자회사 유상증자 주식 가치 평가 오류로 인한 법인세 부과 취소 판결

기업 A는 자회사인 C의 유상증자에 참여하지 않았고 그 과정에서 특수관계인 G, J이 신주를 인수했습니다. 과세 당국은 이 과정에서 기업 A가 이익을 얻거나 손실을 입은 것으로 보고, 구 법인세법 및 구 상속세 및 증여세법을 근거로 A에게 법인세 309,679,680원을 부과했습니다. 그러나 법원은 과세 당국이 C의 주식 가액을 평가하면서 토지 자산의 장부가액 반영 및 순자산가액 계산에 심각한 오류를 범했다고 판단했습니다. 특히 2차 유상증자 전 C의 주식 가액이 음수였다는 사실이 드러났음에도 잘못된 방식으로 과세가 이루어졌고, 과세표준 산정의 근거가 되는 처분 사유 자체가 변경되어야 하는 상황에서 정당한 세액을 산출하지 못했으므로 부과 처분 전부를 취소한다고 판결했습니다.

관련 당사자

• 원고 주식회사 A: 기업 투자를 목적으로 하는 회사이며 자회사 주식회사 C의 주식 100%를 소유했습니다. C의 유상증자에 참여하지 않아 법인세가 부과된 당사자입니다.
• 피고 북대전세무서장: 주식회사 A에 대해 2016년 귀속 법인세 309,679,680원을 부과한 과세 당국입니다.
• 주식회사 C (구 주식회사 B, D): 전자부품 관련 사업을 하는 주식회사 A의 자회사로 2016년 두 차례의 유상증자와 한 차례의 무상감자를 실시했습니다.
• F (기업 E 사주): 주식회사 A의 주식 49%를 소유한 대주주이며, 기업 E 그룹의 총수입니다.
• G: 주식회사 A의 주식 29%를 소유한 주주이며, 기업 E 계열사 I의 임원입니다. C의 1, 2차 유상증자에 참여했습니다.
• J: F의 친족(매제)으로 C의 2차 유상증자에 참여했습니다.

분쟁 상황

기업 A는 특수관계인 G, J이 자회사 C의 유상증자에 참여할 때 A는 참여하지 않았습니다. 과세 당국은 이러한 거래를 특수관계인 간의 불균등한 거래로 보아 기업 A에게 이익이 발생했거나 손실을 입었음에도 과소 계산되었다고 판단하여 법인세를 부과했습니다. 특히 1차 유상증자 시 G이 고가로 신주를 인수하여 A가 이익을 얻었다고 보았고, 2차 유상증자 시 G, J이 저가로 신주를 인수하여 A가 손해를 보았다고 보아 A에게 법인세를 부과했습니다. A는 이에 불복하여 과세 처분 취소 소송을 제기했으며, 과세 당국이 C의 주식 가치를 평가하는 과정에서 자산가액을 잘못 산정하여 과세표준이 왜곡되었다고 주장했습니다.

핵심 쟁점

과세 당국이 특수관계인 간의 유상증자 거래에 대해 법인세를 부과하면서 자회사의 주식 가액을 평가한 방법이 적법한지 여부 및 과세표준 산정 오류가 과세처분 취소 사유에 해당하는지 여부입니다.

법원의 판단

피고(북대전세무서장)가 원고(주식회사 A)에 대해 2020년 10월 5일 부과한 2016년도 귀속 법인세 309,679,680원의 부과 처분을 취소한다.

결론

법원은 과세 당국이 주식 가치 평가에서 토지 장부가액 반영 오류 및 순자산가액 계산 오류를 범하여 과세표준을 잘못 산정했으며, 2차 유상증자 전 C 주식의 가치가 음수였음에도 이를 제대로 반영하지 않았다고 판단했습니다. 또한 과세 당국이 정당한 세액을 주장하며 처분 취소를 막으려 했으나, 과세 단위와 처분 사유의 범위가 달라지는 중대한 오류였으므로 정당한 세액을 다시 산출해야 할 책임이 있었음에도 불구하고 이를 입증하지 못하여 부과 처분 전부가 위법하다고 결론 내렸습니다.

연관 법령 및 법리

본 판결에서는 주로 '구 법인세법'과 '구 상속세 및 증여세법' 및 그 시행령이 적용되었습니다.

