세금 · 행정

가공 비용 처리와 세금 부과 다툼 판결

주식회사 A는 가족 구성원과 특수관계법인에 상표 사용료, 경영 자문료, 고문료 명목으로 거액을 지급했습니다. 세무 당국은 이 지급액들이 실제 용역이나 자문 없이 이루어진 가공 비용으로 판단하여, A사에 법인세와 부가가치세를 부과하고, 관련 개인에게는 기타소득으로 소득처분했습니다. 이에 A사는 부과 처분 취소 소송을 제기했고, 법원은 가공 비용 자체는 인정했으나 부가가치세 부과와 관련하여 '부정한 행위'의 요건은 충족되지 않았다고 판단했습니다. 또한 개인들이 이미 사업소득으로 신고한 부분에 대해서도 실제 사업소득이 아니었다면 소득처분에 따른 소득세 납세의무가 소멸하지 않는다고 판시하며 일부 사건을 파기 환송했습니다.

분쟁 상황

도료 제조업체인 주식회사 A는 2006년부터 2013년까지 주주인 F사의 주주 E에게 상표 사용료 명목으로 61억 1,850만 2천원, F사에 경영자문 용역비 명목으로 3억 2,500만원, 그리고 F사를 실질적으로 지배하던 C에게 고문료 명목으로 5억 4천만원을 각각 지급했습니다. 전주세무서장은 이 모든 지급액이 실제 용역이나 자문의 제공 없이 이루어진 가공의 비용이라고 판단하고, A사에 대해 2006년부터 2013년 사업연도 법인세 및 부가가치세를 부과했습니다. 더불어 E와 C에게 지급된 금액을 각각 기타소득으로 소득처분하여 소득금액변동통지를 했습니다. 이에 A사는 이러한 부과 처분 및 통지가 부당하다고 주장하며 취소 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

주식회사 A가 E, F, C에게 지급한 상표 사용료, 용역비, 고문료가 실제 용역 없이 지급된 가공 비용인지 여부, 이와 관련된 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지 여부, 가공 비용 처리가 국세기본법상 '사기 기타 부정한 행위' 또는 '부정행위'에 해당하여 장기 부과제척기간 및 중과세율 가산세를 적용할 수 있는지 여부, 사실과 다른 세금계산서로 매입세액 공제를 받을 수 있는지 여부, 소득금액변동통지 전에 원천납세의무자가 사망한 경우 통지의 유효성 여부, 그리고 소득처분 전에 가공 소득을 이미 사업소득으로 신고·납부한 경우 소득처분에 따른 소득세 납세의무가 소멸하는지 여부가 이 사건의 주요 쟁점이었습니다.

법원의 판단

대법원은 주식회사 A가 E, F, C에게 지급한 총 6,983,502,000원 상당의 사용료, 용역비, 고문료가 모두 실제 용역 등의 공급 없이 지급된 가공 비용에 해당하며, 이와 관련한 세금계산서도 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 원심의 판단은 정당하다고 보았습니다. 그러나 가공 비용 처리로 인한 매입세액 공제 행위가 국세기본법상의 '사기 기타 부정한 행위' 또는 '부정행위'에 해당하여 10년의 부과제척기간이나 중과세율 가산세를 적용할 요건은 충족되지 않는다고 판단했습니다. 또한 사실과 다른 세금계산서에 따른 매입세액 공제는 허용되지 않는다고 보아 원고의 주장을 기각했습니다. 소득금액변동통지일 전에 C이 사망했더라도 소득세 납세의무가 유효하게 성립했다고 본 원심 판단은 옳다고 보았습니다. 다만, E와 C이 이 사건 사용료와 고문료의 일부를 사업소득으로 종합소득세를 신고·납부했더라도, 실제 사업소득이 아니었으므로 소득처분에 따른 기타소득세 원천납세의무가 소멸한다고 볼 수 없다고 판단하여, 이와 달리 판단한 원심판결의 E의 2006년부터 2012년 귀속 기타소득과 C의 2011년, 2012년 귀속 기타소득에 대한 소득금액변동통지 부분을 파기하고 광주고등법원에 환송했습니다.

