법인세 부과 불복, 대표이사 보수와 공사비 인정 다툼 사건

주식회사 A는 2015년부터 2017년까지의 사업연도 법인세와 관련하여 부산진세무서장으로부터 총 6,282,355,500원의 법인세를 부과받았습니다. 이에 주식회사 A는 세무서의 법인세 부과처분이 부당하다고 주장하며 취소 소송을 제기했습니다. 주요 쟁점은 주식회사 A 대표이사 L에게 지급된 고액의 보수와, Q건설과의 아파트 신축 도급계약에 포함되어야 할 공사(쟁점 공사)를 별도 전문업체에 맡기고 지급한 공사비(쟁점 공사비)를 비용으로 인정할 수 있는지 여부였습니다. 법원은 대표이사 보수 중 일부와 쟁점 공사비 상당액을 부당행위계산 부인의 대상으로 보아 손금(비용)으로 인정하지 않았습니다. 다만, 최종적으로 일부 과세처분은 위법하다고 판단하여 2015년 사업연도 법인세 249,435,080원 중 1,668,190원을 초과하는 부분, 2016 사업연도 법인세 1,703,686,680원 중 138,552,090원을 초과하는 부분, 2017 사업연도 법인세 4,329,233,740원 중 3,883,539,700원을 초과하는 부분을 취소하도록 판결했습니다. 나머지 청구는 기각되었습니다.

관련 당사자

• 주식회사 A: 법인세 부과처분 취소를 요청한 아파트 신축 및 분양 사업 시행사입니다. 대표이사 L이 주식 100%를 소유하고 있습니다.
• 부산진세무서장: 주식회사 A에 법인세를 부과한 과세관청입니다.
• Q건설: 주식회사 A의 특수관계 법인으로, 아파트 신축공사의 도급계약을 체결한 시공사입니다.
• L: 주식회사 A의 대표이사 겸 100% 주주입니다. 과다 보수 지급의 대상이 되었습니다.
• 전문공사업체 (주식회사 J, K 주식회사 등): 주식회사 A와 별도로 정보통신공사, 조경공사 등의 도급계약을 체결하고 공사대금을 지급받은 업체들입니다.

분쟁 상황

주식회사 A는 아파트 신축 및 분양 사업을 진행하면서 특수관계 법인인 Q건설과 도급계약을 체결했습니다. 이 과정에서 주식회사 A는 대표이사 L에게 고액의 보수를 지급했으며, Q건설과의 도급계약에 포함된 것으로 보이는 정보통신공사나 조경공사 등(쟁점 공사)을 별도의 전문공사업체에 다시 맡겨 공사비를 지급했습니다. 세무 당국은 주식회사 A의 이러한 행위, 특히 대표이사 보수의 과다 지급과 쟁점 공사비의 중복 지출이 '부당행위계산'에 해당하여 법인의 손금(비용)으로 인정될 수 없다고 판단하고, 이에 따라 법인세를 추가로 부과했습니다. 주식회사 A는 세무 당국의 주장이 부당하며, 대표이사 보수는 정당하고 쟁점 공사비는 적법한 비용이라고 주장하며 법인세 부과처분을 취소해달라는 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

이 사건의 주요 쟁점은 다음 세 가지였습니다.

1. 주식회사 A가 대표이사 L에게 지급한 보수 중 어느 범위까지 법인의 손금(비용)으로 인정될 수 있는가.
2. 주식회사 A가 전문공사업체에 지급한 공사비(쟁점 공사비)가 Q건설과의 도급계약에 포함되는 공사임에도 별도로 지급된 것이어서 Q건설에 대한 부당한 이익 분여에 해당하는가.
3. 세무서가 당초 처분 사유 외에 변경 및 추가한 처분 사유(특히 쟁점 공사비에 대한 부당행위계산 부인 사유)가 법적으로 허용될 수 있는가.

법원의 판단

법원은 제1심판결을 변경하여 다음과 같이 판결했습니다.

1. 피고(부산진세무서장)가 2020년 1월 8일 원고(주식회사 A)에 대해 부과한 2015년 사업연도 법인세 249,435,080원 중 1,668,190원을 초과하는 부분, 2016 사업연도 법인세 1,703,686,680원 중 138,552,090원을 초과하는 부분, 2017 사업연도 법인세 4,329,233,740원 중 3,883,539,700원을 초과하는 부분(각 가산세 포함)을 취소합니다.
2. 원고의 나머지 청구는 기각합니다.
3. 소송 총비용 중 60%는 원고가, 40%는 피고가 각 부담합니다.

결론

법원은 주식회사 A에 대한 법인세 부과처분 중 상당 부분(대표이사 보수 일부 및 쟁점 공사비 손금 부인 부분)은 정당하다고 보았으나, 세무서가 산정한 금액 중 일부는 과도하다고 판단하여, 최종적으로 2015년, 2016년, 2017년 사업연도에 걸쳐 부과된 법인세 중 일부를 취소하고 나머지 부분은 유지하는 것으로 결정했습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건과 관련하여 법원은 다음과 같은 법령과 법리를 적용했습니다.

