농업회사 현물출자 토지 고가 평가 및 비사업용 토지 세금 부과 사건

이 사건은 농업회사법인 A가 특수관계인 B로부터 토지를 현물출자 받는 과정에서 출자 가액을 시가보다 높게 산정하여 부당행위계산 부인 규정이 적용된 사안입니다. 또한 농업회사법인 A가 이 현물출자 토지를 단기간 내 여러 필지로 나누어 매도하자 세무 당국이 이를 비사업용 토지로 보아 추가 법인세를 부과했습니다. 법원은 현물출자 가액이 고가로 이루어졌으며, 소득처분은 배당소득으로 보는 것이 적법하다고 판단했습니다. 아울러 농업회사법인의 주된 사업이 농업이 아닌 부동산 매매업에 해당한다고 보아 양도 토지를 비사업용 토지로 인정, 세금 부과 처분이 정당하다고 판결했습니다.

관련 당사자

• 농업회사법인 A 유한회사 (원고 회사): 농산물 유통, 가공, 판매 등을 목적으로 설립된 법인으로, 특수관계인으로부터 토지를 현물출자 받았으며, 이후 이 토지를 매도하였습니다.
• B (원고 B): 원고 회사 대표자 C의 남편이자 원고 회사의 출자지분 100%를 소유한 특수관계인으로, 원고 회사에 토지를 현물출자했습니다.
• C: 원고 회사 대표자 겸 이사이자 원고 B의 아내입니다.
• 제주세무서장 (피고): 원고 회사와 원고 B에게 법인세 및 종합소득세를 부과한 과세관청입니다.

분쟁 상황

원고 농업회사법인 A는 2015년 6월 농산물 유통, 가공, 판매를 목적으로 설립되었고, 원고 B은 그 아내인 C(대표자)와 함께 회사 지분 100%를 소유한 특수관계인이었습니다. 원고 B은 2015년 6월 서귀포시의 3필지 토지를 원고 회사에 현물출자하면서 구 조세특례제한법에 따라 양도소득세 감면을 신청했습니다. 피고인 제주세무서장은 2017년 세무조사 후 이 사건 출자 토지의 감정가액을 시가로 보고, 원고들이 합의한 현물출자 가액 중 감정가액을 초과하는 836,242,500원을 부당행위계산으로 보아 손금산입(△유보)하고 원고 B의 양도가액에서 감액했습니다. 이와 동시에 피고는 2021년 8월 위 836,242,500원을 원고 B의 배당소득으로 처분하고, 원고 회사가 원천징수를 이행하지 않자 원천징수분 법인세를 부과했습니다. 또한 원고 B에게는 2016년 귀속 종합소득세 331,901,810원을 경정·고지했습니다. 한편 원고 회사는 현물출자 받은 토지 중 일부를 2016년 1월부터 5월 사이에 여러 사람에게 매도했습니다. 원고 회사는 이 토지들을 사업용 토지로 보아 추가 법인세를 신고하지 않았으나, 피고는 원고 회사가 농업을 주된 사업으로 하지 않는다고 판단, 해당 토지를 비사업용 토지로 보고 양도소득에 따른 법인세 200,507,443원 및 현물출자 부인액 관련 익금산입분 법인세 192,623,782원을 경정·고지했습니다. 원고들은 이에 불복하여 이의신청 및 심판청구를 제기했으나 기각되자, 소송을 제기하기에 이르렀습니다.

핵심 쟁점

1. 특수관계인 간의 토지 현물출자 시 출자 가액이 시가보다 높게 책정되어 부당행위계산 부인 규정이 적용될 수 있는지 여부
2. 부당행위계산 부인 시 시가 초과액을 '배당소득'으로 보아 소득세를 부과할 것인지, 아니면 '기타 사외유출'로 보아 증여세를 부과할 것인지 여부
3. 농업회사법인이 보유 및 양도한 토지를 '비사업용 토지'로 보아 추가 법인세를 부과한 처분이 정당한지 여부
4. 원천징수분 법인세 부과처분 취소 청구가 소득금액 변동통지에 대한 불복 기간이 지난 후 제기되어 적법한지 여부

법원의 판단

1. 원고 농업회사법인 A 유한회사의 소 중 2021년 11월 17일자 2016사업연도 원천징수분 법인세 126,259,240원의 부과처분 취소 청구는 각하한다.
2. 원고 B의 청구와 원고 농업회사법인 A 유한회사의 나머지 청구는 모두 기각한다.
3. 소송비용은 원고들이 부담한다.

결론

재판부는 원고 회사에 대한 원천징수분 법인세 부과처분 취소 청구는 소득금액변동통지에 대한 적절한 불복 절차를 거치지 않아 부적법하다고 보아 각하했습니다. 또한 현물출자 가액이 객관적인 시가보다 고가로 산정되었으며, 이는 법인세법상 부당행위계산 부인 대상이 되고, 초과액을 원고 B의 '배당소득'으로 처분한 것이 적법하다고 판단했습니다. 마지막으로 원고 회사의 주된 사업이 농업이 아닌 부동산 매매업이라고 보아 양도 토지를 '비사업용 토지'로 보고 추가 법인세를 부과한 처분 역시 적법하다고 보아 원고들의 청구를 모두 기각했습니다.

