세금 · 행정
주식회사 A는 약 174억 원 규모의 발전소 공사 대금 중 약 134억 원이 대표이사 C의 사업 유치 대가로 지급된 가공 매출이므로 실제 매출액은 40억 원에 불과하며, 공사 관련 비용을 공제하지 않은 부가가치세 및 법인세 부과 처분이 부당하다고 주장했습니다. 또한 대표이사가 사업 유치를 위해 지급한 20억 원을 대표이사 개인의 소득(상여)으로 본 것과 세무조사 절차의 위법성도 주장했으나, 법원은 원고의 모든 주장을 기각하고 항소를 받아들이지 않았습니다.
주식회사 A는 D사와 약 174억 원(부가가치세 제외) 규모의 발전소 공사 계약을 체결하고 다른 업체에 재하도급을 주어 공사를 완공했습니다. D사로부터 부가가치세를 포함하여 약 191억 원을 공사대금으로 지급받았습니다. 이후 강남세무서장은 이 공사와 관련하여 주식회사 A에 부가가치세, 법인세 및 소득금액 변동 통지 처분을 내렸습니다. 주식회사 A는 이 처분에 불복하여, 공사대금 중 약 134억 원이 대표이사 C의 사업 유치 대가로 지급된 가공 매출이므로 실제 매출액은 40억 원에 불과하다고 주장했습니다. 또한 공사 관련 비용 약 2억 5천 8백만 원 및 대표이사 개인 명의로 지출한 약 19억 5천 1백만 원이 손금으로 인정되어야 하며, 대표이사가 특정 인물들에게 지급한 20억 원을 대표이사 개인의 소득으로 본 것도 부당하다고 주장했습니다. 세무조사 과정의 절차적 위법도 주장하며 해당 처분들의 취소를 요구했습니다.
법원은 주식회사 A의 항소를 기각하고, 강남세무서장의 부가가치세 및 법인세 부과 처분과 소득금액 변동 통지 처분이 모두 정당하다고 판단했습니다. 항소 비용은 원고가 부담하도록 했습니다.
법원은 공사 계약서에 약 174억 원의 공사대금이 명시되어 있고 실제 지급된 점, 그리고 C이 원고의 대표이사인 점 등을 고려하여 이 금액 전부를 실제 공사대금으로 인정했습니다. 또한 원고가 비용 지출에 대한 세금계산서와 같은 적격 증빙을 제출하지 않았으므로 매입세액 공제나 손금 인정을 받을 수 없다고 보았습니다. 장부나 증빙 서류가 불분명한 예외적인 경우에만 추계 조사가 허용되는데 이 사건은 해당하지 않는다고 판단했습니다. 대표이사가 특정 인물들에게 지급한 20억 원은 원고 회사의 익금에 산입된 금액이 사외로 유출된 것이라고 단정하기 어렵다고 보았으며, 세무조사 과정에서 원고에게 의견 진술 및 자료 제출 기회가 충분히 제공되었으므로 절차상 위법도 없다고 판단하여 원고의 모든 주장을 받아들이지 않았습니다.
구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 (매입세액 공제): 세금계산서를 발급받지 아니한 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제되지 않습니다. 이 사건에서 원고는 공사를 위해 지출했다고 주장하는 비용에 대해 세금계산서를 발급받은 사실이 없어 매입세액 공제를 받을 수 없다고 판단되었습니다. 구 법인세법 제19조 제1항, 제2항 (손금 인정 범위): 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비로서, 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용 중 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것만을 손금으로 인정합니다. 법원은 사회질서에 위반하거나 업무 관련성, 통상성, 수익 관련성이 불분명한 비용은 손금으로 인정하지 않는다는 법리를 적용하여, 원고가 주장한 대표이사 명의의 지출이나 가수금 처리된 금액을 손금으로 보지 않았습니다. 법인세 추계조사의 원칙: 법인세 또는 소득세의 과세표준은 실지조사의 방법에 의하여 밝혀진 실액에 의하여 결정하는 것이 원칙입니다. 추계조사는 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 소득의 실액을 밝힐 수 없는 예외적인 경우에만 허용됩니다. 이 사건에서는 원고의 전산장부를 토대로 실지조사를 하였으므로 추계조사 요건을 충족하지 못한다고 보았습니다. 과세처분의 증명책임: 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건 사실의 존재에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있습니다. 그러나 필요경비나 손금에 관한 사항은 일반적으로 납세의무자에게 유리하고 그 기초가 되는 사실관계도 대부분 납세의무자의 지배 영역 안에 있어 과세관청으로서는 증명이 곤란한 경우가 있으므로, 이러한 경우에는 납세의무자로 하여금 증명하게 하는 것이 합리적입니다. 이 사건에서 원고는 비용 공제에 대한 증명 책임을 다하지 못했습니다. 세무조사 절차의 적법성: 세무조사 시 납세자에게 사전 통지, 납세자 권리 헌장 설명, 조사 사유 및 기간 안내, 그리고 과세 전 적부심사 청구를 통한 의견 진술 및 자료 제출의 기회가 주어져야 합니다. 이 사건에서는 원고가 이러한 절차적 권리를 충분히 보장받았다고 판단되어 절차상 위법이 없다고 보았습니다.
회사의 매출액을 산정할 때에는 계약서에 명시된 금액과 실제 지급받은 대금, 그리고 계약의 주체 등을 종합적으로 고려해야 합니다. 대표이사의 개인적인 공로가 있었다는 이유만으로는 계약서상 공사대금의 일부를 가공 매출로 분리하여 인정받기 어렵습니다. 비용을 손금으로 인정받거나 매입세액을 공제받기 위해서는 반드시 적격한 증빙서류인 세금계산서나 신용카드 영수증 등을 갖추어야 합니다. 증빙이 없는 비용은 원칙적으로 인정받기 어려우며, 업무와 직접적인 관련성이 없고 통상적이지 않은 비용도 손금으로 인정받기 어렵습니다. 법인세 과세표준은 실지조사를 통해 밝혀진 실액에 따라 결정하는 것이 원칙이며, 장부나 증빙서류가 없거나 신뢰할 수 없는 경우에만 추계조사가 예외적으로 허용됩니다. 세무조사 과정에서 사전 통지를 받고 의견 진술 및 자료 제출 기회가 충분히 제공되었다면 절차상 위법이 있다고 주장하기 어렵습니다. 회사의 자금이 사외로 유출되었을 경우, 그 사용 내역과 귀속자를 명확히 입증할 수 있는 자료를 준비하는 것이 중요합니다.
