메디슨의 특수관계자 거래와 해외 자회사 채권 관련 법인세 사건

이 사건은 주식회사 메디슨이 특수관계 법인에 회사채를 취득하고 해외 자회사에 대한 채권 회수를 지연하며, 학술연구단체에 기부금을 지급한 행위들이 법인세법상 '업무무관 가지급금' 또는 '부당행위계산 부인' 대상에 해당하는지, 그리고 기부금이 '지정기부금'으로 인정될 수 있는지를 다룬 법인세 부과처분 취소 소송입니다. 대법원은 해외 자회사에 대한 채권 회수 지연 부분에 대해서는 원심이 필요한 심리를 다하지 않았다며 파기환송 했으나, 나머지 쟁점들에 대해서는 원심의 판단이 정당하다고 보았습니다.

관련 당사자

• 주식회사 메디슨 (원고): 의료기기 제조 및 판매를 목적으로 하는 회사. 법인세 부과 처분을 받은 당사자.
• 홍천세무서장 (피고): 메디슨에 법인세 부과 처분을 내린 세무 당국.
• 소외 3 주식회사: 메디슨의 특수관계에 있는 회사로, 메디슨이 이 회사 발행의 회사채를 취득함.
• Medison America 등 해외 자회사들: 메디슨의 해외 매출을 담당하는 특수관계에 있는 회사들.
• 한국임상의학연구재단, 한국의학학술지원재단: 메디슨이 기부금을 지급한 정부 허가 학술연구단체.

분쟁 상황

주식회사 메디슨은 홍천세무서장으로부터 법인세 부과 처분을 받자 이에 불복하여 소송을 제기했습니다. 주요 쟁점은 세 가지였습니다. 첫째, 메디슨이 완전 자본잠식 상태였던 특수관계자 소외 3 주식회사가 발행한 회사채(제1, 2 회사채)를 취득한 행위가 업무와 관련 없이 자금을 대여한 '업무무관 가지급금'에 해당하고, 경제적 합리성을 결여한 '부당행위계산 부인' 대상인지 여부였습니다. 둘째, 메디슨이 해외 자회사들에 의료기기 등을 D/A 조건으로 수출하면서 발생한 D/A 연장이자 및 연체수수료를 해외 자회사들의 변제자력이 불충분한 상황에서 장기간 회수하지 않은 것이 '업무무관 가지급금'에 해당하며 '부당행위계산 부인' 대상인지 여부였습니다. 셋째, 메디슨이 한국임상의학연구재단과 한국의학학술지원재단에 기부한 금액이 법인세법상 '지정기부금'으로 인정되어 손금에 산입될 수 있는지 여부였습니다. 세무서 측은 재단들이 구체적인 학술연구활동을 하지 않았거나 기부금이 목적사업과 관련 없는 건물 매입에 사용되었다는 이유로 지정기부금으로 볼 수 없다고 주장했습니다.

핵심 쟁점

특수관계인 발행 회사채 취득대금이 '업무무관 가지급금' 및 '부당행위계산 부인' 대상에 해당하는지 여부, 해외 자회사에 대한 D/A 연장이자 및 연체수수료의 회수 지연이 '업무무관 가지급금' 및 '부당행위계산 부인' 대상에 해당하는지 여부, 학술연구단체에 대한 기부금이 '지정기부금'으로 인정될 수 있는지 여부 등이 쟁점이 되었습니다.

법원의 판단

대법원은 원심판결 중 원고(메디슨)가 해외 자회사들에 대한 D/A 연장이자 및 연체수수료 회수를 지연한 부분에 대해서는 부당행위계산부인 및 업무무관 가지급금에 관한 법리를 오해하고 필요한 심리를 다하지 않았다며 파기하고 다시 심리하도록 고등법원에 돌려보냈습니다. 반면, 원고가 특수관계 법인의 회사채를 취득한 행위가 업무무관 가지급금 및 부당행위계산 부인 대상이라는 원심의 판단과, 원고가 학술연구단체에 지급한 기부금이 지정기부금에 해당한다는 원심의 판단은 모두 정당하다고 보아 피고의 상고를 기각했습니다.

결론

이 사건의 대법원 판결로 인해, 주식회사 메디슨은 해외 자회사들에 대한 D/A 연장이자 및 연체수수료 회수 지연으로 인한 법인세 부과 처분 부분에 대해서는 다시 심리를 받게 되어 최종 결론이 미뤄졌습니다. 반면, 특수관계 법인의 회사채 취득으로 인한 법인세 부과 처분과 학술연구단체 기부금의 지정기부금 인정 여부는 대법원의 판단대로 확정되었습니다. 이는 특수관계인과의 거래에서 업무 관련성 및 경제적 합리성이 중요하며, 정부 허가 학술연구단체에 대한 기부금은 실제 연구 활동 개시 전이라도 지정기부금으로 인정될 수 있음을 보여줍니다.