연관 법령 및 법리

1. 구 법인세법 제52조 (부당행위계산 부인): 내국법인의 행위나 소득금액 계산이 특수관계인과의 거래로 인해 법인의 조세 부담을 부당하게 감소시킨 경우, 과세관청이 법인의 행위나 소득금액 계산과 관계없이 소득금액을 다시 계산할 수 있습니다. 이때 기준이 되는 것은 '시가(時價)'입니다. 이 사건에서 법원은 원고 B이 원고 회사에 토지를 현물출자하면서 시가보다 높은 가액으로 출자한 행위가 이 규정에 해당한다고 보았습니다.
2. 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호 (부당행위계산 유형): 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입하거나 현물출자받은 경우를 부당행위계산의 한 유형으로 규정하고 있습니다. 원고 회사의 현물출자가 이에 해당한다고 판단되었습니다.
3. 구 법인세법 시행령 제89조 (시가의 산정): 시가가 불분명한 경우 감정평가법인의 감정가액(2개 이상이면 평균액)에 따르며, 감정가액도 없으면 상속세 및 증여세법상 평가액을 준용하도록 정하고 있습니다. 이 사건에서는 피고가 2개 감정평가법인의 감정가액을 산술평균하여 시가를 산정한 것이 적법하다고 인정되었습니다.
4. 구 법인세법 시행령 제106조 제1항 (소득처분): 법인의 익금에 산입한 금액이 사외로 유출된 경우 귀속자에 따라 배당, 상여, 기타 소득, 기타 사외유출 등으로 구분하여 소득처분을 하도록 규정합니다. 이 사건에서 원고들은 시가 초과액을 '기타 사외유출'로 보아 증여세를 과세해야 한다고 주장했으나, 법원은 구 법인세법 시행령 제106조 제1항 제3호 자.목의 개정 연혁과 문언을 엄격히 해석하여 제88조 제1항 제1호에 해당하는 고가 현물출자는 '배당소득'으로 처분하는 것이 적법하다고 판단했습니다.
5. 구 법인세법 제55조의2 제2항 제1호 가목 (비사업용 토지): 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 농지는 비사업용 토지에 해당하여 추가 법인세가 부과될 수 있습니다. 이 사건에서 법원은 원고 회사의 수입금액 분석 결과 농업 매출보다 토지 양도 이익이 훨씬 크고, 단기간에 다수의 토지를 매도한 점 등을 종합하여 원고 회사를 '농업을 주된 사업으로 하지 않는 법인'으로 보았고, 이 사건 양도 토지를 비사업용 토지로 인정했습니다.
6. 대법원 2012. 1. 26. 선고 2009두14439 판결 등 (항고소송 대상): 과세관청의 소득처분과 그에 따른 소득금액 변동통지는 원천징수의무자인 법인의 납세의무에 직접 영향을 미치는 행위로서 항고소송의 대상이 됩니다. 반면, 납세고지는 확정된 세액의 납부를 명하는 징수처분에 해당하므로, 선행 처분인 소득금액 변동통지에 하자가 있더라도 그 하자가 당연무효 사유에 해당하지 않는 한 후행 처분인 징수처분에서 이를 다툴 수 없다는 법리가 적용됩니다. 원고 회사의 원천징수분 법인세 부과처분 취소 청구가 각하된 이유가 여기에 있습니다.

참고 사항

1. 특수관계인 간 현물출자 시 시가 산정의 중요성: 법인이 특수관계인으로부터 자산을 현물출자 받을 때는 객관적이고 합리적인 시가에 따라야 합니다. 감정평가기관의 감정가액 등 객관적인 자료를 충분히 확보하여 시가와 출자 가액의 차이가 크지 않도록 주의해야 합니다. 시가보다 높은 가액으로 출자받을 경우, 부당행위계산 부인 규정이 적용되어 추가 세금이 부과될 수 있습니다.
2. 과세처분 불복 절차 및 시기: 과세관청의 소득금액 변동통지는 납세의무에 직접 영향을 미치는 항고소송의 대상이 됩니다. 따라서 소득금액 변동통지에 이의가 있다면, 통지서를 받은 날로부터 정해진 불복 기간 내에 소송을 제기하여 다투어야 합니다. 이 시기를 놓치면 추후 징수처분에 대한 소송에서 선행 처분(소득금액 변동통지)의 위법성을 다투기 어려울 수 있습니다.
3. 농업회사법인의 비사업용 토지 판단 기준: 농업회사법인이라 하더라도 토지 양도 시 '농업을 주된 사업으로 하지 않는 법인'으로 판단되면 해당 토지는 비사업용 토지가 되어 추가 법인세가 부과될 수 있습니다. 법인의 주된 사업 여부는 사업별 수입금액 규모, 토지 취득 및 보유 현황, 양도 규모와 횟수, 기간 등을 종합적으로 고려하여 판단됩니다. 단순히 농작물 재배 사실만으로는 충분하지 않으므로, 농업 관련 매출을 충분히 확보하고 부동산 매매가 부수적인 활동임을 증명할 수 있는 자료를 철저히 관리해야 합니다.
4. 소득처분 유형에 따른 세금 차이 이해: 부당행위계산 부인으로 인해 발생한 이익에 대한 소득처분은 '배당', '상여', '기타 사외유출' 등 여러 유형이 있으며, 각 유형에 따라 소득세 또는 증여세 부과 여부가 달라집니다. 특히 특수관계인 간 고가 매입 또는 현물출자 건에 대해서는 현행 법인세법 시행령상 '기타 사외유출'이 아닌 '배당' 등 소득처분으로 이어질 가능성이 높으므로, 이와 관련된 법규 해석과 판례 동향을 잘 이해하는 것이 중요합니다.