회사의 지방소득세 환급 요구 거부 판결

과거 사업연도에 법인세 이월공제 대상 금액을 지출했음에도 불구하고 최저한세 미달로 공제받지 못했던 회사가, 이후 지방세법 개정으로 지방소득세 과세체계가 독립세 방식으로 변경되자, 이월된 법인세 공제 혜택이 개정 후 법인지방소득세에도 적용되어야 한다고 주장하며 환급을 청구했으나, 법원은 개정 지방세법의 경과규정은 구 법인세법상의 이월공제 규정을 포함하지 않으며, 납세자의 신뢰보호 원칙도 적용되기 어렵다고 판단하여 회사의 청구를 기각한 사건입니다.

관련 당사자

• 주식회사 A: 2011년부터 2013년까지 연구·인력개발비 등 법인세 세액공제 및 이월공제 대상 금액을 지출하였으나 공제받지 못하고 이월시킨 회사로, 이후 법인지방소득세 환급을 청구했습니다.
• 서울특별시 강남구청장 외 9개 지방자치단체장: 주식회사 A의 법인지방소득세 환급 청구를 거부한 행정기관들입니다.

분쟁 상황

원고인 주식회사 A는 2011년부터 2013년 사업연도 동안 구 조세특례제한법 및 구 법인세법에 따라 연구·인력개발비 지출과 외국법인세 납부로 인해 법인세 세액공제 또는 이월공제 대상 금액을 발생시켰습니다. 그러나 법인세 최저한세 규정에 미달하여 해당 금액들을 각 사업연도의 법인세에서 공제받지 못하고 이월시켰습니다. 2014년 1월 1일, 지방세법이 개정되면서 내국법인의 소득에 대한 지방세 과세체계가 '법인세액의 10%'를 부과하는 방식(부가세 방식)에서 '법인세 과세표준에 10%'를 적용하는 방식(독립세 방식)으로 변경되었습니다. 원고는 개정 이후인 2014년부터 2017년 사업연도의 법인세는 이월공제를 적용하여 신고·납부했지만, 법인지방소득세는 독립세 방식으로 변경되었기에 이월공제를 적용하지 않고 신고·납부했습니다. 이후 원고는 개정 지방세법 부칙 제15조의 경과규정을 근거로, 이월된 법인세 공제 혜택이 법인지방소득세에도 적용되어야 한다고 주장하며 2020년 4월과 5월에 당초 납부했던 법인지방소득세 일부의 환급을 청구했습니다. 그러나 피고인 지방자치단체들은 2020년 5월부터 6월 사이에 원고의 환급 청구를 거부하였고, 이에 원고는 법원에 이 거부 처분의 취소를 구하는 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

이 사건의 주요 쟁점은 다음과 같습니다. 첫째, 2014년 지방세법 개정 부칙 제15조에 규정된 '종전의 규정'에 과거 법인세법상의 이월공제 규정이 포함되는지 여부입니다. 둘째, 법인세의 이월공제 혜택이 지방세법 개정으로 독립세 방식으로 전환된 법인지방소득세에도 자동으로 적용될 수 있는지 여부입니다. 셋째, 지방세법 개정으로 인한 납세자의 신뢰가 법적으로 보호되어야 하는지에 대한 판단입니다.

법원의 판단

법원은 원고인 주식회사 A가 피고인 지방자치단체들을 상대로 제기한 법인지방소득세 경정거부처분 취소 청구를 모두 기각했습니다. 이에 따라 소송비용은 원고가 부담하게 되었습니다.

결론

법원은 다음과 같은 이유로 원고의 청구를 받아들이지 않았습니다. 첫째, 지방세법 경과규정에서 언급하는 '종전의 규정'은 개정된 지방세법의 본칙만을 의미한다고 보았습니다. 따라서 개정 대상이 아닌 구 법인세법의 이월공제 규정은 '종전의 규정'에 해당하지 않는다고 판단했습니다. 둘째, 구 법인세법의 이월공제 규정은 법인세에 대한 것이지, 지방소득세 법인세분에 대한 조세 감면을 직접 정한 규정이 아니므로 지방소득세에 그대로 적용될 수 없다고 보았습니다. 셋째, 납세자의 신뢰보호 원칙에 대해서는, 세법 개정 전 규정에서 장래의 한정된 기간 동안 비과세나 면제를 명시적으로 규정하지 않았다면, 단순한 기대에 불과하며 보호받아야 할 기득권으로 볼 수 없다고 판단하여 원고의 주장을 배척했습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건과 관련하여 논의된 주요 법령과 법리는 다음과 같습니다.

1. 구 조세특례제한법 (2014. 1. 1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제10조, 제24조, 제25조의3, 제144조 제1항 등: 연구·인력개발비 등에 대한 세액공제 및 이월공제에 관한 규정으로, 원고가 이월공제를 주장한 근거가 되는 법률입니다.
2. 구 법인세법 (2014. 12. 23. 법률 제12850호로 개정되기 전의 것) 제57조 제2항: 외국법인 세액공제 및 이월공제에 관한 규정으로, 원고가 이월공제를 주장한 또 다른 근거입니다.
3. 개정 지방세법 (2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정된 것) 부칙 제1조, 제2조 단서, 제15조: 지방세법의 시행 시기와 법인지방소득세의 적용 시기, 그리고 '이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다'는 경과규정(이 사건 경과규정)을 담고 있습니다. 법원은 이 경과규정에서의 '종전의 규정'이 개정 대상이 된 구 지방세법 본칙만을 가리킨다고 해석했습니다.
4. 납세의무자의 기득권 내지 신뢰 보호 원칙: 법원은 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효했던 종전 규정에서 장래의 비과세나 면제를 명시적으로 규정하고 있지 않은 경우, 납세자의 신뢰는 단순한 기대에 불과하며 기득권으로 보호받기 어렵다는 대법원의 판례(대법원 2001. 5. 29. 선고 98두13713 판결 등)를 적용하여 원고의 주장을 배척했습니다.
5. 구 지방세법 (개정 전) 제89조 제1항, 제94조 제1항: 지방소득세 법인세분의 산출방법을 규정한 조항들이지만, 법원은 이 규정들이 지방소득세 법인세분에 대한 조세 감면을 직접 명시한 것으로 보지 않았습니다.

참고 사항

세법이 개정될 경우, 특히 과세체계가 변경될 때는 다음과 같은 점들을 유의하여야 합니다. 첫째, 개정된 법령의 부칙에 있는 경과규정을 꼼꼼히 확인하고, 해당 규정에서 '종전의 규정'이 정확히 어떤 법규를 의미하는지 법률 전문가의 해석을 받는 것이 중요합니다. 둘째, 법인세와 지방소득세는 별개의 세목이므로, 한 세목의 감면이나 공제 혜택이 다른 세목에 자동으로 적용되지 않을 수 있다는 점을 인지해야 합니다. 셋째, 과거에 이월된 세액공제나 감면 혜택이 세법 체계 변경 후에도 동일하게 적용될 것이라는 기대는 법령에 명시적인 규정이 없는 한 법적으로 보호받기 어렵습니다. 따라서 세법 개정 시 예상되는 세금 부담 변화를 미리 파악하고 적절하게 대응하는 것이 중요합니다.