회사 합병 시 감면받은 취득세 추징 처분 관련 소송

주식회사 A는 현물출자로 법인 전환하여 사업용 재산에 대한 취득세 감면을 받았으나 2년 내에 법인 합병으로 해당 재산을 존속 법인에게 양도하자 창원시 마산회원구청장이 감면된 취득세 등을 추징했습니다. 주식회사 A는 경정청구 불승인처분 취소를 구하며 소송을 제기했으나 1심과 2심 모두 패소했습니다. 핵심 쟁점은 법인 합병으로 인한 자산 처분이 '정당한 사유'에 해당하여 취득세 추징을 면제받을 수 있는지 여부였습니다.

관련 당사자

• 주식회사 A (원고, 항소인): 현물출자로 법인 전환 후 취득세 감면을 받았으나 법인 합병으로 자산을 양도하여 취득세를 추징당한 회사입니다.
• 창원시 마산회원구청장 (피고, 피항소인): 주식회사 A에 대해 감면된 취득세 등을 추징하고 경정청구를 불승인한 행정기관입니다.

분쟁 상황

원고인 주식회사 A는 현물출자 법인 전환을 통해 사업용 고정자산을 취득하면서 취득세 등을 면제받았습니다. 그러나 취득일로부터 2년 이내에 다른 중소기업과의 통합 합병으로 인해 현물출자한 사업용 재산을 통합법인에게 양도하게 되었습니다. 이에 피고인 창원시 마산회원구청장은 '2년 이내 처분 시 추징' 규정에 따라 주식회사 A에 대해 면제했던 취득세 165,314,030원, 지방교육세 16,531,400원, 농어촌특별세 8,265,700원 등 총 190,111,130원을 추징했습니다. 주식회사 A는 합병이라는 부득이한 사유로 인한 처분이므로 추징이 부당하다며 경정청구를 제기했으나 불승인되었고 이에 불복하여 이 사건 소송을 제기했습니다. 원고는 이후 시행령 개정으로 합병도 정당한 사유로 추가되었으니 이 사건에도 적용되어야 한다고 주장했습니다.

핵심 쟁점

현물출자로 법인 전환 후 취득세 감면을 받은 법인이 2년 이내에 중소기업 간 통합 합병으로 사업용 재산을 통합법인에게 양도한 것이 '정당한 사유'에 해당하여 취득세 추징을 면제받을 수 있는지 여부입니다. 특히 구 지방세특례제한법 시행령 개정 전의 사안에 대해 개정된 법령의 취지를 소급 적용하거나 유추 해석하여 추징을 면제할 수 있는지도 쟁점이었습니다.

법원의 판단

원고의 항소를 기각하고 항소비용은 원고가 부담한다. 즉, 피고인 창원시 마산회원구청장이 원고 주식회사 A에게 감면된 취득세 등을 추징한 처분은 정당하며 원고의 경정청구 불승인처분 취소 청구는 받아들여지지 않았습니다.

결론

법원은 조세 감면 혜택의 범위는 입법자가 광범위한 형성의 자유를 행사할 수 있는 영역에 속한다고 보았습니다. 현물출자로 취득세 감면을 받은 법인이 중소기업 간 통합으로 소멸하면서 사업용 재산을 통합법인에 양도하는 것은 특별한 사정이 없는 한 '정당한 사유'로 보기 어렵다고 판단했습니다. 또한 이후 시행령 개정으로 '정당한 사유' 범위가 확대되었더라도 이는 입법자의 정책적 판단에 따른 것이므로 소급 적용하거나 유추 해석하여 이 사안에 적용할 수 없다고 보아 원고의 주장을 받아들이지 않았습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건에서 주요하게 다루어진 법령과 법리는 다음과 같습니다.

• 지방세특례제한법 시행령 제28조의2 제3항 (구 법령)​: 이 조항은 현물출자로 법인 전환하여 취득세 감면을 받은 법인이 '정당한 사유 없이 2년 이내에' 해당 사업용 재산을 처분하는 경우 감면된 취득세를 추징하도록 규정하고 있습니다. 이 사건의 핵심 쟁점은 바로 이 '정당한 사유'의 해석 범위였습니다.
• 조세 감면 혜택 범위 결정의 입법 재량성: 법원은 헌법재판소 판례(2012헌가87 결정 등)를 인용하여 조세 감면 혜택의 범위를 결정하는 문제는 입법자가 국민경제적 재정정책적 사회정책적 목적과 조세 부담의 형평성 등을 종합적으로 고려하여 광범위한 형성의 자유를 행사할 수 있는 영역에 속한다고 판단했습니다. 이는 원고가 주장한 '예외 규정의 미비'나 '형평과세 원칙'에 대한 법원의 반론 근거가 되었습니다.
• '정당한 사유'의 엄격한 해석: 법원은 '정당한 사유'를 '법인의 지배영역 밖에 있는 사유 또는 부득이 위 사업용 고정자산을 처분할 수밖에 없는 객관적인 사유'로 엄격하게 해석했습니다. 중소기업 간의 통합 합병으로 인한 재산 양도는 특별한 사정이 없는 한 소멸하는 법인의 지배 영역 밖에 있는 사유 또는 부득이한 사유로 보기 어렵다고 판단했습니다.
• 법령 개정의 소급효 제한: 구 지방세특례제한법 시행령 제28조의2 제3항이 2018년 12월 31일 대통령령 제29438호로 개정되어 기업 합병 등이 '정당한 사유'로 추가되었으나 법원은 이러한 개정은 입법자의 정책적 판단에 따른 것이므로 개정 전 사안에 대해 개정된 법령의 취지를 유추 적용할 수 없다고 보았습니다. 이는 법령 개정은 원칙적으로 소급 적용되지 않는다는 법리가 적용된 것입니다.
• 국세기본법 제18조 제1항 및 지방세기본법 제20조 제1항: 원고는 이 조항들을 근거로 형평과세 원칙에 따라 처분 취소를 주장했으나 법원은 위에서 언급한 조세 감면의 입법 재량성 및 '정당한 사유'의 엄격한 해석을 통해 원고의 주장을 기각했습니다.

참고 사항

법정된 취득세 감면 혜택을 받은 후에는 감면 조건 특히 '일정 기간 내 처분 금지' 조항을 면밀히 확인해야 합니다. 사업 재편 합병 양도 등 중요한 경영 결정 시에는 세금 감면 조건 위배 여부 및 추징 가능성을 사전에 충분히 검토해야 합니다. '정당한 사유'는 법인의 지배 영역 밖에 있거나 부득이한 객관적 사유로 엄격하게 해석될 수 있으므로 단순한 기업의 경영상 판단에 따른 합병 등은 이에 해당하지 않을 수 있습니다. 조세 법령 개정은 원칙적으로 소급 적용되지 않으며 개정 전 사안에 대해 개정된 법령의 취지를 유추 해석하여 면제를 주장하기는 어렵습니다. 조세 감면은 입법자의 정책적 판단 영역이므로 예외 규정의 부재가 입법 미비나 형평성에 어긋난다고 주장하더라도 법원이 쉽게 받아들이지 않을 수 있습니다.