세금 · 행정
원고가 소유하던 부동산이 재건축 조합의 매도청구에 의해 양도되었는데, 이 과정에서 부동산이 조정대상지역으로 지정되고 관련 세법이 개정되었습니다. 원고는 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세를 신고하려 했으나, 세무서에서 조정대상지역 지정 이전에 계약금을 수령한 사실이 없다는 이유로 특별공제 적용을 거부했습니다. 법원은 매도청구의 원인행위 시점을 기준으로 당시의 세법을 적용해야 하며, 매도청구의 특성상 계약금 수수가 불가능한 경우 계약금 수수 증명을 요구하는 것은 부당하다고 판단하여 원고의 손을 들어주었습니다.
원고는 1972년에 부산 동래구의 토지를 취득하고 그 위에 건물을 신축하여 소유하고 있었습니다. 2016년 7월 1일, D주택재건축정비사업조합은 이 부동산에 대해 매도청구권을 행사하며 소송을 제기했고, 2017년 9월 7일에는 '원고가 조합으로부터 매매대금을 수령하는 동시에 2016년 7월 1일 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 이행하라'는 화해권고결정이 확정되었습니다.
이후 2017년 11월 10일 이 부동산이 위치한 부산 동래구가 조정대상지역으로 지정되었고, 2018년 4월 1일에는 조정대상지역 내 다주택자의 장기보유특별공제를 배제하는 개정 소득세법이 시행되었습니다. 2019년 9월, 조합은 매매대금을 공탁하고 원고는 조합에 소유권이전등기를 마쳐주었습니다.
원고는 2019년 10월 23일, 개정 소득세법에 따라 장기보유특별공제를 적용하지 않고 양도소득세 326,293,540원을 신고·납부했습니다. 그러나 2019년 12월, 원고는 매매계약 체결일(매도청구권 행사일)이 개정 소득세법 시행일 이전이므로 장기보유특별공제가 적용되어야 한다고 주장하며 기 납부한 양도소득세 중 19,930,230원의 환급을 요청하는 경정청구를 했습니다.
피고인 부산진세무서장은 조정대상지역 지정일 이전에 매매계약금을 수령한 사실이 없으므로 개정 소득세법에 따라 장기보유특별공제를 적용할 수 없다는 이유로 원고의 경정청구를 거부했습니다. 이에 원고는 거부처분 취소 소송을 제기했습니다.
개정된 소득세법 부칙에서 말하는 '양도'의 의미를 언제로 보아야 하는지(매매계약 체결일 또는 대금청산일)와 조정대상지역 내 다주택자의 장기보유특별공제 배제 규정이 매도청구와 같이 계약금 수수가 없는 특별한 매매계약에도 적용되는지 여부가 쟁점이 되었습니다.
부산진세무서장이 2019년 12월 17일 원고에게 내린 양도소득세 경정청구 거부처분을 취소하며, 소송 비용은 부산진세무서장이 부담합니다.
법원은 개정 소득세법의 '양도'를 양도소득세 과세 대상의 원인행위 시점인 매도청구 시점으로 해석해야 하며, 이는 납세의무자의 신뢰를 보호하기 위함이라고 보았습니다. 따라서 매도청구가 이루어진 2016년 7월 1일 당시의 구 소득세법에 따라 장기보유특별공제를 적용하는 것이 타당하다고 판단했습니다. 또한 매도청구는 계약금 수수가 불가능한 계약이므로, 계약금 수수 증명이 없다는 이유로 특별공제를 거부하는 것은 형평의 원칙에 반한다고 보아 원고의 청구를 인용했습니다.
소득세법 제95조 제2항 (장기보유특별공제): 자산의 양도차익에서 장기간 보유한 자산에 대해 일정 비율을 공제하여 양도소득세 부담을 줄여주는 제도입니다. 이 사건에서는 개정 소득세법이 조정대상지역 내 다주택자의 장기보유특별공제를 배제하도록 변경되었는데, 이 규정의 적용 시점이 쟁점이 되었습니다.
소득세법 제104조 제7항 (양도소득세율 가산): 조정대상지역에 있는 1세대 2주택 이상 주택 양도 시 양도소득세율을 기본세율에 10% 또는 20%를 더한 세율로 가산 적용하도록 규정하며, 이는 장기보유특별공제 배제와 연관됩니다.
소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제11호 (조정대상지역 내 주택 양도 예외): 조정대상지역 공고일 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의해 확인되는 주택은 다주택자 양도소득세 중과 및 특별공제 배제 대상에서 제외한다고 규정합니다. 이 조항의 '계약금 지급' 요건이 매도청구와 같은 특수한 계약 형태에도 적용되는지 여부가 핵심 쟁점이었습니다.
구 도시 및 주거환경정비법 제39조 (매도청구권): 재건축조합 등이 사업 구역 내 토지 등 소유자에게 매매를 강제할 수 있는 형성권입니다. 이 권리가 행사되면 상대방의 의사와 관계없이 해당 부동산에 대한 매매계약이 성립된 것으로 간주되므로, 통상적인 계약에서와 같은 계약금 수수 절차가 존재하지 않습니다.
세법의 경과규정 해석 원칙 및 신뢰 보호 원칙: 법률이 개정될 경우, 납세의무자의 예측 가능성과 신뢰를 보호하기 위해 경과규정을 두는 취지를 고려해야 합니다. 특히 과세대상 원인행위(매매계약 체결)가 법 개정 이전에 이루어졌으나, 대금 청산이 법 개정 이후에 이루어진 경우, 납세의무자가 개정 전 법률을 신뢰했을 정당한 사유가 있다면 이를 보호할 필요가 있다는 법리가 적용되었습니다. 법원은 개정 소득세법 부칙 제2조 제2항의 '양도'를 원인행위 시점으로 해석하여 납세의무자의 신뢰를 보호해야 한다고 판단했습니다.
재건축·재개발 등 정비사업으로 인해 매도청구를 당하여 주택을 양도하는 경우, 매도청구의 원인행위 시점이 양도소득세 계산에 중요한 기준이 될 수 있습니다. 특히 조정대상지역 지정이나 세법 개정 등으로 양도소득세가 불리하게 변경된 상황이라면, 매도청구 소송 제기일, 화해권고결정일 등 매매계약이 실질적으로 성립된 시점을 정확히 파악하여 당시 시행 중이던 세법 적용 여부를 검토해야 합니다.
매도청구권 행사에 따른 매매와 같이 계약금 수수가 통상적으로 발생하지 않는 특별한 계약 형태의 경우, 세법상 계약금 수수 증명을 요구하는 규정이 있더라도 해당 규정의 예외를 인정받을 가능성이 있습니다. 이때는 계약의 성격상 계약금 수수가 불가능했음을 객관적으로 증명할 수 있는 자료를 충분히 준비하는 것이 중요합니다.
조정대상지역 내 다주택자의 양도소득세 장기보유특별공제는 2018년 4월 1일 개정 소득세법 시행 이후 양도하는 자산부터 원칙적으로 배제됩니다. 하지만 이 사건처럼 세법 시행 전에 매매계약의 원인행위가 발생했음을 증명할 수 있다면, 구법의 적용을 통해 특별공제를 받을 가능성이 열릴 수 있습니다.
부동산 양도와 관련하여 과세 당국의 처분이 부당하다고 생각될 경우, 관련 법령과 판례를 충분히 검토한 후 경정청구나 불복 절차를 통해 구제를 신청할 수 있습니다.