• 법인세법 제52조 (부당행위계산의 부인)​: 이 조항은 법인이 특수관계인과의 거래를 통해 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우, 세무 당국이 해당 법인의 행위나 소득금액 계산을 부인하고 다시 계산할 수 있도록 합니다. 이는 법인의 경제적 합리성을 벗어난 거래를 통해 세금을 회피하려는 행위를 방지하기 위한 것입니다. 본 사건에서는 주식회사 A가 Q건설에 쟁점 공사비를 부담시키지 않고 직접 전문공사업체에 지급한 행위가 Q건설에 대한 부당한 이익 분여에 해당한다고 보아 이 규정이 적용되었습니다.

• 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호 (부당행위계산의 유형)​: 이 항은 부당행위계산으로 인정되는 여러 가지 행위 유형을 구체적으로 열거하고 있으며, 제9호는 '기타 제1호부터 제8호까지에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우'를 포괄적으로 규정합니다. 법원은 주식회사 A가 전문공사업체에 쟁점 공사비를 지급하여 Q건설이 그만큼의 비용 지출을 면하게 된 것이 이 조항에 따른 이익 분여에 해당한다고 판단했습니다.

• 법인세법 시행령 제88조 제2항 (특수관계인 외의 자를 통한 거래)​: 이 조항은 특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래의 경우에도 법인세법상 특수관계인과의 거래로 본다는 원칙을 명시합니다. 이는 특수관계인이 직접 거래하지 않고 제3자를 개입시켜 부당한 이익을 얻는 것을 방지하기 위한 것으로, 본 사건에서 주식회사 A가 직접 Q건설에 돈을 준 것이 아니라 전문공사업체를 통해 Q건설에 이익을 준 경우에도 이 조항이 적용되어 부당행위계산 부인 대상이 된다고 보았습니다.

• 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 (처분 사유의 변경 및 추가)​: 이 법리들은 행정처분 취소 소송에서 처분청이 당초 처분 사유와 다른 새로운 사유를 주장할 수 있는 범위를 규정합니다. 새로운 사유가 당초 처분 사유와 '기본적 사실관계의 동일성'이 인정되는 한도 내에서는 처분 사유를 추가하거나 변경하는 것이 허용됩니다. 본 사건에서 세무서가 쟁점 공사비에 대해 당초 주장했던 사유와 다른 법률적 평가를 제시했지만, 그 전제가 되는 '쟁점 공사가 도급계약에 포함되었음에도 별도로 지급되었다'는 사실관계는 동일하다고 보아 변경 및 추가된 처분 사유를 인정했습니다.

• 경제적 합리성 판단 기준: 부당행위계산 부인을 적용할 때는 해당 거래 행위가 '건전한 사회 통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지'를 구체적으로 고려하여 판단합니다. 단순히 조세 회피 의도가 없었다는 주장만으로는 부당행위계산 부인을 면할 수 없습니다.

참고 사항

비슷한 상황에 처하게 된다면 다음 사항들을 참고할 수 있습니다.

• 임원 보수 책정의 투명성 확보: 대표이사 등 임원에게 지급하는 보수는 주주총회나 이사회 의결을 통해 구체적인 지급 기준, 성과 평가 기준 등을 명확히 정하고 관련 자료를 충실히 기록해야 합니다. 특히 특수관계인인 임원에게 통상적인 수준을 넘어서는 고액의 보수를 지급할 경우, 그 직무상 공로와 기여도를 객관적으로 입증할 수 있는 자료를 미리 준비하는 것이 중요합니다.
• 계약 범위 및 비용 지출의 명확화: 건설 도급계약 시 공사 범위를 명확히 규정하고, 하도급 또는 별도 공사 계약이 필요하다면 주계약과의 관계를 명확히 해야 합니다. 동일한 공사에 대해 여러 계약을 통해 비용을 중복 지출하는 것으로 오해받을 만한 상황을 만들지 않도록 주의해야 합니다. 중복 계약이 불가피한 경우라면 그 합리적인 이유를 증빙할 수 있는 자료를 확보하는 것이 필요합니다.
• 사업계획 변경 승인 절차 준수: 공사비 증액 등 중요한 사업계획 변경이 발생하는 경우, 관련 법령에 따른 변경 승인 절차를 정확히 이행하고 증액된 비용을 반영해야 합니다. 변경 승인 없이 사업비가 크게 달라지면 세무조사 시 불리한 정황으로 작용할 수 있습니다.
• 특수관계인과의 거래 유의: 특수관계인과의 거래는 세무상 부당행위계산 부인 규정의 적용 대상이 될 수 있으므로, 해당 거래가 건전한 사회 통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 갖추고 있는지 신중하게 검토해야 합니다. 특히 특수관계인 외의 제3자를 통한 간접적인 이익 분여 가능성까지 염두에 두어야 합니다.
• 세무조사 시 대응: 세무 당국에서 해명 자료 제출을 요구할 경우, 요구 내용의 범위와 법적 성격을 정확히 파악해야 합니다. 단순한 자료 제출 요청인지, 재조사가 금지되는 세무조사에 해당하는지 여부에 따라 대응 방식이 달라질 수 있으므로, 제출 자료의 범위를 신중하게 결정해야 합니다.