연관 법령 및 법리

• 업무무관 가지급금 (법인세법 제28조 제1항 제4호 나목, 구 법인세법 시행령 제53조 제1항): 법인이 업무와 직접적인 관련 없이 특수관계인에게 자금을 대여하거나 그와 유사한 형태로 지급한 금액을 말합니다. 순수한 대여금뿐만 아니라 채권의 성질상 대여금에 준하는 것도 포함되며, 적정한 이자를 받았더라도 업무 관련성이 없으면 가지급금으로 봅니다. 이 경우, 해당 가지급금에 대한 차입금의 지급 이자는 법인세 계산 시 비용으로 인정되지 않습니다. 가지급금의 업무 관련성은 법인의 목적사업이나 영업내용을 기준으로 객관적으로 판단해야 합니다. 이 사건에서 메디슨이 완전 자본잠식 상태인 특수관계 법인의 회사채를 취득한 행위는 메디슨의 정상적인 수익사업으로 보기 어렵고, 원리금 회수 가능성이 낮았음에도 취득한 점 등을 들어 업무무관 가지급금으로 인정되었습니다.
• 부당행위계산 부인 (법인세법 제52조, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항): 법인이 특수관계자와의 거래에서 일반적인 경제인의 합리적인 방법이 아닌 비정상적인 거래를 통해 조세 부담을 부당하게 줄인 경우, 세무당국이 그 거래를 부인하고 법령에 따라 합리적인 소득이 있는 것으로 간주하여 세금을 다시 계산하는 제도입니다. 경제적 합리성이 없다는 판단은 건전한 사회 통념이나 상거래 관행에 비추어 비정상적인지 여부를 구체적으로 고려하여 이루어집니다. 비특수관계자 간의 거래 가격이나 당시의 특별한 사정도 함께 고려됩니다. 이 사건에서 메디슨이 완전 자본잠식 상태인 특수관계 법인의 회사채를 원리금 만기 상환 조건으로 취득한 행위는 경제적 합리성이 결여된 부당행위계산 부인 대상으로 판단되었습니다. 또한, 특수관계자에 대한 채권 회수를 정당한 사유 없이 지연하는 것도 부당행위계산 부인 대상이 될 수 있습니다.
• 지정기부금 (구 법인세법 제24조 제1항, 구 법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 다목): 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 학술연구단체 등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금은 법인세 계산 시 일정 한도 내에서 손금(비용)으로 인정되는 지정기부금에 해당합니다. 중요한 것은 해당 단체가 정부의 허가 또는 인가를 받은 학술연구단체인지 여부와 기부금이 단체의 고유목적사업을 위해 사용되는지 여부입니다. 단체가 실제 연구 활동을 시작하기 전이거나 기부금이 건물을 매입하는 등 간접적으로 목적사업에 사용되더라도 지정기부금으로 인정될 수 있습니다. 기부금을 받은 단체가 고유목적사업비로 실제로 사용한 부분에 한정하여 지정기부금이 되는 것은 아닙니다. 이 사건에서 메디슨이 한국임상의학연구재단과 한국의학학술지원재단에 기부한 금액은 이들 재단이 정부 허가 학술연구단체이고 목적사업에 부합하는 것으로 보아 지정기부금으로 인정되었습니다.

참고 사항

회사가 특수관계인과 거래를 하거나 기부를 하는 경우 다음과 같은 점들을 참고할 수 있습니다.

• 특수관계인과의 거래 시 주의: 특수관계에 있는 회사와의 자금 대여나 투자 등의 거래는 세무당국의 엄격한 심사를 받습니다. 거래의 경제적 합리성을 입증할 수 있도록 충분한 자료를 갖추고, 업무 관련성을 명확히 해야 합니다. 특히 상대방 회사가 자본잠식 상태이거나 채무 상환 능력이 현저히 낮은 경우에는 더욱 신중해야 합니다.
• 채권 회수 지연 관리: 특수관계인에 대한 채권 회수를 정당한 사유 없이 지연하는 경우, 해당 미회수 채권은 업무무관 가지급금으로 간주될 수 있으며, 이에 대한 인정 이자가 익금에 산입될 수 있습니다. 또한, 경제적 합리성이 결여되었다고 판단되면 부당행위계산부인 대상이 될 수 있으니 채권 회수 노력과 기록을 철저히 관리해야 합니다. 변제자력 부족 등 정당한 사유가 있다면 이를 입증할 자료를 갖추는 것이 중요합니다.
• 기부금의 지정기부금 인정 요건: 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 학술연구단체 등에 지출하는 기부금은 지정기부금으로 인정될 수 있습니다. 이때, 기부금을 받은 단체가 구체적인 학술연구활동을 개시하기 전이라도, 또는 기부금이 건물을 매입하는 등 간접적으로 목적사업에 사용되더라도 지정기부금으로 인정될 수 있습니다. 다만, 기부금이 해당 단체의 '고유목적사업비'로 사용될 것을 특정하여 지출하는 것이 좋습니다.