, 설령 그 기술이 국내에서 제조·판매 등에 사실상 사용되었더라도 한미조세협약상 국내원천소득으로 볼 수 없다는 법리가 적용되었습니다.

참고 사항

국제 조세 문제에서는 국내 법률보다 조세 조약이 우선 적용될 수 있으므로, 관련 조세 조약의 내용을 반드시 확인해야 합니다. 특허권과 같은 지식재산권 소득의 원천지 판단은 해당 특허권이 어느 국가에 등록되었는지 여부가 중요합니다. 단순히 국내에서 특허 기술이 사용되었다고 해서 그 대가가 국내원천소득이 되는 것은 아닙니다. 특히 특허권의 경우, 속지주의 원칙에 따라 특허권이 등록된 국가 내에서만 독점적인 권리 행사가 가능하며, 그에 따른 소득의 원천 또한 해당 등록국에 있다고 보는 것이 일반적입니다. 해외 기업과 지식재산권 사용 계약이나 화해 계약을 체결할 때는 지급 대가가 국내원천소득에 해당하는지 여부를 명확히 하고, 세무상 영향을 미리 고려해야 합니다.