용접봉 제조업체의 부가가치세 매입세액 공제 인정 판결

원고 주식회사 C는 여러 업체로부터 용접봉 제조 재료를 공급받고 세금계산서를 발급받아 부가가치세를 신고·납부하였습니다. 피고 이천세무서장은 이 세금계산서들이 '공급하는 사업자가 사실과 다르게 적힌 세금계산서'라고 보아 매입세액 공제를 부인하고 2012년 2기분부터 2014년 2기분까지의 부가가치세를 부과했습니다. 원고는 이에 불복하여 조세심판을 거쳐 행정소송을 제기했습니다. 법원은 K, L, M이 발급한 세금계산서는 사실과 다른 것으로 볼 증거가 부족하며, N이 발급한 세금계산서는 사실과 다르지만 원고가 그 사실을 알지 못했고 알지 못한 데 과실이 없다고 판단하여 관련 매입세액 공제를 인정했습니다. 다만 2014년 2기분 부가가치세 63,760원(가산세 포함) 부과처분은 소송 중 직권취소되어 소의 이익이 없다는 이유로 각하되었습니다.

관련 당사자

• 원고 주식회사 C: 은합금 용접봉, 동합금 용접봉 등을 제조하는 회사로, 부가가치세 부과처분 취소를 구한 당사자입니다.
• 피고 이천세무서장: 원고에게 부가가치세를 부과한 과세관청입니다.
• K, L, M, N 주식회사: 원고에게 용접봉 재료(지은, 밀베리, 동)를 공급하고 세금계산서를 발급한 업체들로, 이들 업체가 발급한 세금계산서의 진위 여부가 쟁점이 되었습니다.
• 조세심판원: 원고의 심판청구를 일부 인용하여 피고의 당초 부과처분을 일부 감액하도록 결정한 기관입니다.

분쟁 상황

주식회사 C는 용접봉 제조에 필요한 은, 동 스크랩 등의 원재료를 여러 거래처로부터 공급받고 세금계산서를 수취하여 부가가치세를 신고했습니다. 그런데 이천세무서장은 원고가 거래한 K, L, M, N 등의 업체가 실제 공급자가 아닌 이른바 '자료상'이거나 명의위장 사업자라고 판단했습니다. 세무서장은 이들 업체로부터 받은 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보아 원고의 매입세액 공제를 부인하고, 2012년 2기부터 2014년 2기까지 수억 원의 부가가치세를 추가로 부과했습니다. 원고는 실제 재화를 공급받았고 상대방 업체의 명의위장 사실을 알지 못했으며, 이를 알지 못한 데 과실이 없다고 주장하며 부과처분 취소 소송을 제기하여 부당한 과세처분에 맞섰습니다.

핵심 쟁점

이 사건 세금계산서(K, L, M, N 발급분)가 '공급하는 사업자가 사실과 다르게 적힌 세금계산서'에 해당하는지 여부와, 만약 해당한다면 원고가 명의위장 사실을 알지 못했고 이를 알지 못한 데에 과실이 없다고 볼 수 있는지 여부가 주요 쟁점이었습니다. 또한 소송 도중 직권취소된 2014년 2기분 부가가치세 63,760원 부과처분 취소 청구 부분의 적법성(소의 이익 유무)도 다루어졌습니다.

법원의 판단

법원은 2014년 2기분 부가가치세 63,760원(가산세 포함) 부과처분의 취소를 구하는 부분은 이미 직권취소되어 소의 이익이 없으므로 '각하'했습니다. 반면, 피고가 2017년 10월 2일 원고에게 한 2012년 2기분 부가가치세 63,960,980원(가산세 포함), 2013년 1기분 부가가치세 230,512,810원(가산세 포함), 2013년 2기분 부가가치세 53,697,720원(가산세 포함), 2014년 1기분 부가가치세 58,942,410원(가산세 포함)의 각 부과처분은 '취소'한다고 판결했습니다. 소송비용은 피고가 부담하도록 했습니다.

