세무서의 법인세 결손금 정정 거부에 대한 행정소송 사건

원고 A 주식회사가 남동세무서장을 상대로 2013 사업연도 법인세 결손금 경정청구 및 2014 사업연도 법인세 경정청구에 대한 거부처분 취소를 구한 사건입니다. 주요 쟁점은 세무서의 결손금 감액경정 처분이 행정소송의 대상이 되는 행정처분인지 여부 그리고 해당 처분 통지가 적법했는지 여부였습니다. 1심 법원은 일부 원고 승소 판결을 내렸으나, 항소심에서 피고인 세무서장이 일부 처분을 직권으로 취소하면서 소송의 양상이 변동되었습니다. 항소심 법원은 직권 취소된 부분에 대한 원고의 소를 각하하고 나머지 청구는 기각하여, 결과적으로 원고의 항소를 기각하고 1심 판결 중 피고 패소 부분을 취소하여 각하했습니다.

관련 당사자

• 원고 A 주식회사: 2013년 및 2014년 사업연도 법인세 경정청구를 세무서에 제기했으나 거부당하자 이에 불복하여 소송을 제기한 회사
• 피고 남동세무서장: A 주식회사의 법인세 경정청구를 거부한 처분을 내린 세무 당국

분쟁 상황

A 주식회사는 2010년부터 2012년까지의 사업연도 법인세 신고 시 특정 대출 약정에 따른 이자를 손금으로 산입했습니다. 그러나 남동세무서장은 이자 차액을 손금불산입하여 2012년 사업연도의 법인세 결손금을 662,263,501원에서 1,869,950,292원의 소득으로 경정(결손금 전부 감액)하는 처분을 2013년 6월 17일 납세고지서와 함께 통지했습니다. A 주식회사는 이 납세고지서가 결손금 감액경정 처분임을 명확히 통지한 것이 아니므로 부적법하며, 이는 행정소송의 대상이 되는 처분이 아니라고 주장하며 2013년 및 2014년 사업연도 법인세 경정청구 거부처분의 취소를 구했습니다. 세무서 측은 납세고지서에 처분 이유가 명확히 기재되어 있어 원고가 그 취지를 충분히 알 수 있었고, 해당 처분은 적법하다고 맞섰습니다.

핵심 쟁점

이 사건의 핵심 쟁점은 다음과 같습니다. 첫째, 과세관청이 법인세 결손금을 감액 경정한 행위가 행정소송의 대상이 되는 독립적인 행정처분에 해당하는지 여부입니다. 둘째, 세무서가 2013년 6월 17일 통지한 납세고지서에 결손금 감액경정 내용이 명시되지 않았음에도 해당 통지가 결손금 감액경정 처분의 적법한 통지에 해당하여 외부적으로 성립되었다고 볼 수 있는지 여부입니다. 셋째, 항소심 변론 종결 후 피고인 세무서장이 일부 거부처분을 직권으로 취소했을 때, 해당 부분에 대한 원고의 취소 청구가 여전히 소의 이익이 있는지 여부입니다.

법원의 판단

항소심 법원은 다음과 같이 판결했습니다.

1. 제1심 판결 중 피고 패소 부분(2013 사업연도 결손금 610,408,492원 증액경정청구 및 2014 사업연도 법인세 297,342,855원 중 166,412,175원 부분 경정청구에 대한 거부처분)을 취소하고, 해당 부분에 대한 원고의 소를 각하했습니다. 이는 피고가 항소심 변론 종결 이후 해당 거부처분을 직권으로 취소했기 때문입니다.
2. 원고의 나머지 항소를 기각했습니다. 이는 원고가 주장하는 2012 사업연도 결손금 655,953,399원 감액경정처분 통지의 위법성 등은 인정되지 않는다고 보았기 때문입니다.
3. 소송 총비용 중 2/5는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담하도록 했습니다.

결론

결론적으로 법원은 과세관청이 법인세 과세표준을 정하면서 당초 신고한 결손금을 감액한 경우, 납세고지서에 그 취지가 명확하게 기재되어 납세자가 처분 내용을 충분히 알 수 있었다면 해당 감액경정 처분이 적법하게 통지되었다고 판단했습니다. 또한, 세무서가 소송 도중 직권으로 일부 거부처분을 취소한 부분에 대해서는 원고의 소송이 더 이상 실익이 없어 각하하는 것이 정당하다고 보았습니다.