결론

대법원은 주식회사 A가 가족 및 관련 법인에 지급한 금액이 가공 비용이라는 점은 인정했으나, 부가가치세와 관련하여 중대한 부정한 행위로 보지는 않았습니다. 하지만 사실과 다른 세금계산서로 매입세액 공제는 받을 수 없다고 확정했습니다. 가장 중요한 것은 가공 소득을 미리 다른 소득으로 신고했더라도, 그것이 실제 소득의 성격과 다르면 소득처분에 따른 소득세 납세의무가 여전히 유효하다는 점을 명확히 하여 해당 부분을 다시 심리하도록 환송했습니다. 이는 세법상 실제 거래의 중요성과 소득 귀속에 대한 정확한 판단이 세금 부과에 결정적 영향을 미친다는 것을 보여줍니다.

연관 법령 및 법리

이 판례는 여러 세법상의 중요한 법리를 다룹니다. 첫째, 가공 비용의 손금 부인: 법인세법상 실제 발생하지 않은 비용은 법인의 손금으로 인정되지 않습니다. 실제 용역이나 재화의 제공이 없었다면, 아무리 계약서가 존재하고 대금이 지급되었더라도 가공 비용으로 보아 손금산입이 부인되어 법인세가 부과됩니다. 둘째, 사실과 다른 세금계산서와 매입세액 불공제: 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호(구 부가가치세법 제17조 제2항 제2호)는 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항이 사실과 다르면 해당 매입세액을 공제하지 않는다고 규정합니다. 이는 부가가치세 제도의 근간인 세금계산서의 정확성과 진실성을 확보하기 위한 것으로, 설령 세금계산서를 발급한 자가 매출세액을 신고·납부했더라도, 거래 자체가 가공이라면 매입세액 공제는 불가능합니다. 셋째, 국세 부과제척기간 및 가산세의 '부정한 행위' 판단: 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호는 '사기 기타 부정한 행위'로 국세를 포탈한 경우 10년의 부과제척기간을, 제47조의3 제2항 제2호는 '부정행위'로 부가가치세 납부세액을 과소신고한 경우 중과세율 가산세를 부과하도록 합니다. 여기서 '부정한 행위'에 해당하려면 납세자가 사실과 다른 세금계산서를 발급받아 매입세액을 공제받는다는 인식 외에, 세금계산서를 발급한 자가 매출세액을 면탈하여 국가의 조세 수입이 감소할 것이라는 점을 인식해야 합니다. 본 사안에서는 매출자가 부가가치세를 신고·납부하고 환급청구를 하지 않았으므로 원고에게 이러한 인식이 있었다고 보기는 어렵다고 판단했습니다. 넷째, 소득처분 및 소득세 원천납세의무: 법인이 가공 비용을 지출하고 그 금액이 개인에게 귀속된 것으로 확인되면, 해당 금액은 개인의 기타소득으로 소득처분될 수 있습니다. 중요한 것은 해당 개인이 이미 가공 소득을 다른 소득(예: 사업소득)으로 신고했더라도, 실제 소득의 성격과 다르면 소득처분에 따른 기타소득세 원천납세의무가 소멸하지 않는다는 것입니다. 이는 소득의 실질 귀속에 따라 세법상 의무가 결정된다는 원칙을 따릅니다.

참고 사항

사업 운영 시 특수관계인이나 관련 법인과의 거래는 실제 용역이나 재화의 공급이 이루어졌음을 명확히 증명할 수 있는 객관적인 증거를 갖추어야 합니다. 계약서, 업무보고서, 용역 제공 내역, 대금 지급의 합리성 등을 철저히 준비해야 합니다. 실제 거래 없이 지급된 가공 비용은 세무조사에서 손금으로 인정받지 못해 법인세가 추징될 수 있으며, 관련하여 발급된 세금계산서는 '사실과 다른 세금계산서'로 간주되어 부가가치세 매입세액 공제를 받을 수 없게 됩니다. 가공으로 지급된 금액이 개인에게 귀속될 경우, 해당 개인에게 기타소득으로 소득처분되어 소득세가 부과될 수 있습니다. 이때 개인이 해당 금액을 이미 다른 소득으로 신고했더라도, 실제 소득의 성격이 아니라면 세무당국은 소득처분을 통해 추가 세금을 부과할 수 있습니다. 국세 부과제척기간 연장이나 가산세 중과세의 기준이 되는 '사기 기타 부정한 행위' 또는 '부정행위'는 단순한 사실과 다른 세금계산서 수령을 넘어, 조세 회피 의도가 명백하고 국가의 조세 수입 감소로 이어진다는 인식이 있었는지에 따라 판단됩니다.

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원문: 대법원 2021. 12. 30. 선고 2018두39034 판결 [법인세등부과처분취소]