1. 구 법인세법 제15조 제1항, 제3항 및 시행령 제11조 제9호 (익금의 범위 및 특수관계인과의 거래로 인한 이익): 과세 당국은 1차 유상증자 시 특수관계인 G이 증자 전 1주당 평가액보다 높은 금액으로 신주를 인수함으로써 원고 A가 이익을 얻었다고 보고, 이 금액을 A의 법인세 계산 시 '익금'(수익)으로 보아 과세표준에 포함시켰습니다. 법인세법은 회사의 소득을 계산할 때 수익에 해당하는 항목을 '익금'으로 규정합니다.

2. 구 법인세법 제52조 제1항 및 시행령 제88조 제1항 (부당행위계산 부인): 과세 당국은 2차 유상증자 시 특수관계인 G, J이 증자 전 1주당 평가액보다 낮은 금액으로 신주를 인수하여 A가 이익을 분여(부당하게 이익을 준)한 것으로 보고, 이를 '부당행위계산 부인' 조항을 적용하여 과세표준을 다시 계산하여 A에게 법인세를 부과했습니다. 이 조항은 특수관계인 간의 거래가 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 경우 과세 당국이 원래의 거래 내용과 상관없이 정상적인 거래로 보아 세금을 다시 계산할 수 있도록 합니다.

3. 구 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 다목 및 시행령 제54조 (비상장주식 보충적 평가방법): 과세 당국이 C의 주식 가치를 평가할 때 사용한 방법입니다. 비상장주식은 시장에서 거래되지 않으므로, 이 법령에 따라 회사의 순자산가액과 순손익가액을 바탕으로 주식 가치를 평가하는 '보충적 평가방법'을 따릅니다. 이 사건에서는 C가 계속해서 결손금이 있는 법인이었으므로 순자산가치에 따라 평가해야 했습니다. 법원은 이 과정에서 과세 당국의 순자산가액 산정에 오류가 있음을 지적했습니다.

4. 구 상속세 및 증여세법 제61조 제1항 제1호 및 시행령 제55조 제1항 (부동산 평가방법): 토지 등 부동산 자산의 평가에 관한 규정입니다. 토지의 경우 개별공시지가를 기준으로 평가하는 것이 원칙이지만, 예외적으로 장부가액이 개별공시지가보다 낮은 경우 장부가액을 그대로 반영하도록 합니다. 이 사건에서 과세 당국은 C의 토지 장부가액 계산을 잘못하여 자산가액을 과대계상하는 오류를 범했습니다.

5. 과세처분 취소소송에서 증명책임: 법원은 과세처분 취소소송에서 과세처분의 적법성과 과세요건사실의 존재 및 과세표준에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있다고 명시했습니다. 즉, 세금을 부과한 과세 당국이 그 부과 처분이 정당하다는 것을 입증해야 한다는 의미입니다.

6. 과세처분 위법 시 취소 범위: 과세처분 과정에 잘못이 있더라도 부과된 세액이 정당한 세액을 초과하지 않고, 잘못된 방식이 과세단위나 처분 사유의 범위를 크게 벗어나지 않는다면 처분 전체를 취소하지 않을 수도 있다는 법리가 있습니다. 그러나 본 판결에서는 과세 당국이 2차 유상증자와 관련하여 A가 이익을 준 것(부당행위계산 부인)으로 보았다가, A가 이익을 받은 것(익금 산입)으로 주장의 근거를 바꾸는 등 구체적인 처분 사유 및 근거 법령이 달라지는 '과세단위와 처분사유의 범위를 달리하는' 중대한 오류를 범했으므로 이 법리를 적용할 수 없다고 판단했습니다.

참고 사항

회사의 지분 구조나 특수관계인과의 거래가 복잡할 경우 특히 유상증자나 감자 등 자본 변동 과정에서 주식 가치 평가가 매우 중요합니다. 과세 당국은 상속세 및 증여세법 등 관련 법령에 따라 주식 가치를 평가하지만, 이때 회사의 재무제표와 자산 가액(특히 부동산 등)을 정확하게 반영했는지 면밀히 확인해야 합니다. 만약 과세 당국의 평가에 오류가 있다면, 해당 오류가 과세표준에 미치는 영향을 구체적으로 입증하여 과세처분의 위법성을 다툴 수 있습니다. 주식 가치 평가 시 순자산가액이 음수가 되는 경우 등 특수한 상황에서는 과세 방식이나 적용 법령 자체가 달라질 수 있으므로, 관련 규정을 정확히 이해하고 적용하는 것이 중요합니다.