세금 · 행정
주식회사 Q는 아파트 시행사로, 특수관계인인 M건설과의 도급계약에 포함된 공사를 별도 전문업체에 중복 발주하고 공사비를 지급했습니다. 이에 세무당국은 M건설에 대한 부당한 이익 분여로 보고 법인세를 부과했습니다. 법원은 쟁점 공사가 주 도급계약에 포함되어 있었으며, 별도 지급된 공사비는 M건설에 대한 경제적 이익 분여에 해당하여 법인세법상 부당행위계산 부인 대상이 된다고 판단했습니다. 다만, 2015년도 사업연도 법인세 부과액 중 일부만을 적법하다고 보아 초과분은 취소했습니다. 한편, 발코니 확장 공사비를 무상 제공했다는 주장은 인정하지 않아 관련 부가가치세 부과는 정당하다고 판단했습니다.
주식회사 Q는 아파트 시행사로서 M건설(특수관계인)과 아파트 건설에 대한 도급계약을 체결했습니다. 이 도급계약에는 토목건축공사 외에 기계설비, 전기, 정보통신, 소방설비 등 '쟁점 공사'가 포함되어 있었습니다. 그러나 Q는 이 쟁점 공사에 대해 별도로 전문공사업체들과 도급계약을 체결하고 공사비를 지급했습니다. 세무 당국(부산진세무서장)은 이 행위가 M건설이 부담해야 할 비용을 Q가 대신 부담하여 M건설에 이익을 분여한 것으로 보고 법인세법상 '부당행위계산 부인' 규정을 적용하여 Q에 법인세 및 부가가치세를 부과했습니다. Q는 쟁점 공사가 M건설과의 계약 범위에 포함되지 않았고 M건설에 이익을 분여할 의도가 없었으며 발코니 확장 공사도 무상으로 제공되었다고 주장하며 처분 취소를 구하는 소송을 제기했습니다.
쟁점 공사(기계설비, 전기, 정보통신, 소방설비 등)가 주식회사 Q와 M건설 간의 주 도급계약에 포함되었는지 여부, 주식회사 Q가 전문공사업체에 쟁점 공사비를 별도로 지급한 것이 M건설에 대한 이익 분여에 해당하는 '부당행위계산 부인' 대상인지 여부, 과세관청의 처분사유 변경 및 추가가 허용되는지 여부, 주식회사 Q가 O동 아파트 분양 시 발코니 확장 공사비를 무상으로 제공했는지, 아니면 분양가에 포함된 것으로 보아 부가가치세 과세 대상이 되는지 여부입니다.
제1심판결을 변경하여 피고가 2020년 1월 6일 원고에 대하여 한 2015년도 사업연도 법인세 2,419,207,940원 중 536,395,340원을 초과하는 부분은 취소한다. 원고의 나머지 청구는 기각한다. 소송 총비용 중 80%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.
법원은 시행사인 주식회사 Q가 특수관계인인 M건설과의 도급계약에 이미 포함된 공사를 별도 전문공사업체에 중복으로 발주하고 공사비를 지급한 행위는 M건설에 부당한 이익을 분여한 것으로 보아 법인세법상 '부당행위계산 부인' 대상에 해당한다고 판단했습니다. 이에 따라 2015년도 법인세 부과액 중 일부는 적법하나 초과분은 취소되어야 한다고 보았습니다. 반면 발코니 확장 공사비가 무상으로 제공되었다는 주장은 받아들이지 않아 관련 부가가치세 부과 처분은 정당하다고 판단했습니다. 이는 특수관계인과의 거래 시 경제적 합리성을 결여한 행위에 대해 세무상 제재가 가해질 수 있음을 보여주는 사례입니다.
