산업단지 공장용지 목적 미사용으로 인한 취득세 추징 사건

주식회사 A는 산업단지에 공장용지를 취득하며 취득세 등을 감면받았습니다. 그러나 3년 내에 해당 용도로 직접 사용하지 않아 부산 강서구청장으로부터 감면받은 세금 및 가산세를 추징당하고 재산세 등을 부과받았습니다. 이에 주식회사 A는 세금 부과 처분에 대해 소송을 제기하며, 세금 추징의 기준이 되는 '취득일'은 소유권이전등기일로 보아야 하고, 용지 미사용에 '정당한 사유'가 있었다고 주장했습니다. 법원은 취득세 본세 부과처분 및 재산세 등 부과처분 취소 청구는 절차적 하자를 이유로 각하하고, 경정청구 거부처분 및 취득세 가산세 부분 취소 청구는 '취득일'을 잔금 납부일로 보며 '정당한 사유'도 인정하지 않아 기각했습니다.

관련 당사자

• 원고: 주식회사 A (산업단지 공장용지를 취득하고 취득세 등 감면 후 추징당한 회사)
• 피고: 부산광역시 강서구청장 (주식회사 A에 취득세 및 재산세 등을 부과한 행정기관)
• 부산도시공사 (D산업단지 조성 사업을 시행한 공사)
• F조합 (부산도시공사와 위탁계약을 승계하여 산업단지 개발을 대행한 조합)

분쟁 상황

주식회사 A는 2013년 11월 21일 부산도시공사와 D산업단지 내 공장용지 42,910㎡에 대한 매매계약을 체결하고, 2018년 9월 14일 잔금을 지급했습니다. 이 과정에서 구 지방세특례제한법 제78조 제4항에 따라 취득세 등을 감면받았습니다. 그러나 2021년 9월 14일 피고 소속 세무담당 공무원이 현장 조사를 통해 이 토지가 3년이 지나도록 나대지 상태로 방치되어 있음을 확인했습니다. 이에 피고는 감면된 취득세를 추징해야 한다고 통보했고, 원고는 취득세 등 합계 1,210,804,120원을 신고하면서 추징 사유에 해당하지 않는다며 경정을 청구했습니다. 피고는 경정청구를 거부하고, 원고에게 감면되었던 취득세 등(가산세 포함) 및 재산세 등을 부과했습니다. 주식회사 A는 이에 불복하여 이의신청 및 심판청구를 거쳐 행정소송을 제기하게 되었습니다.

핵심 쟁점

이 사건의 주요 쟁점은 다음과 같습니다. 첫째, 취득세 감면 추징 규정에서 '취득일'을 지방세법 시행령에 따른 연부금 지급일로 볼 것인지, 민법상 소유권이전등기일로 볼 것인지 여부입니다. 둘째, 공장용지를 3년 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 것에 대해 '정당한 사유'가 인정될 수 있는지 여부입니다.

법원의 판단

법원은 다음과 같이 판결했습니다.

1. 주식회사 A가 제기한 소송 중 2021년 12월 10일 자 취득세 본세 1,052,873,160원, 지방교육세 105,287,310원, 농어촌특별세 52,643,650원의 각 본세 부과처분 취소 청구와 2021년 12월 20일 자 각 재산세 및 지방교육세 부과처분 취소 청구는 부적법하다는 이유로 모두 각하했습니다.
2. 위 각하 부분을 제외한 주식회사 A의 나머지 청구(경정청구 거부처분 및 취득세 가산세 부분)는 모두 기각했습니다.
3. 소송비용은 원고인 주식회사 A가 부담하도록 했습니다.

결론

법원은 취득세 본세 부과처분은 납세의무자의 신고로 이미 확정된 세액의 징수처분일 뿐 과세처분이 아니므로 취소소송 대상이 될 수 없다고 판단했습니다. 재산세 등 부과처분 취소 청구는 원고가 적법한 전심절차(심판청구)를 거치지 않고 제기한 것이므로 부적법하다고 보았습니다. 또한 취득세 감면 추징 규정에서의 '취득일'은 지방세법 시행령에 따라 잔금 납부일인 2018년 9월 14일로 보는 것이 타당하며, 원고가 토지를 목적대로 사용하지 못한 것에 대해 행정관청의 사용 금지·제한 등 외부적 사유나 진지한 노력에도 불구하고 불가피했던 객관적 사유가 있었다고 인정하기 어렵다고 판단하여 '정당한 사유' 주장을 받아들이지 않았습니다. 따라서 피고의 세금 부과 처분은 적법하다고 결론 내렸습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건과 관련된 주요 법령과 법리는 다음과 같습니다.

