산업단지 내 토지 3년 내 미사용으로 인한 취득세 추징 사건

A 주식회사가 산업단지 내 토지를 취득하며 취득세 감면 혜택을 받았으나, 토지 취득일로부터 3년이 지나도록 산업용 건축물을 완공하여 직접 사용하지 않아 감면받았던 취득세 및 지방교육세가 추징되었습니다. A 주식회사는 인접 토지 매입 과정에서의 지연과 설계 변경 등이 건축 지연의 '정당한 사유'라고 주장하며 과세 처분 취소를 요구했으나, 법원은 이러한 사유가 '정당한 사유'로 인정될 수 없다고 판단하여 A 주식회사의 청구를 기각했습니다.

관련 당사자

• A 주식회사: 조미료 및 식품첨가물 제조업을 목적으로 하는 법인으로, 산업단지 토지 취득 후 취득세 감면을 받았으나 추징 처분을 받은 원고입니다.
• 포천시장: A 주식회사에 취득세 및 지방교육세 추징 처분을 내린 피고 행정기관입니다.
• B 주식회사: A 주식회사에게 최초 토지 및 인접 토지 매매를 제안한 회사입니다.

분쟁 상황

A 주식회사는 2017년 C산업단지 내 산업용지 4,625.8㎡를 취득하며 산업용 건축물 신축 목적으로 취득세 및 지방교육세를 감면받았습니다. 이후 2020년 1월에는 인접한 토지 7,152㎡를 추가 매입했습니다. 그러나 토지 취득일인 2018년 1월 11일로부터 3년이 경과한 시점까지 건축물의 사용승인을 받지 못했고, 이에 포천시장은 2023년 2월 8일 A 주식회사에 감면받았던 취득세 67,776,480원과 지방교육세 5,778,470원을 가산세 포함 총 73,554,950원으로 추징하는 처분을 내렸습니다. A 주식회사는 인접 토지 매입 과정에서의 조건 불성취와 재매입 제안, 행정기관의 입주계약 확인 지연, 그리고 통합 건축을 위한 설계 변경 등으로 건축이 늦어진 것은 '정당한 사유'에 해당하므로 추징 처분을 취소해달라고 주장하며 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

산업단지 내 토지 취득 후 3년 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 경우, 인접 토지 매입 추진, 설계 변경, 행정 절차 지연 등이 지방세특례제한법상 '정당한 사유'로 인정되어 감면된 취득세 추징을 면할 수 있는지 여부입니다.

법원의 판단

법원은 원고 A 주식회사의 청구를 기각하고, 소송비용은 원고가 부담하도록 판결했습니다. 이는 피고 포천시장이 A 주식회사에 내린 취득세 및 지방교육세 추징 처분이 정당하다는 것을 의미합니다.

결론

법원은 A 주식회사가 인접 토지 매입 가능성을 염두에 두었거나, 건축물의 부지 면적 변화에 따른 설계 변경 가능성 등을 고려한 것은 A 주식회사의 비용 효율성 및 경영 효율성을 극대화하기 위한 내부적 사정에 불과하다고 보았습니다. 또한, 행정기관의 입주계약 확인 통보 지연이나 건축물의 특성으로 인한 준비 기간 등도 A 주식회사가 예측할 수 있었던 주관적 사정으로 판단했습니다. 따라서 A 주식회사가 3년 내에 토지를 직접 사용하지 못한 것에 대한 '정당한 사유'가 있었다고 볼 수 없으므로, 취득세 감면 규정의 입법 취지(산업단지 내 조속한 기업 입주 촉진)와 조세 공평의 원칙에 비추어 볼 때 감면된 취득세 등을 추징하는 것이 정당하다고 결론 내렸습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건과 관련하여 적용되는 주요 법령 및 법리는 다음과 같습니다.

1. 구 지방세특례제한법 제78조 제4항 및 제5항: 산업단지에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 부동산을 취득하는 경우 취득세 감면 혜택을 받을 수 있습니다. 그러나 '정당한 사유 없이' 취득일로부터 3년 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 않으면 감면받은 취득세 등이 추징됩니다. 여기서 '정당한 사유'는 행정관청의 금지·제한과 같은 외부적인 사유이거나, 내부적으로 사용을 위해 정상적인 노력을 했음에도 시간 부족 또는 기타 객관적인 사유로 인해 불가피하게 사용할 수 없는 경우를 의미합니다. 단순히 자금 사정이나 수익성 문제 등 경영상의 판단으로 사용을 포기한 경우는 포함되지 않습니다.
2. 구 지방세특례제한법 제2조 제1항 제8호의 '직접 사용' 개념: '직접 사용'은 부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 의미합니다. 산업용 건축물 등의 경우, 특별한 사정이 없는 한 건축물에 대한 사용승인을 받은 시점을 토지를 해당 용도로 직접 사용하는 시점으로 보아야 합니다. 건축물의 착공행위는 토지를 해당 용도로 직접 사용하는 행위라기보다는 이를 위한 준비행위에 불과합니다.
3. 취득세 감면 규정의 입법 취지: 이 규정은 산업단지 내 기업의 조속한 입주를 촉진하고, 공장 운영과 영업 착수 등 산업 활동을 장려하려는 정책적 목적을 가지고 있습니다.
4. 정당한 사유 판단 기준: '정당한 사유'의 유무는 지방세 감면의 입법 취지를 충분히 고려하면서, 토지의 취득 목적, 해당 용도에 사용하는 데 걸리는 준비 기간, 법령상·사실상의 장애 사유 및 정도, 해당 법인의 진지한 노력 여부, 행정관청의 귀책사유 등을 종합적으로 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단됩니다.

참고 사항

산업단지 내 토지 취득 후 취득세 감면 혜택을 받은 경우, 다음과 같은 점들을 주의해야 합니다.

1. 3년 이내 '직접 사용' 의무: 법령에 명시된 3년 이내 '직접 사용' 의무를 철저히 이행해야 합니다. 일반적으로 '직접 사용'은 건축물의 사용승인을 받은 시점을 기준으로 판단됩니다.
2. '정당한 사유'의 범위: 경영상 판단(사업 확장, 비용 효율성, 부지 변경 등)으로 인한 건축 계획 변경이나 지연은 '정당한 사유'로 인정받기 어렵습니다. '정당한 사유'는 행정청의 사용 금지·제한과 같은 외부적이고 객관적인 사유이거나, 내부적으로 사용을 위해 정상적인 노력을 했음에도 불가피하게 사용할 수 없는 매우 제한적인 경우에만 해당합니다.
3. 사전 계획 수립의 중요성: 토지 취득 시 건축물의 특성, 예상 공사 기간, 필요한 행정 절차 등을 사전에 면밀히 검토하여 3년 이내 완공 및 사용승인이 가능하도록 상세한 계획을 수립해야 합니다.
4. 계획 변경 시 주의: 인접 토지 매입 등 사업 계획 변경의 가능성이 있더라도, 기존 토지의 3년 사용 의무를 이행하기 위한 노력을 지속해야 합니다. 잠재적인 계획 변경 자체가 현재 토지 사용 의무 지연의 '정당한 사유'가 될 수 없다는 점을 명심해야 합니다.
5. 행정 절차 지연: 행정기관과의 협의나 통보 지연이 있었다 하더라도, 이것만으로는 '직접 사용'을 방해하는 객관적인 사유로 인정되지 않을 수 있습니다.