건설회사의 법인세 및 부가가치세 부과처분 취소 다툼 사건

이 사건은 다인종합건설 주식회사가 파주세무서장으로부터 받은 2001년 및 2003년 귀속 법인세, 2001년 제1, 2기 및 2002년 제1기 부가가치세 부과처분과 2002년 제1기 부가가치세 환급 거부처분에 대해 불복하여 제기한 소송입니다. 주요 쟁점은 법무법인에 지급한 변호사 수임료에 대한 적격 증빙 미수취로 인한 법인세 가산세 부과의 적법성과 건설 용역의 공급시기에 따른 부가가치세 부과의 적법성 여부였습니다. 항소심 법원은 2003년 귀속 법인세 160,000원 부과처분에 대해서는 적법하다고 보아 1심 판결을 취소하고 원고의 청구를 기각했으며, 나머지 쟁점들에 대해서는 원고와 피고의 항소를 모두 기각하여 1심 판결의 결론을 유지했습니다.

관련 당사자

• 원고(항소인 겸 피항소인): 다인종합건설 주식회사 (세금 부과처분의 취소를 주장하는 건설회사)
• 피고(피항소인 겸 항소인): 파주세무서장 (세금을 부과한 과세 당국)

분쟁 상황

다인종합건설 주식회사는 2004년 10월 1일과 2005년 1월 10일에 파주세무서장으로부터 여러 건의 세금 부과처분 및 환급 거부처분을 받았습니다. 이 중에는 2003년 귀속 법인세 160,000원(변호사 수임료 800만원에 대한 증빙 미수취 가산세)과 2001년 귀속 법인세, 그리고 2001년 및 2002년 제1기, 제2기 부가가치세 관련 처분들이 포함되어 있었습니다. 회사는 이러한 세금 부과가 부당하다고 주장하며 법원에 소송을 제기했으나, 세무서장은 자신들의 처분이 적법하다고 맞섰습니다. 특히 2003년 법인세 가산세의 경우, 회사는 일용직 노임 47,528,000원의 손금 산입을 주장하며 가산세 부과의 위법성을 다투었습니다. 또한 부가가치세 관련해서는 회사가 2000년 11월 20일 도급받은 이 사건 건물의 보수공사 대금 32억 원에 대한 용역의 공급시기를 두고 세무서와 의견 차이를 보였습니다.

핵심 쟁점

이 사건의 주요 쟁점은 다음과 같습니다. 첫째, 법무법인에 변호사 수임료 800만원을 지급하면서 증빙서류를 받지 않은 것에 대해 법인세법에 따라 부과된 160,000원의 가산세가 정당한지 여부입니다. 둘째, 이 사건 건물의 보수공사 용역과 관련하여 부가가치세법상 용역의 공급시기를 언제로 보아야 하는지에 따라 부과된 부가가치세 및 환급 거부처분이 적법한지 여부입니다.

법원의 판단

항소심 법원은 다음과 같이 판결했습니다.

1. 제1심 판결 중 피고가 원고에게 부과한 2004. 10. 1.자 2003년 귀속 법인세 160,000원 부과처분을 취소한 부분은 부당하다고 보아 이를 취소하고, 해당 금액에 대한 원고의 청구는 기각했습니다. 이는 법인이 변호사 수임료 800만원에 대해 세금계산서 등 증빙서류를 수취하지 않았으므로 법인세법 제76조 제5항에 따른 가산세 160,000원 부과가 적법하다는 판단에 따른 것입니다.
2. 원고의 항소와 피고의 나머지 항소는 모두 기각했습니다. 즉, 2001년 귀속 법인세 43,155,562원, 2001년 제1기 부가가치세 15,425,846원 중 일부(134,934원 부분), 2002년 제1기 부가가치세 170,091,000원의 환급 거부처분, 2001년 제2기 부가가치세 665,308,936원 중 일부(587,758,029원 부분) 등에 대한 원고의 주장은 받아들여지지 않았고, 피고의 나머지 항소도 기각되었습니다.
3. 소송에 들어간 총 비용은 원고가 2/3를, 피고가 1/3을 각각 부담하도록 했습니다.

결론

결론적으로 이 사건 항소심 판결을 통해, 다인종합건설 주식회사가 법무법인에 지급한 변호사 수임료에 대한 증빙 미수취로 부과된 법인세 가산세 160,000원은 정당하다고 확정되었으며, 다른 법인세 및 부가가치세 관련 처분들에 대해서는 1심 판결의 판단이 대체로 유지되었습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건과 관련된 주요 법령과 법리는 다음과 같습니다.

