부동산 매매시 토지 건물 가액 구분 문제로 부가가치세 부과처분 유지 사건

토지와 건물을 함께 양도한 사업자가 건물에 대한 부가가치세 부과처분에 불복하여 소송을 제기하였으나 법원은 매매계약서상 건물 가액이 진정한 합의에 의한 것으로 볼 수 없다고 판단하여 세무당국의 부가가치세 부과가 정당하다고 결정한 사건입니다.

관련 당사자

• A (원고, 항소인): 토지와 건물을 함께 양도하고 세무서로부터 부가가치세 및 가산세 부과처분을 받은 사업자.
• 서초세무서장 (피고, 피항소인): A에게 2016년 제2기 부가가치세 5억 5천만원 상당을 부과한 세무 당국.

분쟁 상황

원고 A는 2016년 제2기분 부가가치세로 본세 3억 2천여만 원과 가산세 2억 3천여만 원을 포함하여 총 5억 5천여만 원의 부과처분을 받았습니다. 이는 원고가 토지와 건물이 함께 있는 부동산을 양도하면서 부가가치세 과세대상인 건물 가액과 면세대상인 토지 가액을 계약서에 구분하여 신고했으나 세무당국이 그 건물 가액을 부인하고 재산정한 데 따른 것이었습니다. 원고는 매매계약서에 명시된 토지 및 건물 가액이 실제 거래가액이므로 이를 인정해야 한다고 주장하며 부과처분 취소 소송을 제기했습니다. 하지만 법원은 매매가격 결정 경위, 토지 및 건물 가액 비율의 비합리성, 회계장부 기재 내용, 그리고 특히 원고가 동일한 거래에 대한 양도소득세 신고 시에는 계약서상 가액이 아닌 기준시가 안분계산을 따랐으며, 그 양도소득세 신고 시 안분 비율조차 객관적인 기준시가 안분 비율과 상당한 차이를 보인 점 등을 근거로 계약서상의 건물 가액이 진정한 합의에 의해 정해진 것이 아니라고 보았습니다.

핵심 쟁점

토지와 건물을 동시에 양도하는 경우 매매계약서에 기재된 토지와 건물의 구분 가액이 부가가치세법상 실지거래가액으로 인정될 수 있는지 여부 만약 계약서상 구분 가액이 불인정된다면 세무당국이 기준시가에 따라 안분계산한 부가가치세 부과처분이 적법한지 여부가 쟁점이 되었습니다.

법원의 판단

항소심 법원은 원고의 항소를 기각하고 1심 판결을 유지하였습니다. 이는 피고 서초세무서장이 원고에게 부과한 2016년 제2기 부가가치세 555,703,600원의 부과처분이 정당하다는 것을 의미합니다. 항소 비용은 원고가 부담합니다.

결론

법원은 토지와 건물 동시 양도 시 매매계약서에 기재된 건물 가액이 여러 객관적 정황상 당사자 간의 진정한 합의에 따른 것이라고 볼 수 없다고 판단했습니다. 따라서 계약서상 가액 대신 부가가치세법 시행령 및 소득세법의 기준시가 안분계산 규정을 준용하여 재산정된 건물 가액을 기준으로 부과된 부가가치세 및 가산세 처분이 적법하다고 결론 내렸습니다.

연관 법령 및 법리

구 부가가치세법 제29조 제9항은 사업자가 토지와 건물을 함께 공급할 경우 부가가치세 과세대상인 건물 등의 공급가액과 면세대상인 토지의 공급가액이 구분되어야 한다고 규정합니다. 실지거래가액을 공급가액으로 하되, 토지와 건물의 가액 구분이 불분명할 경우 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 합니다. 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호는 이러한 경우 토지와 건물 등의 기준시가를 기준으로 안분계산한 금액을 공급가액으로 하도록 규정하고 있습니다. 본 판례에서 법원은 매매계약서상 총 매매대금은 실지거래가액으로 인정하더라도, 계약서에 구분 기재된 토지와 건물 가액이 허위이거나 현저히 부당하다는 특별한 사정이 있다면 세무당국이 이를 부인하고 거래가액이 불분명한 경우로 보아 기준시가에 따라 안분계산할 수 있다는 법리를 적용했습니다. 이때 세무당국은 그러한 특별한 사정에 대해 충분히 주장하고 증명해야 합니다. 또한, 구 소득세법 제100조 제2항, 제3항 및 소득세법 제99조는 양도소득세 계산 시 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 경우 '기준시가'에 따라 안분계산하도록 규정하고 있으며, 이는 부가가치세 판단에도 중요한 참고 기준이 될 수 있습니다.

참고 사항

토지와 건물을 함께 양도하는 경우 매매계약서에 토지 가액과 건물 가액을 명확히 구분하여 기재해야 합니다. 이때 기재된 가액은 실제 거래 상황, 통상적인 시장 가격, 회계장부상의 잔존가액 등 객관적인 자료에 근거하여 합리적으로 결정되어야 합니다. 세무당국은 매매계약서상의 총 매매대금은 인정하더라도, 그 안에서 토지와 건물로 구분된 가액이 허위이거나 현저히 부당하다고 판단할 경우 이를 부인하고 소득세법 또는 부가가치세법 시행령에서 정한 기준시가 안분계산 방식에 따라 가액을 재산정할 수 있습니다. 부가가치세와 양도소득세를 신고할 때 동일한 거래에 대해 가액 산정의 일관성을 유지하는 것이 매우 중요합니다. 만약 각 세목별로 가액 산정 방식이나 비율이 크게 다를 경우 세무당국의 정밀한 조사를 받을 가능성이 커집니다. 가산세는 본세에 더해 상당한 부담이 되므로, 부동산 거래 시 과세표준 산정에 신중을 기하고 불분명한 부분이 있다면 반드시 세무 전문가와 상의하여 정확하게 신고해야 합니다.