연관 법령 및 법리

이 판례에서 언급되거나 적용된 주요 법령과 법리는 다음과 같습니다.

1. 행정처분의 성립 및 통지: 행정처분은 주체, 내용, 절차, 형식이라는 내부적 성립요건과 외부에 대한 표시라는 외부적 성립요건을 모두 갖추어야 존재한다고 봅니다. 여기서 외부적 성립은 행정의사가 외부에 공식적으로 표시되어 행정청이 자유롭게 취소·철회할 수 없게 되는 시점을 의미합니다. 행정처분의 근거와 이유가 '자세하게 통지'되었는지와 처분이 '내부적·외부적으로 성립'했는지는 별개의 문제입니다 (대법원 2017. 7. 11. 선고 2016두35120 판결 등).
2. 결손금 감액경정의 행정처분성: 구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정된 것, 2010. 1. 1. 시행) 이후 최초로 과세표준을 신고한 사업연도에 발생한 결손금 등에 대한 과세관청의 결손금 감액경정은 항고소송 대상이 되는 행정처분에 해당합니다 (대법원 2020. 7. 9. 선고 2017두63788 판결). 이 판결은 기존 대법원 판례 입장을 변경한 것이 아니라 개정 법인세법 시행 이후의 사안에 대해 법리를 명확히 한 것으로 보았습니다.
3. 납세고지서에 의한 통지의 유효성: 납세고지서에 과세표준이 명시되고, 고지 내용에 처분 사유(예: 지급이자 시가초과액 익금산입)가 분명하게 기재되어 납세자가 당초 신고 내용과 비교하여 처분의 취지를 충분히 알 수 있었다면, 결손금 감액경정처분이 납세고지서를 통해 외부적으로 성립된 것으로 평가할 수 있습니다. 비록 결손금 감액 내용이 납세고지서에 별도로 상세히 기재되지 않았더라도 처분의 효력 발생에는 문제가 없다고 판단되었습니다.
4. 소의 이익: 행정처분이 직권으로 취소되어 그 효력을 상실하면 더 이상 존재하지 않는 행정처분을 대상으로 한 취소소송은 소의 이익이 없으므로 부적법하게 됩니다 (대법원 2012. 12. 13. 선고 2012두18202 판결 등).
5. 소송비용 부담: 행정소송법 제32조에 따라 행정청이 행정처분을 직권으로 취소하여 원고의 행정처분 취소청구가 각하된 경우 소송비용은 피고(행정청)가 부담하는 것이 원칙입니다.

참고 사항

유사한 상황에 처했을 때 다음 사항들을 참고할 수 있습니다.

• 행정처분이 있었는지 여부는 행정청이 공식적인 방법으로 그 의사를 외부에 표시했는지를 기준으로 판단됩니다. 처분의 근거와 이유가 '자세하게 통지'되었는지 여부와 처분이 '내부적, 외부적으로 성립'했는지 여부는 별개로 보아야 합니다.
• 법인세 결손금 감액경정 처분은 개정 법인세법 시행(2010년 1월 1일) 이후에는 항고소송의 대상이 되는 행정처분으로 인정됩니다.
• 납세고지서에 특정 사업연도에 대한 처분임을 명시하고, '부당행위계산부인 감사지적분, 지급이자 시가초과액 익금산입' 등 처분 취지를 분명히 기재하여 납세자가 당초 신고 내용과 비교하여 처분의 내용을 충분히 알 수 있었다면, 결손금 감액 내용이 고지서에 별도로 명시되지 않았더라도 처분 통지가 유효하다고 판단될 수 있습니다.
• 행정소송이 진행되는 도중에 피고인 행정청이 원고가 다투는 처분을 직권으로 취소하는 경우, 해당 취소처분에 대한 원고의 소송은 더 이상 소의 이익이 없어져 각하될 수 있습니다. 이 경우 소송비용은 행정청의 직권 취소에 따른 것이므로 피고인 행정청이 부담하는 것이 일반적입니다.