• 구 지방세특례제한법 제78조 제4항: 산업단지 내의 특정 토지 취득에 대한 취득세 등 감면 규정입니다. 이 조항은 일정한 경우 부동산 취득에 대한 지방세 감면 혜택을 부여합니다.
• 구 지방세특례제한법 제78조 제5항: 감면된 취득세 등을 추징하는 예외 규정으로, 감면된 부동산을 취득일로부터 3년 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 않거나 다른 용도로 사용하면 감면된 세금을 추징하도록 합니다.
• 구 지방세법 시행령 제20조 제5항: 연부 취득의 경우 '취득일'을 사실상의 연부금 지급일로 규정합니다. 이 사건에서는 원고의 잔금 납부일을 이 규정에 따라 취득일로 보아 3년의 경과 여부를 판단했습니다.
• 지방세법 제18조 및 제20조: 취득세 납세의무자가 과세표준과 세액을 신고하면 취득세 본세 납세의무가 확정됩니다. 이 경우 납세고지서는 확정된 세금의 징수 처분에 불과하며, 별도의 과세처분이 아니므로 취소소송의 대상이 될 수 없습니다.
• 지방세기본법 제91조 및 제98조 제3항: 행정소송을 제기하기 전에 심사청구나 심판청구와 같은 전심절차를 반드시 거쳐야 한다는 '행정심판 전치주의'를 규정합니다. 전심절차를 거치지 않거나 기간을 넘겨 제기하면 소송이 부적법하게 됩니다.

법원은 '정당한 사유'에 대해, 토지를 목적 용도로 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용 금지·제한 등 외부적 사유이거나, 내부적으로 토지 사용을 위한 정상적 노력을 다했음에도 시간적 여유 부족 또는 기타 객관적 사유로 부득이하게 사용하지 못한 경우를 의미한다고 보았습니다. 반면, 자체적인 자금 사정이나 수익상 문제로 사용을 포기한 경우는 포함되지 않는다고 판단합니다.

참고 사항

유사한 문제 상황에 처했을 때는 다음 사항들을 참고할 수 있습니다.

• 취득일의 정확한 이해: 세법상 취득일은 잔금 지급일이나 사실상 사용일 등 민법상 소유권이전등기일과 다를 수 있습니다. 특히 연부 취득의 경우 지방세법 시행령 제20조 제5항에 따라 사실상 연부금 지급일을 취득일로 보아 세금 감면 추징 기준일을 산정할 수 있으니 이를 명확히 파악해야 합니다.
• 감면 조건 이행 노력: 취득세 감면 혜택을 받았다면, 법령에서 정한 기간(예: 3년) 내에 해당 용도로 직접 사용하기 위한 구체적이고 진지한 노력을 기울여야 합니다. 단순히 토지 소유만으로는 감면 혜택을 유지하기 어렵습니다.
• 정당한 사유 입증 준비: 토지를 예정된 용도로 사용하지 못했을 경우, 추징을 피하기 위해서는 '정당한 사유'를 객관적인 증거로 입증해야 합니다. 이에는 행정청의 사용 금지나 제한, 예측 불가능한 천재지변, 토지의 조성 지연 등 외부적이고 불가항력적인 사유 또는 토지 사용을 위한 정상적인 노력에도 불구하고 시간적 여유가 없었던 불가피한 상황 등이 포함될 수 있습니다. 단순히 자금 사정이나 수익성 문제 등 개인적 또는 내부적 사유는 정당한 사유로 인정되지 않을 가능성이 큽니다.
• 증빙 자료 확보: 토지 사용 지연의 원인이 되는 사항(예: 공사 지연 통보, 지반 조사 결과, 사업 계획 변경 승인 등)에 대한 모든 서류와 증거를 체계적으로 보관하여 필요시 제출할 수 있도록 준비해야 합니다.
• 행정심판 전치주의 준수: 과세 처분에 대한 불복 소송을 제기하기 위해서는 지방세기본법 등 관련 법령에 따라 정해진 기간 내에 심판청구 등 전심 절차를 반드시 거쳐야 합니다. 이를 누락하거나 기간을 지키지 못하면 소송 자체가 각하될 수 있습니다.
• 세목별 쟁송의 독립성: 본세와 가산세는 별개의 부과처분으로 취급되며, 신고납부로 확정되는 세금(취득세 본세)은 징수처분으로 보아 취소소송의 대상이 되지 않을 수 있습니다. 소송 제기 전 각 세목별 처분 성격 및 쟁송 대상을 정확히 파악해야 합니다.