1. 법인세법 제76조 제5항 (가산세)​ 이 조항은 법인이 사업과 관련하여 재화나 용역을 공급받고 신용카드매출전표, 부가가치세법상 세금계산서 등 법인세법 제116조 제2항에 규정된 증빙서류를 수취하지 아니한 경우, 그 수취하지 아니한 금액의 100분의 2에 해당하는 금액을 가산세로 징수하도록 규정하고 있습니다. 중요한 것은 산출세액이 없는 경우에도 이 가산세는 징수된다는 점입니다. 이 사건에서 다인종합건설이 법무법인에 변호사 수임료 800만원을 지급하면서 증빙을 받지 않아 160,000원의 가산세를 부과받은 것이 이 조항에 해당합니다. 법원은 이 가산세가 납세의무자가 증빙수취 의무를 위반했을 때 부과되는 행정상의 제재이므로, 법인세 과세표준이 마이너스(-)여서 산출세액이 없더라도 부과되어야 한다고 보았습니다.
2. 부가가치세법 제9조 제2항 및 동법 시행령 제22조 (용역의 공급시기)​ 부가가치세법 제9조 제2항은 용역이 제공되는 때를 공급시기로 삼고, 필요한 사항은 대통령령으로 위임하고 있습니다. 이에 따라 시행령 제22조는 통상적인 용역 공급의 경우 역무의 제공이 완료되는 때를 공급시기로 규정합니다. 다만, 완성도 기준 지급, 중간 지급, 장기 할부 등 조건부 용역은 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 공급시기로 봅니다. 이 사건 보수공사의 경우, 법원은 용역 제공 완료 시 공급가액이 확정되는 통상적인 용역 공급에 해당하므로 역무 제공 완료 시점이 공급시기가 된다고 판단했습니다.
3. 부가가치세법 제17조 제2항 (매입세액 불공제)​ 이 조항은 부가가치세 매입세액 공제 대상에서 제외되는 경우를 규정하며, 그중 하나가 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 기재된 세금계산서입니다. 피고는 일부 세금계산서가 과세기간 경과 후 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성되었으므로 매입세액 공제 대상이 아니라고 주장했으나, 법원은 이를 인정할 증거가 부족하다고 보아 해당 주장을 받아들이지 않았습니다. 이는 단순히 작성일자를 소급한 것만으로는 '사실과 다르게 기재된' 것으로 보기 어렵다는 법원의 입장으로 해석될 수 있습니다.

참고 사항

유사한 문제 상황에 처했을 때 참고할 만한 내용은 다음과 같습니다.

1. 증빙서류 수취의 중요성: 사업을 운영하는 법인은 재화나 용역을 공급받고 대가를 지급할 때 반드시 법인세법에서 정하는 적격 증빙서류(예: 세금계산서, 신용카드매출전표 등)를 수취해야 합니다. 이 사건처럼 변호사 수임료와 같은 용역 대가도 예외 없이 증빙을 갖추어야 하며, 미수취 시에는 산출세액이 없더라도 해당 금액의 2%에 해당하는 가산세가 부과될 수 있습니다. 이는 과세권 행사를 위한 행정상의 제재이므로, 다른 비용의 손금 산입 여부와는 별개로 적용됩니다.
2. 용역 공급시기의 정확한 파악: 부가가치세법상 용역의 공급시기는 부가가치세 납세의무 발생 시점을 결정하는 중요한 기준입니다. 이 사건 건설 보수공사처럼 용역 제공이 완료되고 그 대금(공급가액)이 확정되는 통상적인 경우, 역무 제공이 완료된 때가 공급시기가 됩니다. 다만, 완성도 기준 지급, 중간 지급 등 특수한 조건의 용역 계약은 대가의 각 부분을 받기로 한 때가 공급시기가 될 수 있으므로, 계약 내용을 면밀히 검토하여 공급시기를 정확하게 파악하고 세금계산서를 발급해야 합니다.
3. 세금계산서 기재사항: 세금계산서의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 기재된 경우 매입세액이 공제되지 않을 수 있습니다. 그러나 법원은 과세기간이 지난 후 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성한 것만으로는 '사실과 다르게 기재된' 세금계산서로 볼 수 없다고 판단한 사례도 있으므로, 세금계산서 작성 및 수취 시 유의해야 합니다.