특정매입거래 세금 처리 기준 변경 후 발생한 가산세 감면 요구 사건

주식회사 A는 대리점 사업자 등에게 상품을 공급하고 대리점이 고객에게 판매하는 특정매입거래 방식을 사용했습니다. 2017 사업연도에는 상품 인도 시점을 기준으로 법인세를 신고했으나 2018년부터는 대리점이 고객에게 판매한 시점을 기준으로 신고했습니다. 이후 서울지방국세청의 안내에 따라 2017년 법인세에 대해 환급 청구를 하고 2018년 및 2019년 법인세에 대해서는 수정신고를 하면서 추가 납부세액에 대한 가산세 감면을 신청했습니다. 하지만 피고인 동대문세무서장, 서울특별시 성동구청장, 서울특별시 동대문구청장은 원고의 가산세 감면 신청을 모두 거부했고, 이에 원고는 이 거부처분을 취소해달라고 소송을 제기했습니다.

관련 당사자

• 주식회사 A: 의류 등 상품을 대리점 및 백화점에 공급하는 회사로, 특정매입거래의 손익귀속시점 해석에 따라 세금을 신고했으며, 가산세 감면을 신청했지만 거부당했습니다.
• 동대문세무서장, 서울특별시 성동구청장, 서울특별시 동대문구청장: 주식회사 A의 가산세 감면 신청을 거부한 세무 및 지방자치단체 기관입니다.

분쟁 상황

주식회사 A는 2017 사업연도 법인세 신고 시 기존 관행에 따라 상품 인도 시점을 손익귀속시기로 보아 '인도기준'을 적용했습니다. 그러나 2016년에 특정매입거래의 손익귀속시기를 대리점이 고객에게 상품을 판매한 시점으로 보는 '판매기준'을 명확히 하는 새로운 예규가 마련되었습니다. 원고는 이 예규를 2017년 신고 이후에 알게 되었고, 세무대리인의 조력을 받아 기존 '인도기준'을 유지하는 것이 타당하다고 판단했습니다. 하지만 국세청의 안내에 따라 뒤늦게 수정신고를 하면서 발생한 가산세에 대해, 세법해석상의 견해 대립, 뒤늦게 예규를 알게 된 점, 과세관청의 과거 세무조사 시 문제 제기가 없었던 점 등을 '정당한 사유'로 주장하며 가산세 감면을 요구했습니다. 이에 피고 세무서장과 구청장들은 가산세 감면을 거부했고, 원고는 이 거부 처분이 위법하다고 주장하며 취소 소송을 제기한 상황입니다.

핵심 쟁점

이 사건의 핵심 쟁점은 주식회사 A가 2017 사업연도에 법인세를 과소신고한 것에 대해 '정당한 사유'가 있어 가산세를 감면받을 수 있는지 여부였습니다. 이는 특정매입거래에서 상품 판매의 손익귀속시기를 해석하는 세법상의 새로운 예규와 관련된 법률적 해석의 차이에서 비롯되었습니다.

법원의 판단

법원은 원고인 주식회사 A의 피고들에 대한 청구를 모두 기각하고 소송비용은 원고가 부담하도록 판결했습니다. 즉, 원고가 가산세를 감면받을 만한 '정당한 사유'가 없다고 판단했습니다.

결론

법원은 주식회사 A가 2018년과 2019년에 법인세 및 법인지방소득세를 과소신고한 것이 2017년 사업연도에 '인도기준'을 적용했기 때문임을 인정했습니다. 그러나 법인세법 시행령 제68조 제1항 제1호 및 제4호에 따라 특정매입거래의 손익귀속시기에 대한 기존 해석례와 2016년에 마련된 새로운 예규를 종합적으로 고려했을 때, 원고가 주장하는 세법해석상의 견해 대립이나 법률 부지로 인한 '정당한 사유'가 있었다고 보기 어렵다고 판단했습니다. 특히 새로운 예규가 기존 해석을 완전히 뒤집기보다는 기준을 명확히 한 것으로 보았고, 원고가 세법해석을 알지 못했거나 전문가의 조력을 받았다는 사정만으로는 정당한 사유가 될 수 없다고 보았습니다. 또한 과세관청이 세법 위반 신고를 시정 지시하지 않았다고 해도 가산세 감면의 정당한 사유가 되지 않는다는 판례를 인용하여 원고의 주장을 기각했습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건은 세법상 '가산세'의 부과 요건과 '정당한 사유'의 범위에 대한 중요한 판례입니다.

• 법인세법 제40조 제1항은 내국법인의 각 사업연도 익금(수익)과 손금(비용)의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다고 규정하고 있습니다. 이는 법인의 수익과 비용을 언제 장부에 기록할 것인지에 대한 기본 원칙입니다.
• 법인세법 시행령 제68조 제1항은 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도를 구체적으로 정하고 있습니다. 특히 제1호는 '상품 등의 판매'의 경우 '그 상품 등을 인도한 날'을, 제4호는 '자산의 위탁매매'의 경우 '수탁자가 그 위탁자산을 매매한 날'을 귀속시기로 규정하고 있습니다. 이 사건에서는 특정매입거래를 '인도기준'으로 볼 것인지 '판매기준(위탁매매)'으로 볼 것인지에 대한 해석이 쟁점이 되었습니다.
• 가산세 감면의 '정당한 사유': 법원은 가산세가 납세의무자가 정당한 이유 없이 법정 의무를 위반했을 때 부과하는 행정적 제재라고 봅니다. 따라서 '세법 해석상 의의(疑意)로 인한 견해 대립' 등으로 납세의무자가 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 인정될 때만 가산세를 부과할 수 없는 '정당한 사유'가 됩니다. 그러나 법령을 알지 못했거나 착오가 있었던 것, 심지어 과세관청이 잘못된 신고를 받아들이고 시정 지시를 하지 않았던 것만으로는 '정당한 사유'로 인정되지 않는다는 것이 확립된 대법원 판례의 입장입니다. 즉, 납세의무자에게는 세법을 정확히 이해하고 준수할 책임이 있으며, '정당한 사유'의 존재에 대한 주장 및 증명 책임은 납세의무자에게 있습니다. 이 사건에서 법원은 기존 해석례가 완전히 뒤집힌 것이 아니라 새로운 예규로 인해 기준이 명확해진 것이며, 원고가 주장하는 사유들만으로는 가산세 감면의 정당한 사유로 볼 수 없다고 판단했습니다.

참고 사항

세법 해석에 혼란이 있을 수 있는 거래 유형을 다루는 경우,

1. 새로운 세법 해석이나 예규가 발표되면 그 내용을 즉시 확인하고 사업에 미치는 영향을 검토해야 합니다.
2. 세무 전문가의 조언을 구하는 것은 중요하지만, 공식적인 과세관청의 답변(예: 세법해석 사전답변 신청)을 받는 것이 법적 분쟁 시 '정당한 사유'를 입증하는 데 더 유리할 수 있습니다.
3. 과세관청이 과거에 특정 신고에 대해 문제를 제기하지 않았다고 해서, 나중에 그 신고가 세법에 위반된 것으로 밝혀질 경우 가산세 면제의 '정당한 사유'가 되는 것은 아닙니다.
4. 납세의무자는 법인세 신고 시 자신의 책임 하에 판단하여 신고하는 것이므로, 법령의 부지나 착오만으로는 가산세를 면제받기 어렵습니다.