결론

법원은 피고 이천세무서장이 원고 주식회사 C에게 부과한 부가가치세 중 2014년 2기분 세액은 직권취소되어 소송의 대상이 되지 않는다고 판단하여 각하했습니다. 그러나 나머지 기간에 대한 부과처분은 K, L, M으로부터 받은 세금계산서가 사실과 다르다는 증명이 부족하고, N으로부터 받은 세금계산서는 비록 사실과 달랐으나 원고가 명의위장 사실을 알지 못했고 이를 알지 못한 데 과실이 없다고 보아 매입세액 공제를 인정하였습니다. 따라서 해당 부과처분들은 위법하므로 취소한다고 결론 내렸습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건은 주로 부가가치세법상 매입세액 공제 요건과 '사실과 다른 세금계산서'에 대한 법리를 다루었습니다. 구 부가가치세법 제32조 제1항은 사업자가 재화나 용역을 공급할 때 공급하는 사업자의 등록번호, 성명 또는 명칭 등 필수 기재사항을 적은 세금계산서를 발급해야 함을 규정합니다. 이는 거래의 투명성을 확보하고 부가가치세 과세의 중요한 기초 자료가 됩니다. 구 부가가치세법 제38조 제1항 제1호에 따르면, 사업자가 자신의 사업을 위해 공급받은 재화나 용역에 대한 부가가치세(매입세액)는 매출세액에서 공제받을 수 있습니다. 이는 이중과세를 방지하고 사업자의 세금 부담을 경감하기 위한 제도입니다. 하지만 부가가치세법 제39조 제1항 제2호는 발급받은 세금계산서에 필수 기재사항이 누락되었거나 '사실과 다르게 적힌 경우'에는 매입세액을 공제하지 않는다고 명시하고 있습니다. 여기서 '사실과 다르게 적힌 경우'란 실제 재화나 용역을 공급한 사업자와 세금계산서에 기재된 사업자가 다른 경우, 즉 명의위장 거래 등을 포함합니다. 이 경우 과세관청이 세금계산서가 사실과 다르다는 점을 증명할 책임이 있습니다. 또한, 법원은 대법원 판례(대법원 2013두6527 판결 등)​를 인용하여, 사업자가 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서를 받았더라도, 그 명의위장 사실을 알지 못했고 이를 알지 못한 데 과실이 없는 특별한 사정이 있다면 매입세액 공제를 받을 수 있다는 원칙을 적용했습니다. 이는 거래의 현실을 고려하여 선의의 사업자를 보호하기 위한 법리입니다. 이 사건에서는 조세특례제한법 제106조의9(구리 스크랩 등 부가가치세 매입자 납부 특례)​도 언급되었습니다. 2014년 1월 1일부터 시행된 이 제도는 구리 스크랩 등 특정 품목 거래 시 매입자가 부가가치세를 매출자에게 직접 지급하지 않고 전용계좌를 통해 지정 금융기관에 입금하면 금융기관이 이를 국가에 납부하도록 하는 제도입니다. 이 제도를 위반할 경우 매입세액 공제가 불가능합니다. 원고가 이 제도를 준수하여 전용계좌를 사용한 사실은 정상적인 거래임을 추정할 수 있는 사정으로 인정되었습니다. 끝으로, 행정소송의 '소의 이익' 원칙이 적용되어, 행정처분이 취소되면 그 처분은 효력을 상실하여 더 이상 존재하지 않으므로, 이미 소멸한 처분에 대해 취소를 구하는 소송은 소의 이익이 없어 부적법하다는 법리에 따라 2014년 2기분 부가가치세 부과처분 취소 청구 부분이 각하되었습니다.

참고 사항

세금계산서를 받을 때에는 상대방 사업자의 사업자등록증, 통장 사본, 신분증 사본 등 기본적인 정보를 확인하고 보관하는 것이 중요합니다. 시가보다 현저히 저렴하거나 비정상적인 거래 정황이 보일 경우, 실제 재화의 공급자와 세금계산서 발급자가 일치하는지, 사업장이 실재하는지 등을 추가로 확인하는 것이 안전합니다. 특히 구리 스크랩과 같이 '매입자 납부 특례제도'가 적용되는 품목을 거래할 때는 전용계좌 사용 등 관련 제도를 반드시 준수해야 합니다. 과세관청이 '사실과 다른 세금계산서'라고 주장할 경우, 실제 재화가 공급되었음을 증명할 수 있는 운송 관련 서류, 계량 확인서, 대금 지급 내역, 담당자의 진술서 등 객관적인 증거 자료를 확보하는 것이 중요합니다. 상대방이 명의위장 사업자라고 하더라도, 재화를 공급받은 자가 그 사실을 알지 못했고 알지 못한 데 과실이 없었다면 매입세액 공제를 받을 수 있으므로, 이 경우 자신의 선의·무과실을 입증할 수 있는 자료를 충분히 준비해야 합니다. 세무조사나 과세처분 시 담당 공무원의 판단 전제가 실제와 다를 경우, 적극적으로 사실 관계를 소명하고 증거를 제시하여 오판을 바로잡아야 합니다.