세금 · 행정
B 주식회사가 물류단지 내 물류센터를 취득하며 취득세 등을 면제받았으나, 이후 A 주식회사에 흡수합병되고 A 주식회사가 해당 물류센터를 E 주식회사에 임대하자, 김포시가 감면 요건인 ‘직접 사용’ 기간 2년 미만 상태에서 ‘매각’ 또는 ‘다른 용도로 사용’한 것으로 보아 취득세 등 경정청구를 거부했습니다. 이에 대해 법원은 ‘직접 사용’은 소유자 본인의 사용으로 한정되지 않으며, 합병은 ‘매각’에 해당하지 않고, 임차인의 자가물류도 ‘물류사업’에 해당한다고 판단하여 김포시의 경정거부처분을 위법하다고 보고 원고의 청구를 인용했습니다. 최종적으로 피고인 김포시의 항소가 기각되어 원고의 승소로 확정되었습니다.
한국수자원공사가 조성한 C물류단지의 토지를 B 주식회사가 2010년 12월 22일 49,604,332,290원에 분양받아 2013년 4월 1일 소유권이전등기를 마쳤고, 이 토지 위에 김포 물류센터를 신축하여 2013년 2월 19일 소유권보존등기를 마쳤습니다. B은 구 지방세특례제한법 제71조 제2항에 따라 이 물류센터(부동산)에 대한 취득세 4,490,296,041원을 면제받았습니다.
이후 B은 2013년 9월 23일 E 주식회사에 패션사업부문을 양도하면서 물류센터는 제외하고, 2013년 11월 20일부터 2014년 11월 30일까지 E에 임대했습니다. 2014년 7월 2일 원고 A 주식회사가 B을 흡수합병한 뒤, 2014년 10월 22일 E에 물류센터를 2014년 12월 1일부터 2015년 11월 30일까지 다시 임대했습니다.
원고는 2013년 12월경 면제받았던 취득세, 지방교육세, 농어촌특별세 등 총 5,111,991,854원을 자진 신고 납부했습니다. 이후 2017년 12월 19일과 2018년 12월 5일, 원고는 피고(김포시장)에게 취득세 등 경정청구를 했으나, 피고는 원고가 E에 물류센터를 임대한 것이 구 지방세특례제한법 제94조 제2호의 '해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우'에 해당한다며 2018년 2월 7일과 2019년 1월 30일 경정거부처분을 내렸습니다. 원고는 이에 불복하여 조세심판청구를 했으나 기각되었고, 결국 법원에 이 사건 처분 취소소송을 제기했습니다.
취득세 감면 후 추징의 요건인 '해당 용도로 직접 사용'의 의미를 어떻게 해석할지 즉, 소유자 본인의 사용만을 의미하는지 아니면 임대 등을 통해 제3자가 해당 용도로 사용하는 경우도 포함하는지 여부가 쟁점이었습니다. 또한 회사의 합병으로 인한 소유권 이전이 지방세특례제한법상 취득세 추징 사유인 '매각'에 해당하는지, 그리고 임차인(E 주식회사)이 물류센터를 자사 제품 보관용으로 사용한 '자가물류방식'의 물류사업이 취득세 감면 및 추징 조항에서 정한 '물류사업' 또는 '해당 용도로 직접 사용'에 포함되는지 여부가 주요 쟁점으로 다루어졌습니다.
법원은 피고(김포시장)의 항소를 기각하고 제1심 판결을 유지하여, 피고가 원고(A 주식회사)에 내린 2018년 2월 7일자 취득세 4,490,296,041원 경정거부처분과 2019년 1월 30일자 지방교육세 345,332,422원 및 농어촌특별세 276,363,391원 경정거부처분을 모두 취소하도록 결정했습니다. 항소 비용은 피고가 부담하도록 했습니다.
법원은 취득세 감면 후 추징 요건인 '직접 사용'을 소유자 본인의 사용으로 한정하지 않고 임대된 부동산이 물류사업용도로 사용되는 경우를 포함한다고 보았습니다. 또한 회사의 '합병'은 '매각'에 해당하지 않으며, 임차인의 '자가물류방식'도 '물류사업'의 일종으로 인정된다고 판단했습니다. 이에 따라 김포시의 취득세 등 경정거부처분은 위법하므로 모두 취소되어야 한다고 결론지었습니다. 결과적으로 원고 A 주식회사의 청구가 정당하다고 인정되어 취득세 등 추징이 취소되었습니다.
구 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것) 제71조 제2항 (이 사건 감면조항): 이 조항은 물류시설법에 따른 물류단지개발사업의 시행자가 개발하는 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산에 대하여 2012년 12월 31일까지 취득세를 면제하도록 규정했습니다. 이 규정은 물류산업의 발전을 촉진하여 국가경쟁력을 강화하고 국토의 균형 있는 발전 및 국민경제 발전에 기여하려는 정책적 목적으로 제정되었습니다.
구 지방세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12175호로 개정되기 전의 것) 제94조 제2호 (이 사건 추징조항): 감면된 취득세 등을 추징하는 사유로 '해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우'를 명시했습니다. 이 조항의 입법 취지는 조세감면 혜택을 악용하는 사례를 방지하고 본래의 정책적 목적을 달성하는 데 있습니다.
물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률 (물류시설법) 제1조, 제58조: 이 법은 물류시설의 합리적인 배치·운영과 물류시설 용지의 원활한 공급을 통해 물류산업 발전을 촉진함을 목적으로 합니다. 또한 국가 또는 지방자치단체는 물류단지 개발 및 입주기업 유치를 위해 지방세 감면을 할 수 있다고 규정하여, 이 사건 감면 조항의 입법 취지가 물류산업 발전에 있음을 뒷받침합니다.
구 지방세특례제한법 시행령(2016. 6. 28. 대통령령 제27285호로 개정되기 전의 것) 제33조: '물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산'을 물류시설법 제2조 제7호에 따른 '물류단지시설'을 설치하기 위해 물류단지 안에서 최초로 취득하는 토지와 건축물 등으로 정의합니다. 이 정의는 이 사건 부동산이 물류사업용으로 사용되어야 한다는 전제를 제공합니다. 법원은 자가물류방식 또한 물류시설법 및 감면 조항의 입법 취지에 부합하는 '물류사업'으로 보아 '직접 사용'에 해당한다고 판단했습니다.
