세금 · 행정
학교법인 A가 고양시로부터 학교 용지 및 도로 부지로 사용될 토지를 취득한 후, 고양시 일산동구청장이 이 토지에 대해 취득세, 지방교육세, 농어촌특별세 및 재산세 등을 부과하자 학교법인 A가 처분의 무효를 주장하며 소송을 제기한 사건입니다. 법원은 토지 중 공공 기여를 위한 도로 부지에 대한 과세는 무효로 판단했지만, 학교 설립 지연으로 견본주택으로 일시 사용된 학교 부지에 대한 과세는 학교법인의 교육사업과 직접 관련 없는 수익사업으로 보아 정당하다고 판단했습니다.
B 주식회사는 2010년 1월 26일 고양시와 도시관리계획 변경에 따른 공공 기여 방안 협약을 체결했으며, 이 사건 토지(12,626㎡)가 기부채납 공공용지 목록에 포함되었습니다. 이후 고양시는 2010년 2월 2일 이 사건 토지에 자율형 사립고등학교가 준공될 것을 전제로 지구단위계획을 '학교용지'로 변경했습니다. 학교법인 A는 B 주식회사로부터 이 토지를 증여받았는데, 증여 계약 시 이 사건 토지 중 도로 부분이 확정되는 경우 해당 부분을 고양시에 기부채납하기로 약정했습니다. 하지만 이 사건 추가협약에서 정한 사용승인일(2016년 9월 30일 무렵)까지 학교 설립 절차가 제대로 이행되지 않았고, B 주식회사는 학교 부지를 견본주택으로 사용하면서 학교법인 A에 사용료를 지급했습니다. 이에 고양시 일산동구청장은 학교법인 A에 취득세, 지방교육세, 농어촌특별세 및 재산세 등을 부과했고, 학교법인 A는 이 처분이 무효임을 주장하며 소송을 제기했습니다.
고양시 일산동구청장이 학교법인 A에게 한 취득세, 지방교육세, 농어촌특별세(각 가산세 포함) 부과처분 및 재산세, 지방교육세 부과처분 중 도로 부지에 대한 부분은 무효임을 확인한 제1심 판결을 유지하고, 학교 부지에 대한 부과처분은 유효하다고 판단하여 원고와 피고의 항소를 모두 기각했습니다. 따라서 항소 비용은 각자 부담합니다.
법원은 학교법인이 취득한 토지 중 공공 기여를 위해 기부채납될 것이 사실상 확정된 도로 부지에 대한 과세는 무효임을 인정했습니다. 그러나 학교 시설 설립이 지연되어 학교 부지를 견본주택으로 일시 사용한 것은 학교법인의 교육사업과 직접 관련이 없는 수익사업에 해당하므로, 해당 토지에 대한 취득세 및 재산세 부과 처분은 정당하다고 판단했습니다. 이는 학교법인 등 공익법인이 세금 면제를 받기 위해서는 취득 목적에 부합하는 직접적인 사용이 중요하며, 일시적이라도 수익사업에 활용될 경우 면제 요건을 충족하기 어렵다는 원칙을 확인한 것입니다.
